RNA m6A修饰可能通过NF-kB通路参与镉诱导肺细胞中的氧化应激和凋亡调控

RNA m6A involves in regulation of oxidative stress and apoptosis may via NF-kB pathway in cadmium-induced lung cells.

作者信息Nan Zhang, Jie Yang, Yuan Zhao, Wenhong Li, Bo Zhao, Rongxian Li, Zuoshun He, Shiyan Gu
PMID39794323
发布时间2025-01-10
DOI10.1038/s41420-024-02284-w

实验完整度

包含细胞模型(Beas-2B长期处理)、动物模型(小鼠饮水染毒)、蛋白质组学、功能验证(增殖、迁移、凋亡)及机制验证(m6A通路、NF-κB/NRF2),证据层级独立。

主要模型

Beas-2B细胞(人支气管上皮细胞) C57BL/6J小鼠(镉暴露模型) 小鼠肺组织

重点核对

细胞模型:Beas-2B细胞,1 μmol/L CdSO4处理40代 动物模型:C57BL/6J雄性小鼠,饮水暴露50、100、200 mg/L CdSO4,持续18周 m6A抑制剂处理:2.5 μmol/L DAA处理72小时 凋亡检测:Hoechst 33258染色、TUNEL染色 机制验证:Western blot检测NF-κB、NRF2、NQO1、SOD2等蛋白表达

摘要

镉已被确定为一种环境污染物和致癌物。N6-甲基腺苷(m6A)在肺肿瘤的发展中发挥关键作用,但其机制尚未完全阐明。在本研究中,我们的数据表明,在支气管上皮细胞(Beas-2B细胞)中长期使用1 μmol/L CdSO4处理40代,导致了恶性表型的发展,表现为增殖、迁移和侵袭能力增强以及凋亡减少。蛋白质组学分析显示,与对照相比,第40代细胞中有350种蛋白质差异表达,这些蛋白质主要富集在京都基因与基因组百科全书(KEGG)的“癌症通路”和“化学致癌-活性氧”通路中。此外,预测NF-κB p65和NAD(P)H:醌氧化还原酶1(NQO1)的mRNA(这两条信号通路中的关键信号分子)含有高置信度的m6A修饰位点。随后的实验结果表明,随着镉处理代次的增加,m6A和肥胖相关蛋白(FTO)的水平升高,而烷基化DNA修复蛋白alkB同源物5(ALKBH5)和YTH结构域包含蛋白2(YTHDC2)的水平降低。此外,通过3-脱氮腺苷(DAA,m6A抑制剂)降低m6A水平,可显著抑制镉诱导细胞的恶性特征,激活核因子E2相关因子2(NRF2)信号通路中的分子,并抑制NF-κB的活性。同样值得注意的是,基于动物的结果表明,相关指标和生物学变化与细胞实验部分相似。具体来说,观察到肺组织中的m6A修饰水平升高,而FTO、ALKBH5和YTHDC2的表达下降。此外,免疫荧光检查显示m6A调节蛋白FTO和YTHDC2与NF-κB共定位。所提供的数据共同表明,慢性镉处理可能通过影响调节蛋白来影响m6A水平,这可能通过调节NF-κB和NRF2等转录因子触发氧化应激和凋亡。总之,我们的研究为理解镉毒性提供了科学基础,并为治疗镉诱导的肺部疾病提供了新的见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
慢性镉暴露如何通过m6A修饰及其调节蛋白影响肺细胞恶性表型,其机制是否涉及NF-κB和NRF2信号通路?
核心机制
慢性镉处理可能降低ALKBH5水平而升高RNA上的m6A修饰,从而影响NF-κB和NRF2等转录因子,调控氧化应激和凋亡,最终导致细胞恶性表型。
主要证据
细胞实验显示长期CdSO4处理诱导恶性表型,m6A水平升高,FTO上升而ALKBH5和YTHDC2下降;m6A抑制剂DAA逆转恶性特征并影响NF-κB/NRF2通路;动物实验显示肺组织m6A水平升高和蛋白变化,免疫荧光显示FTO/YTHDC2与NF-κB共定位。
研究意义
为理解镉毒性机制提供科学基础,并为镉诱导肺病的预防和治疗提供新见解。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建立慢性镉处理细胞模型

