生物信息学分析Mena表达
分析Mena在不同HPV状态的OSCC中的表达差异
从TCGA、GEO和TIMER数据库获取数据,比较HPV阳性和阴性OSCC中Mena表达。
The Role of the Cytoskeletal Regulatory Protein, Mammalian Enabling Protein (Mena), in Invasion and Metastasis of HPV16-Related Oral Squamous Cell Carcinoma.
包含生物信息学分析、临床样本IHC、细胞功能实验、Western blot及体内动物模型,且明确进行功能验证和机制验证。
HPV16阴性OSCC细胞系Cal27 HPV16阳性OSCC细胞系SCC090 免疫缺陷小鼠肝转移模型 OSCC患者组织样本
Mena表达在HPV16阳性与阴性OSCC中的差异 Mena表达与淋巴转移及TNM分期的相关性 siMena敲低Cal27和LV-Mena过表达SCC090的转染效率 体内实验中免疫缺陷小鼠的尾静脉注射细胞量和观察时间 EMT相关蛋白E-cadherin、vimentin、MMP-2的表达变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析Mena在不同HPV状态的OSCC中的表达差异
从TCGA、GEO和TIMER数据库获取数据,比较HPV阳性和阴性OSCC中Mena表达。
验证Mena蛋白表达与临床病理特征的关系
对130例OSCC组织进行IHC染色,评估Mena、P16、E-cadherin、vimentin、MMP-2表达,并分析其与临床因素的相关性。
评估Mena对OSCC细胞迁移和侵袭的影响
在Cal27细胞中敲低Mena,在SCC090细胞中过表达Mena,通过Transwell和划痕实验检测迁移和侵袭能力。
验证Mena对EMT相关蛋白表达的影响
通过Western blot检测Mena、Snail、Slug、E-cadherin、N-cadherin、vimentin、MMP-2的表达。
验证Mena在体内对OSCC转移的影响
将不同处理的细胞注射到免疫缺陷小鼠尾静脉,4周后评估肝转移灶。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 徕卡Bond MAX | Leica Microsystems | -- |
| 抗Mena抗体 | Abcam | ab244417 | |
| 抗P16INK4A抗体 | Sanying | 10883-1-AP | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Maixin | MAB-0738 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Maixin | MAB-0735 | |
| 抗MMP-2抗体 | Abcam | ab37150 | |
| Bond Polymer Refine-HRP检测试剂盒 | Leica | DS9800 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 无外泌体胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞转染 | siMena慢病毒 | Genechem | -- |
| LV-Mena慢病毒 | Genechem | -- | |
| 细胞侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| Matrigel基底膜基质 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞实验 | 倒置显微镜(奥林巴斯FSX100) | Olympus | -- |
| Western blot | RIPA裂解液试剂盒 | ZHHC | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | BOSTER | -- | |
| 彩色凝胶快速制备试剂盒 | ZHHC | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗P16INK4A抗体 | Sanying | 10883-1-AP | |
| 抗Mena抗体 | Abcam | ab244417 | |
| 抗MMP-2抗体 | Abcam | ab37150 | |
| 抗Snail+Slug抗体 | BIOSS | bs-11961R | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | BIOSS | bs-1519R | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab37150 | |
| 抗GAPDH抗体 | BOSTER | BM3874 | |
| 发光试剂 | BOSTER | AR1197 | |
| Bio-Rad ChemiDoc XRS系统 | Bio-Rad | -- | |
| 统计分析 | SPSS统计软件24.0 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基配方、培养条件(温度、CO2浓度) 阅读提示:Materials and Methods 2.4 Cell Culture and Cell Transfection |
| 细胞转染 | 细胞密度、病毒使用量、感染时间、筛选药物浓度 阅读提示:Materials and Methods 2.4 Cell Culture and Cell Transfection |
| 细胞侵袭和迁移实验 | 细胞数量、基质胶包被浓度、孵育时间、染色剂浓度 阅读提示:Materials and Methods 2.5 Cell Invasion and Migration Assays |
| 蛋白表达检测 | 蛋白上样量、一抗稀释比例、孵育条件 阅读提示:Materials and Methods 2.7 Western Blotting |
| 动物模型 | 小鼠品系、周龄、注射细胞数、观察时间、处死方式 阅读提示:Materials and Methods 2.8 In Vivo Experiments to Evaluate Tumour Metastasis |