细胞活力评估
检测咯菌腈对乳腺癌细胞活力的影响。
使用WST-8试剂盒处理MDA-MB-231、T47D和MCF-7细胞,暴露于10⁻⁵ M和10⁻⁶ M咯菌腈或10⁻⁹ M E2 72小时,测量450 nm吸光度。
A Fungicide, Fludioxonil, Formed the Polyploid Giant Cancer Cells and Induced Metastasis and Stemness in MDA-MB-231 Triple-Negative Breast Cancer Cells.
包含体外细胞实验(活力、形态、细胞周期、迁移、耐药)、转录组测序及蛋白验证(Western blot),但缺乏动物模型验证,实验层级单一。
MDA-MB-231三阴性乳腺癌细胞系
咯菌腈浓度:10⁻⁵ M 暴露时间:72小时 细胞系:MDA-MB-231(mutp53) 对照:0.1% DMSO 检测指标:细胞活力(WST)、细胞周期(FACS)、迁移(划痕)、耐药(IC50)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测咯菌腈对乳腺癌细胞活力的影响。
使用WST-8试剂盒处理MDA-MB-231、T47D和MCF-7细胞,暴露于10⁻⁵ M和10⁻⁶ M咯菌腈或10⁻⁹ M E2 72小时,测量450 nm吸光度。
确认咯菌腈处理后细胞形态变化。
使用Calcein AM和Hoechst或ActinGreen染色细胞,固定于4%多聚甲醛,观察细胞体和核的大小及数量。
实时观察咯菌腈对细胞分裂和多倍体形成的影响。
使用Lionheart FX活细胞成像系统,每30分钟记录84小时。
评估咯菌腈对细胞周期分布的影响。
收集处理后的细胞,PI染色,使用FACS分析细胞周期各相比例。
检测咯菌腈诱导的PGCCs的迁移能力。
划痕实验,使用丝裂霉素C抑制增殖,测量48小时划痕面积变化。
检测PGCCs对抗癌药物的耐药性。
WST测定处理阿霉素、5-FU、顺铂后的细胞活力,计算IC50。
识别咯菌腈处理后的差异表达基因和相关通路。
mRNA测序,GO和KEGG通路分析,qPCR验证。
验证细胞周期、EMT、干性和NF-κB通路相关蛋白表达。
采用蛋白质Simple Jess系统进行Western blot分析。
分离并表征PGCCs产生的子细胞。
从母细胞周围形成的小集落中分离子细胞,传代三次,检测其迁移、耐药和蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 咯菌腈 | Sigma-Aldrich | 131341-86-1 |
| 17β-雌二醇 | Sigma-Aldrich | 50-28-2 | |
| 阿霉素 | Sigma-Aldrich | 25316-40-9 | |
| 5-氟尿嘧啶 | Sigma-Aldrich | 51-21-8 | |
| 顺铂 | Sigma-Aldrich | 15663-27-1 | |
| 溶剂 | 无水二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | 67-68-5 |
| 细胞培养基 | DMEM培养基 | Fischer Scientific | -- |
| 无酚红低糖DMEM | Welgene Inc. | -- | |
| 胎牛血清 | R&D Systems | -- | |
| 活性炭-葡聚糖剥离胎牛血清 | R&D Systems | -- | |
| 细胞分离 | 胰蛋白酶-EDTA | Life Technologies Inc. | -- |
| 细胞活力检测 | Quanti-Max WST-8细胞活力检测试剂盒 | BIOMAX | -- |
| 多功能酶标仪Synergy Neo2 | BioTek Instruments Inc. | -- | |
| 形态学染色 | 钙黄绿素AM活细胞染料 | Invitrogen | C1430 |
| Hoechst 33342 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ActinGreen 488 Readyprobes试剂 | Invitrogen | -- | |
| Triton X-100 | Sigma | -- | |
| 封片剂 | ImmunoBioScience Corp | AR-6515-01 | |
| 倒置显微镜IX-73 | Olympus | -- | |
| 活细胞成像 | Lionheart FX活细胞成像系统 | BioTek Instruments Inc. | -- |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶溶液 | Sigma-Aldrich | -- |
| RNase A溶液 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Sony SH800细胞分选仪 | Sony | -- | |
| 迁移实验 | Dulbecco磷酸盐缓冲盐水 | Welgene Inc. | -- |
| 转录组测序 | RNAlater溶液 | Invitrogen | -- |
| TruSeq链式mRNA/总RNA文库制备试剂盒 | -- | -- | |
| NanoDrop8000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- | |
