生物信息学筛选关键基因
从COAD转录组数据中识别与转移相关的关键基因和通路。
对TCGA COAD RNA-seq数据进行GSEA,确定EMT为显著通路,随后通过单变量和多变量Cox回归筛选出SNTB1,并构建预后风险模型。
Modulation of SRC by SNTB1 activates the Hippo-YAP pathway during colon adenocarcinoma metastasis.
文献包含生物信息学分析、临床样本检测、体外细胞功能实验、体内动物模型及单细胞测序等多层级验证,并明确进行了功能验证和机制验证。
DLD1细胞系 sw620细胞系 HIEC-6正常肠上皮细胞 BALB/c裸鼠异种移植模型
TCGA数据库中65例转移样本和343例非转移样本的RNA-seq数据 SNTB1过表达DLD1和敲低sw620稳定转染细胞系 尾静脉注射1×10^6 DLD1-SNTB1细胞于裸鼠 细胞培养条件:DLD1和HIEC-6用RPMI1640,sw620用L15培养基,均含10%FBS和50mg/ml青霉素/链霉素 CCK-8实验细胞密度3000细胞/孔,检测0-7天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从COAD转录组数据中识别与转移相关的关键基因和通路。
对TCGA COAD RNA-seq数据进行GSEA,确定EMT为显著通路,随后通过单变量和多变量Cox回归筛选出SNTB1,并构建预后风险模型。
从多组学水平验证SNTB1的差异表达和预后价值。
利用GEPIA、UALCAN、Linkedomics、STRING等数据库对SNTB1表达、与YAP1的关联及PPI网络进行分析。
验证SNTB1在COAD转移组织中的表达差异。
通过RT-qPCR、Western blot和IHC检测癌旁、原发癌和转移组织(肝、肺、骨)中SNTB1的表达。
评估SNTB1对COAD细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
在DLD1细胞中过表达SNTB1,在sw620细胞中敲低SNTB1,通过CCK-8、Transwell、侵袭实验和流式细胞术检测细胞功能。
验证SNTB1在体内的促肿瘤和促转移作用。
将SNTB1过表达或敲低的细胞皮下注射裸鼠,观察肿瘤生长;通过脾脏注射和尾静脉注射构建转移模型,并用MRI和H&E确认转移。
确定SNTB1的下游通路和相互作用的蛋白。
对DLD1瞬时转染细胞进行RNA-seq,鉴定YAP1为关键下游基因;通过Co-IP验证SNTB1与SRC结合;Western blot检测Hippo-YAP和EMT相关蛋白表达。
探索COAD的细胞异质性和细胞间通讯机制。
对9个COAD样本的scRNA-seq数据进行分析,鉴定细胞亚群,通过CellphoneDB分析细胞间配体-受体相互作用,并关联SNTB1表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | L15培养基 | Gibco | -- |
| RPMI1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | -- | |
| RNA提取和实时定量PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| M-MLV逆转录酶 | Takara | -- | |
| SYBR Premix ExTaq | Takara | -- | |
| ABI 7900检测系统 | -- | -- | |
| 质粒和siRNA构建及转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 蛋白提取和Western blot | 抗SNTB1抗体 | Abcam | ab1351 |
| Western blot | 抗Notch1抗体 | CST | 3608 |
| 抗VEGFR2抗体 | Proteintech | 26415-1-AP | |
| 抗磷酸化YAP抗体 | CST | 13008 | |
| 抗YAP抗体 | CST | 14074 | |
| 抗磷酸化LATS1抗体 | Proteintech | 28998-1-AP | |
| 抗LATS1抗体 | Proteintech | 17049-1-AP | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | CST | 3195 | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | CST | 13116 | |
| 抗caspase7抗体 | CST | 9491 | |
| 抗RAD50抗体 | Proteintech | 29390-1-AP | |
| 抗SLC1A5抗体 | Proteintech | 20350-1-AP | |
| 抗Slug抗体 | CST | 9585 | |
| 抗Snail抗体 | CST | 3879 | |
| 抗波形蛋白抗体 | CST | 5741 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8227 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| Amersham Imager 600成像系统 | GE | -- | |
| 细胞增殖实验 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | -- |
| 侵袭实验 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| 凋亡检测 | 膜联蛋白V-APC/7-AAD | BD Pharmingen | -- |
| 免疫共沉淀 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013 |
| 抗人IgG | Bioss | bs-0297P | |
| 抗SRC抗体 | Proteintech | 11097-1-AP | |
| Protein A/G琼脂糖珠 | Beyotime | P1012 | |
| 免疫组化 | 抗SNTB1抗体 | NOVUSBIO | A104159 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:DLD1和sw620来自ATCC,HIEC-6来自中国科学院细胞库;培养基:sw620用L15,DLD1和HIEC-6用RPMI1640,均含10%FBS和50mg/ml青霉素/链霉素 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 质粒和siRNA转染 | 转染试剂:Lipofectamine 3000;转染后48小时检测;siRNA序列见补充表S2 阅读提示:Methods - Plasmid and siRNA construction and transfection |
| 慢病毒感染和稳定细胞株构建 | 慢病毒包装质粒PSPAX2和pMD2G;筛选浓度5ug/ml嘌呤霉素 阅读提示:Methods - Lentiviral infection |
| 体外功能实验 | CCK-8细胞密度3000/孔,检测0-7天;Transwell和侵袭实验细胞数1×10^4;凋亡检测用annexin V-APC/7-AAD 阅读提示:Methods - Cell Counting Kit-8 assay, Transwell and invasion assay, Apoptosis |
| 体内实验 | BALB/c裸鼠(雄性,5周龄);皮下注射2×10^5 DLD1或2×10^6 sw620;尾静脉注射1×10^6 DLD1细胞;脾脏注射2×10^5 DLD1细胞 阅读提示:Methods - Xenograft experiment, Construction of the metastasis model |
| 分子机制验证 | Co-IP:抗SRC抗体(Proteintech #11097-1-AP)和Protein A/G agarose beads;Western blot抗体列表和稀释度 阅读提示:Methods - Co-immunoprecipitation (Co-IP), Protein extraction and western blotting |
| 单细胞测序分析 | GEO数据GSE144735;质量控制标准:细胞转录本>100,000和基因>1,500;聚类分辨率0.50 阅读提示:Methods - Single cell RNA sequence (scRNA-seq) |