数据集获取与差异基因筛选
识别DR与正常对照之间的差异表达基因,并筛选氧化应激相关基因。
从GEO数据库获取GSE160306数据集,使用DESeq2包筛选DEGs,与GeneCards数据库的1398个氧化应激相关基因取交集,得到DEOSGs。
Identifying Therapeutic Targets and Potential Drugs for Diabetic Retinopathy: Focus on Oxidative Stress and Immune Infiltration.
结合了GEO数据集的生物信息学分析、分子对接以及动物模型中的RT-qPCR和WB验证,但主要依赖数据库挖掘,体内验证仅限于小鼠模型。
GSE160306数据集(20例DR患者和20例健康对照) GSE102485外部验证数据集 STZ诱导的C57BL/6J糖尿病小鼠模型
GSE160306包含20个DR样本(NPDR/PDR+DME)和20个正常对照 DEGs筛选阈值adj. P<0.05且|log2FC|>0.58 STZ剂量为50mg/kg,腹腔注射5天,血糖>16.7 mmol/L确认糖尿病 RT-qPCR和WB验证中,CCL4在DR组表达升高,FCGR2B无显著差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别DR与正常对照之间的差异表达基因,并筛选氧化应激相关基因。
从GEO数据库获取GSE160306数据集,使用DESeq2包筛选DEGs,与GeneCards数据库的1398个氧化应激相关基因取交集,得到DEOSGs。
探讨DEOSGs的生物学功能及参与的信号通路。
使用clusterProfiler和GOplot进行GO和KEGG富集分析。
结合PPI网络和机器学习方法筛选与氧化应激相关的关键基因。
利用STRING数据库构建PPI网络,使用Cytoscape的MCODE和CytoHubba插件识别候选基因,再通过LASSO回归和SVM-RFE算法筛选hub基因。
评估hub基因对DR的诊断价值。
构建列线图,使用ROC曲线分析hub基因的诊断效能。
探究hub基因显著富集的信号通路。
对hub基因进行单基因GSEA-KEGG分析,以p-value<0.05定义显著富集。
评估DR中免疫细胞浸润情况及其与hub基因的相关性。
使用ImmuCellAI工具分析免疫细胞浸润,与hub基因进行Spearman相关性分析。
构建TF和miRNA调控网络,预测靶向hub基因的潜在药物。
利用JASPAR和TarBase数据库通过NetworkAnalyst预测TF和miRNA,使用DSigDB数据库进行药物预测。
验证预测药物与hub基因蛋白的结合亲和力。
从PubChem获取药物结构,从RCSB PDB获取蛋白结构,使用AutoDockTools和QuickVina-W进行分子对接,分析结合能及非共价相互作用。
在外部数据集中验证hub基因的表达差异。
使用GSE102485数据集,通过DESeq2标准化后,用非配对t检验比较糖尿病组和正常组基因表达。
在STZ诱导的糖尿病小鼠模型中验证hub基因的表达。
小鼠腹腔注射STZ建立糖尿病模型,提取视网膜RNA和蛋白,通过RT-qPCR和WB检测CCL4和FCGR2B表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 实验动物模型建立 | 链脲佐菌素 | -- | -- |
| RNA提取和RT-qPCR | TRIzol试剂 | -- | -- |
| RT-qPCR | TB Green Fast qPCR Mix | Takara | -- |
| qPCR | Roche qPCR预混液 | Roche | -- |
| RT-qPCR | Accurate Biology | Accurate Biology | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| PVDF膜 | Servicebio | G2154-1L | |
| CCL4抗体 | Bioss | bs-2475R | |
| FCGR2B抗体 | Abclonal | A12553 | |
| β-actin抗体 | ZSGB-BIO | TA-09 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据集获取与处理 | GSE160306包含20例DR(NPDR/PDR+DME)和20例正常对照;筛选标准adj. P<0.05且|log2FC|>0.58 阅读提示:Methods部分: Dataset Sources and Processing; Identification of DEGs |
| 动物模型建立 | C57BL/6J小鼠周龄、性别、STZ剂量和给药方式、血糖判定标准 阅读提示:Methods部分: Establishment of Animal Models |
| RT-qPCR | 引物序列(补充表1)、内参基因(β-actin)、数据分析方法 阅读提示:Methods部分: Real-Time Quantitative Polymerase Chain Reaction; Supplementary Table 1 |
| Western blot | 蛋白提取试剂盒品牌、抗体稀释比例和品牌、内参 阅读提示:Methods部分: Western Blot |