网络药理学靶点预测
预测紫草油的活性成分及其潜在作用靶点。
利用TCMSP、ChemSrc、PubChem、PharmMapper数据库筛选紫草油活性成分靶点,通过UniProt标准化,筛选条件为OB≥30%、符合类药五规则、Probability>0。
Exploration of the mechanism of Lithospermum erythrorhizon oil in treating atopic dermatitis based on network pharmacology and experimental validation of the PI3K-Akt pathway regulation.
包含网络药理学预测、PPI网络、GO/KEGG富集、基因-miRNA网络分析及DNCB诱导AD小鼠模型的体内实验验证,涵盖症状评分、组织病理、ELISA和Western blot。
DNCB诱导的BALB/c小鼠AD模型
网络药理学筛选条件:OB≥30%、符合类药五规则、Probability>0 DNCB诱导AD模型:0.5%和1.0% DNCB溶液,第1-3天200μL 0.5%致敏,第4、7天起100μL 1.0%激发,后续隔周激发 药物干预:紫草油200μL每日两次涂于背部皮损,持续两周 阳性对照:1%吡美莫司乳膏50mg每日两次,持续两周 检测指标:皮肤病变评分(EASI)、HE染色、ELISA(IL-4、IL-13)、Western blot(PI3K、p-PI3K、Akt、p-Akt)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测紫草油的活性成分及其潜在作用靶点。
利用TCMSP、ChemSrc、PubChem、PharmMapper数据库筛选紫草油活性成分靶点,通过UniProt标准化,筛选条件为OB≥30%、符合类药五规则、Probability>0。
识别紫草油与AD相关的共同靶点。
从GeneCards数据库获取AD相关靶点,与紫草油靶点进行匹配,得到15个共同靶点。
揭示共同靶点间的相互作用,识别核心靶点。
将共同靶点导入STRING数据库构建PPI网络,利用Cytoscape进行可视化及拓扑分析,筛选出10个核心靶点。
分析共同靶点的生物学功能和参与的信号通路。
利用Metascape平台进行GO生物过程和KEGG通路富集分析。
预测紫草油通过miRNA调控靶基因的可能机制。
从miRTarBase获取miRNA-基因互作数据,通过NetworkAnalyst构建网络,并利用miEAA进行miRNA的GO和KEGG富集分析。
验证紫草油的体内治疗效果。
使用DNCB诱导BALB/c小鼠AD模型,通过症状和病理变化确认模型成功。
评估紫草油对AD小鼠的治疗作用。
将模型小鼠随机分为空白组、模型组、阳性对照组和治疗组,进行紫草油或吡美莫司乳膏局部治疗。
评估紫草油对AD皮肤病变的改善作用。
在实验第14天和28天进行皮肤病变评分,HE染色观察组织病理变化。
检测紫草油对Th2型细胞因子IL-4和IL-13的影响。
取小鼠皮肤组织匀浆,用ELISA试剂盒检测IL-4和IL-13浓度。
验证紫草油对PI3K-Akt通路蛋白表达的影响。
提取皮肤组织总蛋白,通过Western blot检测PI3K、p-PI3K、Akt和p-Akt的表达水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 紫草油 | -- | Z0510402 |
| 阳性对照药物 | 1%吡美莫司乳膏 | MEDA Pharma | H20170004 |
| ELISA | 小鼠IL-4 ELISA试剂盒 | Biosdee | EK0405 |
| 小鼠IL-13 ELISA试剂盒 | Biosdee | EK0425 | |
| Western blot | PI3激酶p110δ多克隆抗体 | Proteintech | 21708-1-AP |
| AKT多克隆抗体 | Proteintech | 10176-2-AP | |
| 磷酸化PI3激酶p110δ (Tyr524)抗体 | Bioss | bs-5587R | |
| 磷酸化Akt (Thr308)抗体 | Bioss | bs-2720R | |
| 常规蛋白分子量标准品(10-180 kDa) | Wuhan Sanying | PL00001 | |
| SDS-PAGE凝胶制备试剂盒 | Boster | AR0138 | |
| Tris-甘氨酸-SDS电泳缓冲液(1×粉末) | Boster | AR0139 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Boster | AR0146 | |
| 增强型RIPA裂解液 | Boster | AR0102 | |
| 蛋白酶抑制剂 | Boster | AR1178 | |
| 广谱磷酸酶抑制剂混合物(100×) | Boster | AR1183 | |
| Western一抗二抗稀释液 | Boster | AR1017 | |
