生物信息学分析IL-6与CD155相关性
探究肺腺癌中IL-6和CD155表达的相关性
使用TCGA肺腺癌队列(n=505)的RNA-seq数据,分析IL-6和CD155表达相关性,并按临床分期分层。
SOCS1 Inhibits IL-6-Induced CD155 Overexpression in Lung Adenocarcinoma.
包含细胞系体外实验、TCGA数据分析、患者组织及血清样本验证,并进行了SOCS1敲低功能验证,但缺乏动物模型。
A-549细胞系 NCI-H1437细胞系 3B1A细胞系 NCI-H1573细胞系
IL-6刺激浓度:10 ng/mL和50 ng/mL JAK2抑制剂AG490处理浓度:15 μM SOCS1敲低使用DsiRNA,浓度10 nM,处理48小时 Western blot检测CD155和SOCS1蛋白水平,3次独立实验,每次重复2次 免疫组化检测肺腺癌组织中IL-6和CD155表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究肺腺癌中IL-6和CD155表达的相关性
使用TCGA肺腺癌队列(n=505)的RNA-seq数据,分析IL-6和CD155表达相关性,并按临床分期分层。
验证IL-6是否能诱导CD155表达
四种肺腺癌细胞系(A-549, NCI-H1437, 3B1A, NCI-H1573)在无血清培养基中用10或50 ng/mL IL-6刺激,检测CD155 mRNA和蛋白水平。
确认IL-6诱导的CD155过表达是否依赖于JAK2信号
在A-549和NCI-H1437细胞中加入JAK2抑制剂AG490(15 μM)预处理,再给予IL-6刺激,检测CD155蛋白表达。
研究SOCS1是否调控IL-6诱导的CD155表达
通过Western blot检测各细胞系SOCS1基础表达;在3B1A和NCI-H1573细胞中转染DsiRNA敲低SOCS1,并给予IL-6刺激,检测CD155表达。
验证IL-6和CD155相关性在临床样本中是否存在
免疫组化检测39例肺腺癌活检组织中IL-6和CD155表达,ELISA检测31例患者血清中IL-6和CD155水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与刺激 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 人重组IL-6 | R&D | 206-IL | |
| Tyrphostin AG490(JAK2抑制剂) | Selleckchem | S1143 | |
| RT-qPCR | PureLink RNA小提试剂盒 | Thermo Scientific | 12183018A |
| 高效cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368814 | |
| CD155 TaqMan基因表达探针 | Applied Biosystems | Hs00197846_m1 | |
| Western blot | Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | 78438 |
| MicroBCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23235 | |
| 抗CD155抗体 | Abcam | ab267788 | |
| 抗SOCS1抗体 | Genetex | GTX100657 | |
| 抗β-actin抗体 | Sigma | A-1978 | |
| 生物素化抗兔二抗 | Invitrogen | 65-6140 | |
| 生物素化抗小鼠IgG | Invitrogen | 31803 | |
| ABC复合物/辣根过氧化物酶 | Vector | PK-6100 | |
| ECL Select蛋白质印迹检测试剂 | Amersham Biosciences | RPN2235 | |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| SOCS1敲低 | OptiMEM培养基 | Thermo Fisher | 31985 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000-015 | |
| SOCS1 DsiRNA | IDT | HS.Ri.SOCS1.13.1-3 | |
| 免疫荧光 | 4孔腔室玻片 | Lab-TeK (Thermo Fischer Scientific) | -- |
| Alexa Fluor488标记的山羊抗兔F(ab')2抗体 | Invitrogen | A11070 | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | 62248 | |
| Vectashield封片剂 | Vector Laboratories | H1000 | |
| 免疫组织化学 | 抗IL-6抗体 | BIOSS | bs-4587R |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab4055 | |
| Entellan封片剂 | Merck | HX43610761 | |
| 血清ELISA | 人IL-6 ELISA试剂盒 | Thermo Scientific | BMS213.2 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和IL-6刺激 | 细胞系来源;IL-6浓度(10或50 ng/mL);刺激时间(mRNA 6h,蛋白18h);无血清培养基 阅读提示:Materials and Methods 4.3节 |
| JAK2抑制剂处理 | AG490浓度15 μM;预处理时间;细胞系 阅读提示:Materials and Methods 4.3节 |
| Western blot | 裂解缓冲液(2% Triton X-100);蛋白上样量25 μg;抗体稀释度(CD155 1:500,SOCS1 1:300,β-actin 1:10000) 阅读提示:Materials and Methods 4.5节 |
| SOCS1敲低 | DsiRNA浓度10 nM;转染时间48小时;阴性对照(Lipofectamine) 阅读提示:Materials and Methods 4.7节 |
| 免疫组织化学 | 抗体稀释度(CD155 1:100,IL-6 1:50,CD8 1:50);抗原修复条件(0.01M柠檬酸盐缓冲液pH6.0,110°C,6 psi,20分钟) 阅读提示:Materials and Methods 4.10节 |
| 血清ELISA | IL-6 ELISA试剂盒(BMS213.2);CD155 ELISA试剂盒(EK1831) 阅读提示:Materials and Methods 4.11节 |