临床样本分析
评估他汀类药物治疗对胃癌患者化疗敏感性和ILF3、PD-L1水平及预后的影响。
收集接受新辅助化疗的胃癌患者血清和组织样本,比较他汀治疗组与非治疗组的TRG分级、血清ILF3和PD-L1水平,分析ILF3表达与临床分期及生存的关系。
Simvastatin inhibits PD-L1 via ILF3 to induce ferroptosis in gastric cancer cells.
包含患者样本分析、细胞功能实验、铁死亡指标检测、CUT&Tag机制研究和动物模型验证等多层级证据。
胃癌细胞系Ncl-N87、HGC-27 小鼠前胃癌细胞MFC 胃癌患者组织及血清样本 裸鼠和615小鼠皮下移植瘤模型
辛伐他汀处理浓度梯度及时间 ILF3敲低和过表达对PD-L1和铁死亡指标的影响 CD8+ T细胞与胃癌细胞共培养比例及时间 DEPTOR/mTOR信号通路抑制剂LY294002的使用 裸鼠和615小鼠皮下肿瘤模型分组及处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估他汀类药物治疗对胃癌患者化疗敏感性和ILF3、PD-L1水平及预后的影响。
收集接受新辅助化疗的胃癌患者血清和组织样本,比较他汀治疗组与非治疗组的TRG分级、血清ILF3和PD-L1水平,分析ILF3表达与临床分期及生存的关系。
验证ILF3是否调控PD-L1表达以及影响活化的CD8+ T细胞对胃癌细胞的杀伤作用。
在胃癌细胞中敲低或过表达ILF3,检测PD-L1蛋白和分泌水平,并与活化的CD8+ T细胞共培养,评估胃癌细胞死亡情况。
确定辛伐他汀是否通过抑制ILF3诱导胃癌细胞铁死亡。
用辛伐他汀处理或敲低ILF3,检测细胞活力、铁死亡形态学特征和铁死亡相关指标(如MDA、GSH/GSSG、LPO、ROS、Fe2+),并使用铁死亡抑制剂验证。
阐明辛伐他汀抑制ILF3表达的分子机制。
预测并验证辛伐他汀靶向HDAC家族,检测HDAC1/2/6表达及ILF3乙酰化水平,使用TSA抑制HDAC,并用CUT&Tag确认H3K14ac变化。
确定ILF3调控PD-L1表达和铁死亡的下游信号通路。
通过RNA-seq和KEGG分析找到mTOR通路,验证ILF3对DEPTOR启动子的直接结合,并检测下游p-mTOR、PD-L1、SLC7A11、GPX4表达。
在动物模型中验证辛伐他汀通过抑制ILF3诱导铁死亡和增强免疫治疗的效应。
构建稳定表达ILF3的胃癌细胞皮下移植瘤模型,给予辛伐他汀和抗PD-L1治疗,检测肿瘤生长和IHC标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAiMax转染试剂 | Invitrogen | 13778150 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000075 | |
| P3000辅助试剂 | Invitrogen | L3000075 | |
| OPTI-MEM减血清培养基 | Gibco | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白磷酸酶抑制剂 | Solarbio | P1260 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ILF3抗体 | Abcam | ab92355 | |
| SLC7A11抗体 | Abcam | ab307601 | |
| GPX4抗体 | Abcam | ab252833 | |
| GAPDH抗体 | ABclonal | A19056 | |
| PCNA抗体 | Abcam | ab92552 | |
| HDAC1抗体 | ABclonal | A19571 | |
| HDAC2抗体 | ABclonal | A19626 | |
| HDAC6抗体 | ABclonal | A3572 | |
| DEPTOR抗体 | ABclonal | A9447 | |
| mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2972S | |
| 磷酸化mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 5536S | |
| H3K14ac抗体 | ABclonal | A7254 | |
| PD-L1抗体 | Proteintech | 66248-1-Ig | |
| CD8抗体 | Proteintech | 66868-1-Ig | |
| 泛乙酰化赖氨酸抗体 | PTM Bio | PTM-105 | |
| 4-羟基壬烯醛抗体 | Bioss | bs-6313R | |
| Amersham Imager 680成像仪 | -- | -- | |
| Tanon 4800成像仪 | -- | -- | |
| RT-qPCR | RNAfast200试剂盒 | Fastagen | 220010 |
| HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | R323-01 | |
| ChamQ通用型SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 | |
| 免疫组织化学 | ImageJ软件 | -- | -- |
| CD8+ T细胞分离 | Dynabeads人CD8+ T细胞分离试剂盒 | Thermo Fisher | 11348D |
| ELISA | PD-L1 ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| MTT测定 | MTT溶液 | Beyotime | C0009S |
| 细胞活力检测 | Calcein AM/PI染色试剂盒 | Beyotime | C2015M |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| Fe2+检测 | FerroOrange检测试剂盒 | Dojindo | F374 |
| MDA检测 | 脂质过氧化MDA检测试剂盒 | Beyotime | S0131M |
| LPO检测 | LPO检测试剂盒 | Dojindo | L248 |
| 细胞凋亡分析 | Annexin V-PI染色试剂盒 | BD Pharmingen | 556547a |
| 流式分析 | BD FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| CUT&Tag | Hyperactive通用型CUT&Tag(Illumina Pro)试剂盒 | Vazyme | TD904 |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Yeasen | 11402ES60 |
| 细胞培养 | 辛伐他汀 | -- | -- |
| Erastin | -- | -- | |
| Ferrostatin-1 | -- | -- | |
| Z-VAD-FMK | -- | -- | |
| Necrostatin-1s | -- | -- | |
| 曲古抑菌素 | -- | -- | |
| 动物实验 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| PD-L1抗体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 患者分组标准、他汀治疗持续时间、血清和组织样本采集方法 阅读提示:Materials and methods: Patients and tissue specimens |
| 细胞培养和处理 | 细胞系、培养基、辛伐他汀浓度梯度及处理时间 阅读提示:Materials and methods: Cell lines and cell culture; Results: Simvastatin suppressed ILF3 expression |
| 基因敲低和过表达 | siRNA序列、转染试剂及浓度、质粒构建 阅读提示:Materials and methods: Transfection and sequences of siRNAs; Construction and transfection of overexpression plasmids |
| CD8+ T细胞共培养 | CD8+ T细胞分离和活化条件、共培养比例和时间 阅读提示:Materials and methods: Isolation and culture of human CD8+ T cells |
| 铁死亡检测 | MDA、GSH/GSSG、LPO、ROS、Fe2+检测试剂盒及操作流程 阅读提示:Materials and methods: Intracellular ROS determination; Fe2+ determination; MDA determination; GSH/GSSG determination; Lipid peroxide determination |
| 动物实验 | 动物品系、数量、分组、细胞注射数量、给药方案及剂量 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments; Results: Simvastatin induced ferroptosis in GC cells in nude mice; Simvastatin synergized with anti-PD-L1 therapy |