筛选焦亡相关基因
获取与焦亡相关的基因列表。
利用MSigDB、Gene、GeneCards数据库检索焦亡相关基因,并取并集。
Correlation Analysis of Pyroptosis-Related Genes CASP1, NLRP3, AIM2, and NLRP1 With Lung Adenocarcinoma.
包含生物信息学数据库分析(差异表达、富集、PPI)和临床样本免疫组化验证,但缺乏功能实验或动物模型,机制验证不足。
肺腺癌患者组织样本(石蜡包埋) 癌旁组织样本
肺腺癌组织与癌旁组织样本量(各10例) 免疫组化抗体稀释比例(CASP1 1:300、NLRP3 1:100、AIM2 1:200、NLRP1 1:300) DAB显色试剂盒底物配比(1mL缓冲液对50μL浓缩DAB溶液) 免疫组化评分标准(染色深度与阳性细胞百分比)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取与焦亡相关的基因列表。
利用MSigDB、Gene、GeneCards数据库检索焦亡相关基因,并取并集。
鉴定肺腺癌中差异表达的焦亡相关基因。
将202个焦亡相关基因导入UALCAN数据库,分析在肺腺癌与正常组织中的表达差异。
探索焦亡相关DEGs参与的生物学通路。
将上调和下调的DEGs导入Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析。
识别与焦亡相关的最核心基因。
将DEGs导入STRING数据库构建PPI网络,用Cytoscape可视化,并使用cytoHubba的MCC算法筛选前五个核心基因。
验证核心基因在肺腺癌中的差异表达。
从GEO数据库GSE32863数据集提取核心基因表达数据,并通过jvenn工具可视化。
分析核心基因与免疫细胞浸润、诊断价值及预后的关系。
利用TIMER数据库分析免疫浸润相关性;利用TCGA数据绘制ROC曲线评估诊断效能;利用Kaplan-Meier plotter进行生存分析。
建立预测肺腺癌患者生存的量化模型。
利用Cox回归分析,结合核心基因表达、TNM分期和病理分期构建列线图,并绘制校准曲线验证。
探讨列线图模型与肿瘤免疫浸润的关联。
利用ssGSEA算法和Spearman相关分析计算TCGA肺腺癌样本免疫浸润数据与风险评分的相关性。
验证核心基因在肺腺癌组织中的蛋白表达。
对10例肺腺癌和10例癌旁组织石蜡标本进行免疫组化染色,检测CASP1、NLRP3、AIM2、NLRP1的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | CASP1抗体 | Proteintech | 22915-1-AP |
| NLRP3抗体 | ABWAYS TECHNOLOGY W | CY5651 | |
| AIM2抗体 | Bioss | bs-5986R | |
| NLRP1抗体 | Proteintech | 12256-1-AP | |
| 通用SP试剂盒 | Beijing Zhongshan Jinqiao Biotechnology Co. Ltd. | SP-9000 | |
| EDTA抗原修复液 | Beijing Zhongshan Jinqiao Biotechnology Co. Ltd. | ZLI-9067 | |
| DAB显色试剂盒 | Beijing Zhongshan Jinqiao Biotechnology Co. Ltd. | ZLI-9018 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Biosharp | BL601A |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组化 | 样本来源:石蜡包埋的肺腺癌组织和癌旁组织;样本量:各10例;抗体稀释比例:CASP1 1:300、NLRP3 1:100、AIM2 1:200、NLRP1 1:300;DAB底物配比:1mL缓冲液对50μL浓缩DAB溶液;评分标准:染色深度评分(0-3分)与阳性细胞百分比评分(0-4分),总分≤1为阴性、2-3为弱阳性、4-6为阳性、>6为强阳性。 阅读提示:请参见2.9小节(免疫组化方法及结果判定) |
| 生物信息学分析 | STRING数据库参数:required score highest confidence (0.900), FDR stringency medium (5%);TIMER参数:lung cancer;Kaplan-Meier参数:auto select best cutoff, OS, only JetSet best probe set, histology: adenocarcinoma 阅读提示:请参见2.3、2.5小节 |
| 统计方法 | 免疫组化数据使用χ2检验,若期望频数小于5则使用Fisher精确检验;显著性阈值p<0.05 阅读提示:请参见2.10小节 |