胶质瘤中LTBPs表达和临床相关性分析
利用公共数据集分析LTBPs在胶质瘤中的表达水平及其与临床病理特征的关系,以筛选关键成员并确定其潜在临床意义。
分析了来自GEO数据集(Gill、Gravendeel、Murat)的胶质瘤和正常脑组织样本中LTBP1-4的表达,并在TCGA、CGGA、Rembrandt和Gravendeel等数据集中评估了LTBP2表达与WHO分级、IDH1/2状态、分子亚型及预后(总生存期)的关系。
Integrated bioinformatics analysis and experimental validation on malignant progression and immune cell infiltration of LTBP2 in gliomas.
包含多数据集生信分析、内部临床样本WB/IHC验证、细胞增殖与凋亡实验以及原位异种移植小鼠模型等至少两个独立实验层级,并进行了功能验证。
U87胶质瘤细胞系 U251胶质瘤细胞系 原位异种移植小鼠模型 临床胶质瘤组织样本队列
LTBP2在胶质瘤组织中的表达水平(WB和IHC检测) LTBP2表达与胶质瘤WHO分级、IDH1/2状态及分子亚型的关联 LTBP2表达与巨噬细胞浸润(CD163、CD11b等标志物)的相关性 LTBP2敲低对细胞增殖和TMZ敏感性的影响(CCK8和流式凋亡分析) LTBP2敲低对原位肿瘤生长和巨噬细胞浸润的影响(体内IHC检测)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
利用公共数据集分析LTBPs在胶质瘤中的表达水平及其与临床病理特征的关系,以筛选关键成员并确定其潜在临床意义。
分析了来自GEO数据集(Gill、Gravendeel、Murat)的胶质瘤和正常脑组织样本中LTBP1-4的表达,并在TCGA、CGGA、Rembrandt和Gravendeel等数据集中评估了LTBP2表达与WHO分级、IDH1/2状态、分子亚型及预后(总生存期)的关系。
通过WB和IHC在临床组织样本中验证LTBP2蛋白表达水平,并确认其与胶质瘤恶性程度的关系。
使用WB和IHC检测了154例胶质瘤样本(包括110例胶质瘤组织和8例非肿瘤脑组织等)中LTBP2蛋白水平,并分析其与WHO分级及IDH1/2状态的相关性。
通过生信分析和组织染色评估LTBP2表达与胶质瘤免疫细胞浸润的关联,尤其是巨噬细胞。
使用ESTIMATE平台计算免疫/基质评分,分析LTBP2与免疫细胞浸润的相关性;并通过IHC和免疫荧光染色验证高LTBP2表达与巨噬细胞标志物(CD163、CD11b、CD68)浸润的关系。
检验LTBP2对胶质瘤细胞增殖和化疗药物敏感性的作用。
使用shRNA在U87和U251细胞中敲低LTBP2,通过CCK8检测细胞增殖能力,通过流式细胞术检测TMZ处理后细胞凋亡变化。
评估敲低LTBP2在体内对胶质瘤生长和巨噬细胞浸润的影响。
采用原位异种移植模型,将NC-shRNA或LTBP2-shRNA U87细胞注射入裸鼠纹状体,通过IHC检测肿瘤大小和巨噬细胞浸润情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质表达检测(WB/IF) | 抗LTBP2抗体 | Bioss | bs-18440R |
| 免疫组织化学/免疫荧光检测 | 抗CD68抗体 | Proteintech | 28058-1-AP |
| 抗CD86抗体 | Cell Signaling Technology | 19589 | |
| 抗CD11b抗体 | biobyt | orb11009 | |
| 抗CD163抗体 | abcam | ab182422 | |
| 抗PCNA抗体 | Proteintech | 24036-1-AP | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC | -- | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| FACSCalibur流式细胞仪 | Becton Dickinson | -- | |
| 细胞培养与转染 | GV493-gcGFP-Puro载体 | GeneChem | -- |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集与处理 | 样本类型(石蜡包埋、冰冻)、样本数量(110例胶质瘤、8例NBT、12例NBT、24例冰冻)、知情同意、伦理批准号 阅读提示:Methods: Clinical samples |
| 公共数据集分析 | 数据集名称(TCGA-GBMLGG、CGGA等)、样本量(2407例)、LTBP2表达分组方法(高/低)及cutoff值 阅读提示:Methods: Public datasets acquisition and analysis; Results: Correlations between LTBPs expression and glioma malignancy |
| 蛋白表达检测(WB/IHC) | 抗体信息(LTBP2、CD68等)、IHC评分标准(强度0-3,阳性细胞百分比0-4)、样本数及重复数 阅读提示:Methods: Immunohistochemical (IHC) staining, Immunofluorescence staining & western blot |
| 细胞功能实验 | 细胞系(U87、U251)、shRNA靶序列、慢病毒感染时间和MOI(未明确)、嘌呤霉素筛选浓度和时间、CCK8检测细胞数和时间点、TMZ浓度 阅读提示:Methods: Construction and transfection with shRNA, Cell proliferation detection, Flow cytometry analysis |
| 体内动物实验 | 动物品系(Balb/c裸鼠)、细胞注射数量(3×10^5)、注射位点(右侧纹状体)、麻醉方法(1%戊巴比妥钠)、处死标准 阅读提示:Methods: Intracranial xenograft model |