GALNT6表达分析
评估GALNT6在ccRCC组织和正常肾组织中的表达差异。
利用公共数据集GSE15641(32例ccRCC,23例正常肾组织)和本地28对ccRCC及癌旁组织,通过RT-qPCR和Western blot检测GALNT6表达。
N-acetylgalactosaminyltransferase GALNT6 is a potential therapeutic target of clear cell renal cell carcinoma progression.
包含体外细胞功能实验、异种移植瘤模型和肺转移模型,并通过免疫沉淀/质谱、VVA印迹、定点突变和双荧光素酶报告实验验证机制。
CAKI1细胞 OS-RC-2细胞 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 BALB/c裸鼠尾静脉肺转移模型
细胞系:CAKI1和OS-RC-2,来源iCell Bioscience GALNT6过表达慢病毒(pLVX-mCherry-N1)和shRNA慢病毒(pLKO.1-mCherry-Puro)感染,MOI=50 PHB2 Ser161Ala突变体构建 皮下移植瘤模型:5×10^6细胞接种,28天后取材 肺转移模型:2×10^6细胞尾静脉注射,28天后生物发光成像
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估GALNT6在ccRCC组织和正常肾组织中的表达差异。
利用公共数据集GSE15641(32例ccRCC,23例正常肾组织)和本地28对ccRCC及癌旁组织,通过RT-qPCR和Western blot检测GALNT6表达。
验证GALNT6对ccRCC细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
在CAKI1和OS-RC-2细胞中过表达或沉默GALNT6,通过MTT、集落形成、Transwell和免疫荧光检测细胞增殖、迁移、侵袭及EMT标志物变化;ELISA检测MMP-2和MMP-9水平。
评估GALNT6在体内对肿瘤生长和肺转移的影响。
将稳定过表达或沉默GALNT6的CAKI1细胞皮下注射或尾静脉注射BALB/c裸鼠,定期测量肿瘤体积,28天后通过生物发光成像、组织学检查评估肺转移。
确定PHB2是否是GALNT6介导的O-糖基化底物并鉴定位点。
通过免疫荧光检测Tn抗原积累,免疫沉淀结合质谱(IP-LC/MS)和VVA印迹验证PHB2的O-糖基化,定点突变实验鉴定关键位点。
验证LEDGF是否作为转录因子调控GALNT6表达并影响ccRCC进展。
通过双荧光素酶报告实验检测LEDGF对GALNT6启动子的激活作用,并在CAKI1细胞中过表达LEDGF观察功能变化,以及通过拯救实验验证LEDGF对GALNT6沉默效应的逆转。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | Solarbio Life Sciences | M9420 |
| RPMI-1640培养基 | Solarbio Life Sciences | 31800 | |
| 胎牛血清 | Solelybio | 11011-8611 | |
| 病毒感染和质粒转染 | pLVX-mCherry-N1载体 | Fenghui Bio | FH1891 |
| pLKO.1-mCherry-Puro载体 | Fenghui Bio | KT2909 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| 集落形成实验 | Wright-Giemsa染色液 | KeyGEN BioTECH | KGA227 |
| ELISA | MMP-2 ELISA试剂盒 | Multisciences | EK1M02 |
| MMP-9 ELISA试剂盒 | Multisciences | EK1M09 | |
| 免疫组织化学 | 抗GALNT6多克隆抗体 | Bioss | Bs-16222R |
| 抗Ki-67多克隆抗体 | Affinity Biosciences | AF0198 | |
| HRP标记二抗 | Solarbio Life Sciences | SE134 | |
| HE染色 | 伊红 | Sangon Biotech | A600190 |
| 免疫荧光 | 抗E-钙黏蛋白多克隆抗体 | Affinity Biosciences | AF0131 |
| 抗N-钙黏蛋白多克隆抗体 | Affinity Biosciences | AF5239 | |
| 生物素化绒毛野豌豆凝集素(VVA) | Vector Laboratories | B-1235 | |
| Cy3标记的山羊抗兔IgG二抗 | Proteintech | SA00009-2 | |
| 链霉亲和素-FITC | BioLegend | 405201 | |
| DAPI | Aladdin Reagent | D106471-5mg | |