模拟长期低剂量镉暴露,诱导细胞恶性转化。

使用1 μmol/L CdSO4处理Beas-2B细胞40代,观察细胞形态、增殖、迁移和凋亡变化。

2

检测m6A修饰水平及调节蛋白表达

探究慢性镉暴露对m6A修饰及其调节蛋白的影响。

通过比色法检测总RNA m6A水平,Western blot检测FTO、ALKBH5、YTHDC2蛋白表达。

3

m6A抑制剂处理验证功能

验证m6A修饰在镉诱导恶性表型中的功能作用。

使用m6A抑制剂DAA处理Passage 40细胞,检测m6A水平、细胞活力、克隆形成、凋亡、迁移。

4

蛋白质组学与m6A位点预测

识别镉诱导恶性表型中的关键差异蛋白和信号通路,并预测关键mRNA的m6A修饰位点。

对Passage 0和40细胞进行蛋白质组学分析,KEGG富集,预测NF-κB p65和NQO1 mRNA的m6A位点。

5

检测氧化应激指标与信号通路蛋白

探究m6A抑制剂对氧化应激及NF-κB/NRF2通路的影响。

检测ROS、MDA、GSH、SOD活性,Western blot检测NF-κB p65、NRF2、SOD2、NQO1表达。

6

动物实验验证

在体内验证慢性镉暴露对肺组织的影响及m6A修饰变化。

小鼠饮水暴露CdSO4 18周,检测肺组织病理、凋亡、氧化指标、m6A水平及调节蛋白表达。

7

免疫荧光共定位分析

验证m6A调节蛋白与NF-κB在肺组织中的共定位关系。

通过免疫荧光检测FTO、YTHDC2与NF-κB的共定位。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Gibco Life Technologies--
胎牛血清Gibco Life Technologies--
青霉素----
链霉素----
胰蛋白酶Gibco Life Technologies--
3-脱氮腺苷Yuanye Bio-Technology Co., Ltd.--
CCK8试剂Nanjing Jiancheng Technology Co., Ltd.--
Hoechst 33258染液----
吉姆萨染液Beyotime Institute of Biotechnology--
DCFH-DA探针----
ROS检测试剂盒Beyotime Institute of Biotechnology--
非标记定量蛋白质组学服务Shanghai Zhongke New Life Biotechnology Co., Ltd.--
伊红----
二甲苯----
TUNEL DAB原位显色试剂盒Wuhan Saiweier Biotechnology Co., Ltd--
蛋白酶K----
NF-κB p65抗体AbcamAB32536
YTHDC2抗体Proteintech27779-1-AP
FTO抗体AbcamAB280081
总RNA提取试剂盒Tiangen Biotech--
Quant cDNA第一链合成试剂盒----
超微量紫外-可见分光光度计Hangzhou Suizhen Biotechnology Co., Ltd.--
QuantStudio 3 & 5实时荧光定量PCR仪Thermo Fisher Scientific--
SuperReal荧光定量预混试剂盒Tiangen Biotech--
EpiQuick RNA甲基化定量试剂盒Epigentek Group Inc.--
PVDF膜----
增强化学发光试剂Millipore--
YTHDC2抗体Proteintech27779-1-AP
FTO抗体Proteintech27226-1-AP
ALKBH5抗体Proteintech16837-1-AP
Bax抗体Proteintech50599-2-Ig
NRF2抗体Proteintech16396-1-AP
SOD2抗体Proteintech24127-1-AP
NQO1抗体Proteintech11451-1-AP
GAPDH抗体Proteintech10494-1-AP
NF-κB p65抗体AbcamAB32536
BCA蛋白定量试剂盒Beyotime Biotechnology--
总SOD活性检测试剂盒Beyotime Biotechnology--
GSH-PX检测试剂盒Beyotime Biotechnology--
MDA检测试剂盒Beyotime Biotechnology--
牛血清白蛋白----
DAPI染液----
75 cm2培养瓶----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞模型建立
Beas-2B细胞来源、培养条件、CdSO4浓度(1 μmol/L)、处理时间(40代)、传代方式
阅读提示:见Methods部分“Cell culture and cadmium treatment”
m6A抑制剂处理
DAA浓度(2.5 μmol/L)、处理时间(72小时)、细胞代次(Passage 0和40)
阅读提示:见Results部分“Effect of m6A inhibitor DAA treatment”和Methods部分“Cell apoptosis was detected by Hoechst 33258 staining”
动物实验
小鼠品系、周龄、性别、体重、CdSO4浓度(0, 50, 100, 200 mg/L)、饮水暴露时间(18周)、饲养条件
阅读提示:见Methods部分“Animal feeding and cadmium treatment”和Results部分“The pathology of lung tissue sections in mice”
m6A检测
RNA提取方法、RNA质量(OD260/280)、试剂盒(EpiQuick)、上样量(200 ng)、阳性/阴性对照
阅读提示:见Methods部分“Levels of m6A modification on total RNA was detected by colorimetric assay”
Western blot
蛋白上样量(50 μg)、抗体稀释比例、二抗浓度、曝光时间
阅读提示:见Methods部分“Protein expressions were detected by western blot”和Table 3