识别糖尿病视网膜病变的治疗靶点和潜在药物:聚焦氧化应激与免疫浸润

Identifying Therapeutic Targets and Potential Drugs for Diabetic Retinopathy: Focus on Oxidative Stress and Immune Infiltration.

作者信息Hongsong Peng, Qiang Hu, Xue Zhang, Jiayang Huang, Shan Luo, Yiming Zhang, Bo Jiang, Dawei Sun
PMID39968099
发布时间2025-02-14
DOI10.2147/JIR.S500214

实验完整度

中

结合了GEO数据集的生物信息学分析、分子对接以及动物模型中的RT-qPCR和WB验证,但主要依赖数据库挖掘,体内验证仅限于小鼠模型。

主要模型

GSE160306数据集(20例DR患者和20例健康对照) GSE102485外部验证数据集 STZ诱导的C57BL/6J糖尿病小鼠模型

重点核对

GSE160306包含20个DR样本(NPDR/PDR+DME)和20个正常对照 DEGs筛选阈值adj. P<0.05且|log2FC|>0.58 STZ剂量为50mg/kg,腹腔注射5天,血糖>16.7 mmol/L确认糖尿病 RT-qPCR和WB验证中,CCL4在DR组表达升高,FCGR2B无显著差异

摘要

背景:糖尿病视网膜病变(DR)是一种与糖尿病相关的微血管疾病,在全球范围内呈上升趋势。近期研究表明,氧化应激和免疫细胞浸润与疾病的发生和进展有关。本研究通过生物信息学分析,探讨与DR和氧化应激相关的生物标志物及其与免疫细胞浸润的关系,并发现可能的治疗药物。方法:从基因表达综合(GEO)数据库获取DR的基因表达数据。将差异表达基因(DEGs)与氧化应激(OS)相关基因相交。富集分析聚焦于OS相关的差异表达基因(DEOSGs)。使用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析和机器学习算法来识别hub基因。单基因基因集富集分析(GSEA)确定生物学功能,而列线图和ROC曲线评估诊断潜力。构建了免疫浸润分析和调控网络。通过分子对接验证药物预测,并在数据集和动物模型中确认hub基因的表达。结果:与对照组相比,共发现91个DEOSGs。富集分析显示,这些DEOSGs主要与氧化应激反应、PI3K/Akt通路、炎症通路和免疫激活相关。通过PPI网络和机器学习发现了四个hub基因。根据列线图和ROC分析,这些hub基因具有诊断前景。免疫细胞浸润分析突出了免疫细胞的作用。构建了转录因子(TF)和miRNA的基因调控网络。利用结构数据,分子对接显示潜在药物与hub基因具有高结合亲和力。数据集分析、实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)和蛋白质印迹(WB)证实了CCL4在DR和对照组之间的表达差异。结论:CCL4被确定为DR中潜在的氧化应激相关生物标志物,为DR的诊断和治疗提供了新的见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
糖尿病视网膜病变中与氧化应激相关的生物标志物及其与免疫细胞浸润的关系,以及潜在的治疗药物。
核心机制
氧化应激与免疫细胞浸润相互作用,通过PI3K-Akt信号通路及炎症相关通路参与DR发病。
主要证据
通过GSE160306数据集鉴定出91个DEOSGs,结合PPI和机器学习筛选出CCL4、CR2、FCGR2B、FOXP3四个hub基因;ROC曲线显示诊断价值(AUC>0.7);动物实验验证了CCL4表达升高。
研究意义
CCL4作为氧化应激相关生物标志物,具有诊断和治疗靶点的潜力,为DR的早期诊断和靶向治疗提供新思路。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

数据集获取与差异基因筛选

识别DR与正常对照之间的差异表达基因,并筛选氧化应激相关基因。

从GEO数据库获取GSE160306数据集,使用DESeq2包筛选DEGs,与GeneCards数据库的1398个氧化应激相关基因取交集,得到DEOSGs。

2

富集分析

探讨DEOSGs的生物学功能及参与的信号通路。

使用clusterProfiler和GOplot进行GO和KEGG富集分析。

3

Hub基因筛选

结合PPI网络和机器学习方法筛选与氧化应激相关的关键基因。

利用STRING数据库构建PPI网络,使用Cytoscape的MCODE和CytoHubba插件识别候选基因,再通过LASSO回归和SVM-RFE算法筛选hub基因。

4

诊断价值评估

评估hub基因对DR的诊断价值。

构建列线图,使用ROC曲线分析hub基因的诊断效能。

5

单基因GSEA

探究hub基因显著富集的信号通路。

对hub基因进行单基因GSEA-KEGG分析,以p-value<0.05定义显著富集。

6

免疫浸润分析

评估DR中免疫细胞浸润情况及其与hub基因的相关性。

使用ImmuCellAI工具分析免疫细胞浸润,与hub基因进行Spearman相关性分析。

7

调控网络构建与药物预测

构建TF和miRNA调控网络,预测靶向hub基因的潜在药物。

利用JASPAR和TarBase数据库通过NetworkAnalyst预测TF和miRNA,使用DSigDB数据库进行药物预测。

8

分子对接验证

验证预测药物与hub基因蛋白的结合亲和力。

从PubChem获取药物结构,从RCSB PDB获取蛋白结构,使用AutoDockTools和QuickVina-W进行分子对接,分析结合能及非共价相互作用。

9

数据集外部验证

在外部数据集中验证hub基因的表达差异。

使用GSE102485数据集,通过DESeq2标准化后,用非配对t检验比较糖尿病组和正常组基因表达。

10

动物模型建立及验证

在STZ诱导的糖尿病小鼠模型中验证hub基因的表达。

小鼠腹腔注射STZ建立糖尿病模型,提取视网膜RNA和蛋白,通过RT-qPCR和WB检测CCL4和FCGR2B表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
链脲佐菌素----
TRIzol试剂----
TB Green Fast qPCR MixTakara--
Roche qPCR预混液Roche--
Accurate BiologyAccurate Biology--
RIPA裂解液Beyotime Biotechnology--
PVDF膜ServicebioG2154-1L
CCL4抗体Biossbs-2475R
FCGR2B抗体AbclonalA12553
β-actin抗体ZSGB-BIOTA-09

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
数据集获取与处理
GSE160306包含20例DR(NPDR/PDR+DME)和20例正常对照;筛选标准adj. P<0.05且|log2FC|>0.58
阅读提示:Methods部分: Dataset Sources and Processing; Identification of DEGs
动物模型建立
C57BL/6J小鼠周龄、性别、STZ剂量和给药方式、血糖判定标准
阅读提示:Methods部分: Establishment of Animal Models
RT-qPCR
引物序列(补充表1)、内参基因(β-actin)、数据分析方法
阅读提示:Methods部分: Real-Time Quantitative Polymerase Chain Reaction; Supplementary Table 1
Western blot
蛋白提取试剂盒品牌、抗体稀释比例和品牌、内参
阅读提示:Methods部分: Western Blot