临床样本分析
评估HCC组织中plectin和整合素β1的表达及其与基质刚度标志物的关系
利用TCGA数据库分析HCC组织(n=371)与正常肝组织(n=276)中plectin mRNA表达,根据LOX和COL1A1中位数将HCC患者分为高刚度组(116例)和低刚度组(117例),比较两组间plectin和整合素β1的表达,并进行相关性分析。
High matrix stiffness accelerates migration of hepatocellular carcinoma cells through the integrin β1-Plectin-F-actin axis.
包含体外细胞实验(不同刚度水凝胶培养、划痕实验、基因敲低、免疫荧光、Western blot)和TCGA数据库分析,但缺乏动物模型等体内验证。
MHCC-97H人肝癌细胞系 MHCC-97L人肝癌细胞系 TCGA-HCC组织样本
基质刚度水平:7 kPa(正常肝)和53 kPa(肝癌),培养48小时 细胞系:MHCC-97H和MHCC-97L 基因敲低:shRNA敲低plectin,siRNA敲低整合素β1 药物处理:Latrunculin A(1 μM)处理 检测方法:划痕实验、免疫荧光、Western blot
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HCC组织中plectin和整合素β1的表达及其与基质刚度标志物的关系
利用TCGA数据库分析HCC组织(n=371)与正常肝组织(n=276)中plectin mRNA表达,根据LOX和COL1A1中位数将HCC患者分为高刚度组(116例)和低刚度组(117例),比较两组间plectin和整合素β1的表达,并进行相关性分析。
验证不同基质刚度对HCC细胞中plectin和整合素β1表达的影响
将MHCC-97H和MHCC-97L细胞培养在7 kPa(对照)和53 kPa(高刚度)的聚丙烯酰胺水凝胶上48小时,采用RT-qPCR和Western blot检测plectin和整合素β1的mRNA及蛋白表达。
评估高基质刚度对HCC细胞迁移的影响,以及敲低plectin或整合素β1后的作用
采用划痕实验(wound healing assay)检测不同刚度条件下细胞迁移能力;利用shRNA敲低plectin(MHCC-97H用shPlectin-2,MHCC-97L用shPlectin-1)和siRNA敲低整合素β1,比较敲低组与对照组的迁移变化。
检测基质刚度对F-actin聚合的影响,以及plectin和整合素β1在其中的作用
通过免疫荧光染色(Actin-Tracker Red-Rhodamine)观察F-actin聚合情况,并敲低plectin或整合素β1后观察F-actin荧光强度;同时检测波形蛋白(vimentin)的表达变化。
验证F-actin聚合的抑制是否逆转高刚度诱导的HCC细胞迁移
使用Latrunculin A(Lat-A)处理细胞以解聚F-actin,通过免疫荧光和划痕实验评估对F-actin聚合及细胞迁移的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gbico, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | HyClone | -- | |
| 谷氨酰胺 | Solarbio | G8230 | |
| 链霉素 | Solarbio | -- | |
| 青霉素 | Solarbio | -- | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Procell | -- | |
| 水凝胶制备 | 磺基-SANPAH | Thermo Fisher Scientific | -- |
| I型胶原 | Hangzhou Shengyou Biotechnology | -- | |
| 病毒生产与转染 | pLKO.1-EGFP-PURO-PLEC质粒 | Unibio | -- |
| psPAX2质粒 | Invitrogen | -- | |
| pMD2.G质粒 | Invitrogen | -- | |
| 聚凝胺 | Sigma Aldrich | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒 | Takara | -- |
| ReverTra Ace RT-qPCR试剂盒 | Takara | RR047Q | |
| SYBR Green PCR预混液 | Takara | RR820A | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Beyotime | -- | |
| 磷酸酶抑制剂 | Beyotime | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗体稀释液 | Beyotime | -- | |
| Plectin抗体 | Abcam | ab32528 | |
| 整合素β1抗体 | Abcam | ab179471 | |
| GAPDH抗体 | Bioss | bsm-33033M | |
| 二抗 | ZSBIO | -- | |
| ECL检测系统 | Bio-OI | -- | |
| 免疫荧光 | 磷酸盐缓冲液 | Biosharp | -- |
| Triton X-100 | Solarbio | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Biosharp | -- | |
| DAPI | Solarbio | -- | |
| 肌动蛋白示踪剂红色-罗丹明 | Beyotime | C2207S | |
| 波形蛋白兔单克隆抗体 | Abcam | ab92547 | |
| Alexa Fluor 647标记的山羊抗兔IgG | Beyotime | A0468 | |
| 划痕实验 | Ibidi培养插入式培养皿 | Ibidi | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism | GraphPad Software Inc. | 9.5.1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基质刚度实验 | 聚丙烯酰胺水凝胶的刚度(7 kPa和53 kPa)及制备方法 阅读提示:参见Materials and methods中的“Preparation of polyacrylamide (PAA) gels” |
| 细胞培养 | 细胞系(MHCC-97H、MHCC-97L)的来源、培养条件(DMEM, 10% FBS, 2 mM谷氨酰胺, 100 μg/mL链霉素, 100 U/mL青霉素) 阅读提示:参见Materials and methods中的“Cell culture” |
| 基因敲低 | shRNA靶序列(shPlectin-1、shPlectin-2)和siRNA序列(siNC、si-Integrin β1)以及转染/感染条件 阅读提示:参见Materials and methods中的“Virus production and transfection”和“siRNA transfection” |
| 药物处理 | Latrunculin A的浓度和处理时间(文中未明确说明具体浓度和时间) 阅读提示:参见Results中的“Latrunculin A reverses high matrix stiffness-induced F-actin aggregation and HCC cell migration”及图6图注 |
| 检测方法 | RT-qPCR引物序列、Western blot抗体信息、免疫荧光染色步骤 阅读提示:参见Materials and methods中的“Real-time quantitative reverse transcription PCR”、“Protein extraction and Western blot”和“Immunofluorescence staining” |
| 统计分析 | 统计方法(Student's t-test、one-way ANOVA)、重复次数(至少三次)、显著性水平(p < 0.05) 阅读提示:参见Materials and methods中的“Statistical analysis” |