| 2100 Expert生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Novaseq 6000测序系统 | Illumina Technologies | -- | |
| qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript RT预混液 | Takara Bio Inc. | -- | |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara Bio Inc. | -- | |
| QuantStudio 3实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | ATTO | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | ATTO | -- | |
| BCA蛋白定量试剂 | Sigma-Aldrich Inc. | -- | |
| ProteinSimple JESS系统 | Bio-Techne | -- | |
| 12-230 kDa分离模块 | ProteinSimple | -- | |
| Cyclin D1抗体 | Biolegend | 681902 | |
| Cyclin E1抗体 | Santacruz | sc-377100 | |
| Cyclin A1抗体 | Bioss | bs-5739R | |
| Cyclin B1抗体 | Biolegend | 647901 | |
| p53抗体 | Santacruz | sc-126 | |
| E-钙粘蛋白抗体 | Biolegend | 324102 | |
| 波形蛋白抗体 | Thermo Fisher | MA5-11883 | |
| Nanog抗体 | Bioss | bs-0829R | |
| SOX2抗体 | Biolegend | 656102 | |
| NF-κB p50(p105)抗体 | Biolegend | 616701 | |
| ERK1/2抗体 | Cell signaling | 4695T | |
| 磷酸化ERK1/2 (Thr202/Tyr204)抗体 | Biolegend | 369501 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测(WST) | 细胞系(MDA-MB-231, T47D, MCF-7),咯菌腈浓度(10⁻⁵ M, 10⁻⁶ M),处理时间(72小时),对照(0.1% DMSO),细胞密度(2 × 10³ cells/well) 阅读提示:Materials and Methods 3.3, Figure 1 |
| 形态学染色 | 染色剂(Calcein AM, Hoechst, ActinGreen),固定液(4%多聚甲醛),处理时间(72小时),细胞密度(2.0 × 10⁴ cells/well) 阅读提示:Materials and Methods 3.4, Figure 2 |
| 活细胞成像 | 细胞密度(1.5 × 10⁴ cells/well),咯菌腈浓度(10⁻⁵ M),记录时间(84小时),间隔(30分钟) 阅读提示:Materials and Methods 3.5, Figure 3 |
| 细胞周期分析 | 细胞密度(1.0 × 10⁵ cells),咯菌腈浓度(10⁻⁵ M),处理时间(72小时),PI染色浓度(1.0 mg/mL) 阅读提示:Materials and Methods 3.6, Figure 3C-E |
| 迁移实验(划痕) | 细胞数(对照组2.0 × 10⁵ cells/well,处理组1.5 × 10⁵ cells/well),丝裂霉素C(12.5 μg/mL),观察时间(48小时) 阅读提示:Materials and Methods 3.7, Figure 4 |
| 化疗耐药性评估 | 药物(阿霉素、5-FU、顺铂),处理时间(72小时),细胞数(2.0 × 10⁴ cells/well) 阅读提示:Materials and Methods 3.8, Figure 4C-E |
| 转录组测序 | 细胞密度(1.0 × 10⁵ cells),咯菌腈浓度(10⁻⁵ M),处理时间(72小时),差异表达基因筛选标准(FDR ≤ 0.05, FC > 2) 阅读提示:Materials and Methods 3.9, Figure 5 |
| qPCR | RNA提取(TRIzol),逆转录(PrimeScript RT Master Mix),扩增条件(95°C 15s, 60°C 30s, 72°C 30s, 40循环) 阅读提示:Materials and Methods 3.10, Figure 5E-F |
| Western blot | 蛋白上样量(2.5 μg/3 μL),分离时间(35 min),分离电压(375 V),封闭时间(60 min),一抗时间(90 min),二抗时间(75 min) 阅读提示:Materials and Methods 3.11, Figure 3F-G, 4F-G, 5G-I, 8 |
| 子细胞获取 | 母细胞处理(咯菌腈10⁻⁵ M 72小时),子细胞传代次数(3次),胰酶浓度(0.1% trypsin-EDTA) 阅读提示:Materials and Methods 3.12, Figure 6 |