| RT-qPCR | TRIpure试剂 | BioTeke Bio | RP1001 |
| BeyoRT II M-MLV逆转录酶 | Beyotime Biotech | D7160L | |
| RNA酶抑制剂 | Biosharp Life Sciences | BL780A | |
| SYBR Green | Solarbio Life Sciences | SY1020 | |
| 2× Taq PCR预混液 | Solarbio Life Sciences | PC1150 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Proteintech | PR20001 |
| 蛋白酶抑制剂 | Proteintech | PR20032 | |
| PVDF膜 | Thermo Fisher Scientific | LC2005 | |
| 吐温-20 | Proteintech | PR20011 | |
| 小鼠抗GALNT6单克隆抗体 | Santa Cruz Biotechnology Inc. | sc-100755 | |
| 兔抗PHB2多克隆抗体 | Proteintech | 12295-1-AP | |
| 兔抗LEDGF多克隆抗体 | Proteintech | 25504-1-AP | |
| 兔抗MYC标签多克隆抗体 | Proteintech | 16286-1-AP | |
| 兔抗Flag标签重组抗体 | Proteintech | 80010-1-RR | |
| 兔抗cyclin D多克隆抗体 | Proteintech | 26939-1-AP | |
| 兔抗Bcl-2多克隆抗体 | Proteintech | 26593-1-AP | |
| 兔抗c-myc多克隆抗体 | Proteintech | 10828-1-AP | |
| 小鼠抗β-肌动蛋白单克隆抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | SA00001 | |
| HRP标记链霉亲和素 | Proteintech | SA00001-0 | |
| 增强化学发光试剂盒 | Proteintech | PK10003 | |
| 免疫沉淀 | AminoLink Plus偶联树脂 | Thermo Fisher Scientific | 26149 |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | KeyGEN BioTECH | KGAF040 |
| 细胞增殖实验 | MTT溶液 | KeyGEN BioTECH | KGA311 |
| 酶标仪(800TS) | BioTek Instruments | -- | |
| Transwell迁移实验 | Transwell小室(8 μm孔径) | Labselect | 14341 |
| Transwell侵袭实验 | 基质胶 | Corning Inc. | 356234 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型和FBS浓度;CAKI1使用McCoy's 5A培养基,OS-RC-2使用RPMI-1640培养基,均含10% FBS。 阅读提示:见Materials and Methods 2.3 Cell culture |
| GALNT6过表达和沉默 | 慢病毒载体、shRNA靶序列、感染MOI和筛选方法;MOI=50,感染后48小时流式分选。 阅读提示:见Materials and Methods 2.4 Viral infection and plasmid transfection及Table S1 |
| 体外功能实验 | MTT细胞密度(5×10^3每孔)、Transwell细胞数(迁移5×10^3、侵袭3×10^5)和检测时间(48小时)。 阅读提示:见Materials and Methods 2.14 Cell proliferation assay和2.15 Transwell migration and invasion assays |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、细胞接种数量和方式、肿瘤测量频率和终点时间;7周龄BALB/c裸鼠,皮下5×10^6细胞,尾静脉2×10^6细胞,28天。 阅读提示:见Materials and Methods 2.7 Animal studies |
| PHB2 O-糖基化位点验证 | PHB2突变体(Ser161Ala、Thr288Ala、Ser291Ala)构建和IP/VVA blot条件。 阅读提示:见Materials and Methods 2.4和3.4 Results及Figure 4E |
| 双荧光素酶报告实验 | 报告载体构建(GALNT6启动子片段-2000~+15bp)、共转染质粒和测量时间(48小时)。 阅读提示:见Materials and Methods 2.13 Dual-luciferase reporter assay |