临床样本分析
评估牙周炎患者牙龈组织中的RAB7A表达和自噬活性。
收集严重牙周炎患者和健康对照的牙龈样本,进行免疫印迹、免疫荧光和RNA-seq分析。
USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis.
包含临床样本分析、实验性牙周炎小鼠模型、细胞实验和蛋白质组学等多层级验证,并进行功能获得和缺失实验。
临床牙龈组织样本(严重牙周炎患者与健康对照) 实验性牙周炎小鼠模型(结扎联合P. g.局部应用) THP-1来源巨噬细胞
P. g.刺激THP-1细胞的MOI和持续时间(MOI=100, 8h) 药物处理浓度:ML098 (100 nM), CID-1067700 (100 μM), Baf A1 (50 nM) USP4敲低和过表达的效率验证(siRNA和慢病毒) RAB7A活性检测方法(GTP-RAB7A pull-down)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估牙周炎患者牙龈组织中的RAB7A表达和自噬活性。
收集严重牙周炎患者和健康对照的牙龈样本,进行免疫印迹、免疫荧光和RNA-seq分析。
研究RAB7A失活和自噬受损对牙周炎进展的影响。
建立结扎联合P. g.的牙周炎小鼠模型,使用RAB7A激动剂ML098或Baf A1处理,通过micro-CT和免疫染色分析牙槽骨丢失和自噬标志物。
确定P. g.刺激对巨噬细胞自噬过程的影响。
用P. g.刺激THP-1来源巨噬细胞,检测自噬标志物、自噬流(GFP-RFP-LC3)以及自噬启动相关蛋白。
探究P. g.刺激下RAB7A活性变化及其对溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合的影响。
使用GTP-RAB7A抗体和GST-RILP pull-down检测活性RAB7A,观察RAB7A与RILP共定位,以及ML098和CID-1067700对自噬和IL1B的影响。
验证USP4是否通过去泛素化RAB7A促进自噬体-溶酶体融合。
通过免疫沉淀、蛋白质组学分析鉴定USP4与RAB7A的相互作用,检测USP4敲低和过表达对RAB7A泛素化、溶酶体分布和自噬流的影响。
评估USP4过表达或RAB7A抑制对牙周炎小鼠表型的影响。
使用AAV在牙龈局部过表达USP4,腹腔注射CID-1067700抑制RAB7A,通过micro-CT检测牙槽骨丢失。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | ML098 | MedChemExpress | HY-19800 |
| CID-1067700 | MedChemExpress | HY-13452 | |
| 巴弗洛霉素A1 | MedChemExpress | HY-100558 | |
| 细胞培养 | THP-1细胞系 | Procell Life Science&Technology Co., Ltd. | CL-0233 |
| RPMI 1640培养基 | ThermoFisher | C11875500BT | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯(PMA) | MULTI SCIENCES | CS0001 |
| 细胞转染 | Lipo8000转染试剂 | Beyotime | C0533 |
| 细菌培养 | 胰蛋白酶大豆肉汤(TSB) | ATCC | MD112 |
| 血红素 | Solarbio | H8132 | |
| 维生素K1 | Solarbio | V8151 | |
| 免疫荧光 | LysoTracker Red | Beyotime | C1046 |
| DAPI封片剂 | Invitrogen | S36939 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | ThermoFisher | 89900 |
| 膜和胞浆蛋白提取试剂盒 | Biosharp | BL671B | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A+G磁珠 | Beyotime | P2108 |
| Western blot | SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | ThermoFisher | 34580 |
| ELISA | IL1B ELISA试剂盒 | Proteintech | KE00021 |
| RNA-seq | Trizol试剂 | ThermoFisher | 15596018CN |
| Bioanalyzer 2100 | Agilent | -- | |
| RNA 6000 Nano LabChip试剂盒 | Agilent | 5067-1511 | |
| Illumina Novaseq 6000 | LC-Bio Technology CO., Ltd. | -- | |
| 抗体 | 抗RAB7A抗体 | Cell Signaling Technology | 95746 |
| 抗LC3A/B抗体 | Cell Signaling Technology | 12741 | |
| 抗SQSTM1抗体 | Cell Signaling Technology | 88588 | |
| 抗GTP-RAB7A抗体 | NewEast | 26923 | |
| 抗USP4抗体 | Proteintech | 66822-1-Ig | |
| 抗BECN1抗体 | Cell Signaling Technology | 4122 | |
| 抗MTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2972 | |
| 抗磷酸化MTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 5536 | |
| 抗NLRP3抗体 | Cell Signaling Technology | 15101 | |
| 抗裂解IL1B抗体 | Cell Signaling Technology | 83186 | |
| 抗泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| 抗ATP1A1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-21712 | |
| 抗ACTB抗体 | Proteintech | 60008-1-Ig | |
| 抗RILP抗体 | Proteintech | 13574-1-AP | |
| 抗LAMP1抗体 | Cell Signaling Technology | 9091 | |
| 抗IL1B抗体 | Bioss | bs-0812R | |
| 山羊抗小鼠IgG | Biosharp | BL001A | |
| 山羊抗兔IgG | Biosharp | BL003A |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与分化 | THP-1细胞培养条件、PMA浓度和分化时间 阅读提示:Materials and methods, Cell lines and transfection |
| 细菌刺激 | P. g.菌株(ATCC 33277)、培养条件、MOI和刺激时间 阅读提示:Materials and methods, P. g. strain and cell stimulation |
| 药物处理 | ML098、CID-1067700、Baf A1的浓度及处理时间 阅读提示:Results, Figure legends (Figure 4, Figure 6, Figure S2) |
| 小鼠模型 | 小鼠品系、周龄、结扎方法、P. g.浓度、给药途径和剂量、实验周期 阅读提示:Materials and methods, Mice |
| 蛋白检测 | Western blot所用抗体来源和货号、上样量、一抗稀释比例 阅读提示:Materials and methods, Western blots analysis; Antibodies |
| 自噬流检测 | GFP-RFP-LC3稳转细胞系、图像采集和分析方法 阅读提示:Materials and methods, Immunofluorescence staining and time-lapse images |