| 快速转膜液 | Boster | AR0042 | |
| TBS-T(含0.05% Tween-20)洗涤缓冲液 | Boster | AR-0195 | |
| SDS-PAGE蛋白上样缓冲液(5×) | Beyotime | P0015L | |
| Western一抗二抗去除液(强碱性) | Beyotime | P0025-1L | |
| Immobilon®-PSQ PVDF膜,0.2 μm | Merck | ISEQ00010 | |
| 超灵敏化学发光检测试剂盒 | Uyard | S6010L | |
| 离心 | FRESCO17高速冷冻离心机 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 称量 | YHM-10002电子天平 | Huizhou Yingheng Electronic Technology Co., Ltd. | -- |
| 移液 | O71690K 0.5–10μl移液器 | Eppendorf | -- |
| J14538K 10-100μl移液器 | Eppendorf | -- | |
| H41141L 100-1000μl移液器 | Eppendorf | -- | |
| 孵育 | THZ-98C恒温摇床 | Shanghai Yiheng Scientific Instrument Co., Ltd. | -- |
| ELISA | AMR-100酶联免疫吸附测定仪 | Hangzhou Aosheng Instrument Co., Ltd. | -- |
| 无菌操作 | Opticlean-1300层流超净台 | Licon Bio-Medical Co. | -- |
| 离心 | JID-17R冷冻离心机 | Guangzhou Jidi Instrument Co., Ltd. | -- |
| 电泳 | DYCP-31DN琼脂糖凝胶水平电泳仪 | Beijing Liuyi Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 纯水 | WP-UP-YJ-10实验室超纯水系统 | Sichuan Woteer Water Treatment Equipment Co., Ltd. | -- |
| 制冰 | IMS-30自动雪花制冰机 | Changshu Shuke Electric Appliance Co., Ltd. | -- |
| 组织研磨 | JXFTPRP-48研磨仪 | Shanghai Jingxin Industrial Development Co., Ltd. | -- |
| 分光光度 | ND-100c超微量紫外可见分光光度计 | Hangzhou Mio Instruments Co., Ltd. | -- |
| Western blot | 凝胶玻璃板、固定夹 | Bio-Rad Laboratories | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学靶点预测 | 筛选标准(OB≥30%、类药五规则、Probability>0)、数据库版本、物种限定 阅读提示:Methods 2.1 |
| 共同靶点获取 | GeneCards数据库关键词及筛选条件、Venny软件版本 阅读提示:Methods 2.2 |
| PPI网络构建 | STRING数据库参数(置信度≥0.4)、Cytoscape版本及插件 阅读提示:Methods 2.3 |
| 富集分析 | Metascape平台参数(物种、FDR阈值) 阅读提示:Methods 2.4 |
| 基因-miRNA网络 | miRTarBase版本、NetworkAnalyst参数、miEAA的FDR阈值 阅读提示:Methods 2.5 |
| AD小鼠模型建立 | 小鼠品系、性别、年龄、体重、DNCB浓度和给药方案(第1-3天0.5% 200μL,第4、7天及之后1.0% 100μL) 阅读提示:Methods 2.6.4 |
| 药物干预 | 紫草油浓度和剂量(200μL每日两次)、阳性对照(50mg吡美莫司乳膏每日两次)、给药时间(两周) 阅读提示:Methods 2.6.5 |
| 皮肤病变评分 | EASI评分标准、评分时间点(第14天和第28天) 阅读提示:Methods 2.6.6 |
| 组织病理学 | 固定液(10%福尔马林)、染色方法(HE)、观察倍数(×40) 阅读提示:Methods 2.6.7 |
| ELISA检测 | 组织匀浆制备方法、试剂盒品牌及货号、操作步骤 阅读提示:Methods 2.6.8 |
| Western blot检测 | 蛋白提取方法、上样量、抗体信息(品牌、货号、稀释比例)、显色方法 阅读提示:Methods 2.6.9 |
| 统计方法 | 统计软件(GraphPad Prism 9)、检验方法(ANOVA、Kruskal-Wallis等)、显著性水平(P<0.05) 阅读提示:Methods 2.7 |