PBMC分离与scRNA-seq分析
构建PD患者和健康对照的外周免疫图谱,鉴定细胞亚群和基因表达差异。
从PD早期、PD晚期患者和健康对照中分离PBMC,利用10x Genomics平台进行scRNA-seq,经过质量控制后获得48523个细胞,聚类为12个簇,并归为6种主要免疫细胞类型(CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、NK细胞、B细胞、单核细胞和粒细胞-单核祖细胞)。
Single-cell RNA sequencing reveals peripheral immunological features in Parkinson's Disease.
包含scRNA-seq、流式细胞术、免疫荧光、RT-qPCR等多种方法,且有扩大样本验证和人体脑组织验证。
外周血单个核细胞(PBMCs) 人脑组织切片(杏仁核和运动皮层) 人外周血样本
NK细胞比例在PD早期和晚期减少,与HY评分负相关 NK细胞浸润至PD晚期患者脑运动皮层和杏仁核,与TH强度负相关 XCL2在NK细胞C2和C5亚群中特异性高表达,与HY评分正相关 XCL2的AUC值预测PD性能(AUC 0.8040)优于JUN
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建PD患者和健康对照的外周免疫图谱,鉴定细胞亚群和基因表达差异。
从PD早期、PD晚期患者和健康对照中分离PBMC,利用10x Genomics平台进行scRNA-seq,经过质量控制后获得48523个细胞,聚类为12个簇,并归为6种主要免疫细胞类型(CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、NK细胞、B细胞、单核细胞和粒细胞-单核祖细胞)。
在更大样本中验证NK细胞比例随PD进展的变化。
使用流式细胞术分析健康对照、PD早期和PD晚期患者PBMC中T细胞、B细胞和NK细胞的比例,并分析与HY评分的相关性。
探究NK细胞是否浸润到PD患者脑组织并参与病理过程。
对PD晚期患者和健康对照的人脑切片(杏仁核和运动皮层)进行免疫荧光染色,检测TH和CD56阳性细胞,分析NK细胞数量和TH强度的相关性。
验证NK细胞特异性基因XCL2在PD中的表达及其预测性能。
通过RT-qPCR检测候选基因在PD患者和健康对照中的表达,评估XCL2和JUN的ROC曲线下面积(AUC),并分析其与HY评分的相关性。
鉴定NK细胞亚群中XCL2的特异性表达及其与疾病进展的关系。
对NK细胞进行无监督聚类,鉴定出8个亚群(C0-C7),分析XCL2在C2和C5亚群中的高表达,并进行GO富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC分离 | Ficoll-Paque Plus | GE Healthcare | -- |
| 单细胞测序 | 10x Genomics Chromium Next GEM 单细胞3'试剂盒v3.1 | 10x Genomics | 1000268 |
| Countess® II 自动细胞计数器 | -- | -- | |
| C1000 Touch PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 流式分析 | CD45/CD56/CD19/CD3检测试剂盒 | Beckman Coulter | -- |
| CD16-PE抗体 | Beckman Coulter | -- | |
| 免疫荧光 | 抗CD16抗体 | Bioss | -- |
| 抗CD56抗体 | Bioss | -- | |
| 抗TH抗体 | Abcam | -- | |
| DyLight 488标记的山羊抗兔IgG | Abbkine | -- | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | P0126 | |
| RT-qPCR | RNAiso Plus | TaKaRa | -- |
| Bestar™ qPCR RT试剂盒 | DBI | -- | |
| CFX96™实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PBMC分离与scRNA-seq | 样本分组(健康对照、PD早期、PD晚期)、样本量、细胞数、质控标准(线粒体基因比例>10%去除)、测序平台 阅读提示:Methods: Participants, Isolation and culture of PBMCs, Single-cell RNA sequencing, Quality control |
| 流式细胞术验证 | 样本量(健康对照n=14,PD早期n=28,PD晚期n=14)、抗体组合(CD45, CD3, CD19, CD16, CD56)、门控策略 阅读提示:Methods: Fluorescence-activated cell sorting (FACS), Figure 4 legend |
| 脑组织免疫荧光 | 脑区(杏仁核、运动皮层)、样本量(健康对照n=3,PD晚期n=2)、抗体稀释度(抗CD56 1:50,抗TH 1:250) 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining, Figure 4F-J legend |
| RT-qPCR验证 | 样本量(健康对照n=13,PD n=36)、内参基因(GAPDH)、引物序列 阅读提示:Methods: Real-time quantitative PCR (RT-qPCR), Table 2, Figure 6B legend |