验证RNF2对PCV3复制的影响
确定RNF2是否影响PCV3复制及其在细胞中的表达变化。
在PK-15细胞中敲低或过表达RNF2,感染PCV3,通过Western blot检测Rep蛋白,TCID50测定病毒滴度;同时检测PCV3感染后RNF2蛋白和mRNA水平。
E3 ligase RNF2 inhibits porcine circovirus type 3 replication by targeting its capsid protein for ubiquitination-dependent degradation.
包含体外细胞模型(HEK-293T、PK-15),涵盖蛋白表达、相互作用、泛素化、降解机制及病毒复制的功能验证,并通过突变体验证机制。
PK-15细胞 HEK-293T细胞
PCV3感染PK-15细胞,MOI=0.5,感染时间0-48小时 RNF2 siRNA敲低或过表达,siRNA浓度20 μM CHX浓度100 μg/mL处理0-8小时 MG132和氯喹(CQ)处理浓度和时间 PCV3 Cap K139和K140位点突变验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定RNF2是否影响PCV3复制及其在细胞中的表达变化。
在PK-15细胞中敲低或过表达RNF2,感染PCV3,通过Western blot检测Rep蛋白,TCID50测定病毒滴度;同时检测PCV3感染后RNF2蛋白和mRNA水平。
鉴定PCV3 Cap中负责与RNF2相互作用的具体结构域。
在HEK-293T细胞中共表达GFP-RNF2和FLAG-Cap或截短突变体,进行co-IP和共定位分析。
确认RNF2通过泛素-蛋白酶体途径降解Cap,并鉴定泛素化类型。
使用CHX追踪Cap降解,使用MG132和氯喹抑制蛋白酶体和自噬,通过IP检测Cap泛素化水平及K48/K63连接类型。
确定PCV3 Cap中负责RNF2介导泛素化降解的赖氨酸残基。
构建Cap的K42R、K133R、K138R、K139R、K140R、K211R突变体,以及仅保留K139、K140或同时保留K139K140的突变体,检测RNF2对其表达和泛素化的影响。
证明RNF2的E3连接酶活性在其介导Cap降解和抑制病毒复制中的关键作用。
构建RNF2的RING结构域缺失突变体和C51W/C54S点突变体,检测其对Cap表达、泛素化、相互作用及病毒复制的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 12100061 |
| 胎牛血清 | LONSERA | S711-001s | |
| 青霉素和链霉素 | Solarbio | P1400 | |
| 质粒转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668027 |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 |
| 免疫沉淀 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime Biotechnology | P1005 |
| GFP纳米抗体琼脂糖珠 | LABLEDA | GNA-250-5K | |
| 抗FLAG亲和树脂 | Sigma | A2220 | |
| Western blot | SuperSignal West Femto底物试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 34096 |
| qRT-PCR | Vazyme cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R323-01 |
| AceQ通用SYBR qPCR预混液试剂盒 | Vazyme Biotech | Q712-02 | |
| 共聚焦显微镜 | DAPI | Sigma | D9542 |
| 共聚焦免疫荧光显微镜 | Leica | -- | |
| 抗体 | 兔抗RNF2抗体 | ABclonal Technology | A5563 |
| 小鼠抗FLAG抗体 | Sigma | F1804 | |
| 小鼠抗肌动蛋白抗体 | BBI | D191048 | |
| 兔抗GFP抗体 | BBI | D110008 | |
| 小鼠抗HA抗体 | Sigma | H3663 | |
| 辣根过氧化物酶标记山羊抗兔IgG | BBI | D110058 | |
| 辣根过氧化物酶标记山羊抗小鼠IgG | BBI | D110087 | |
| 兔抗猪IgG | Bioss | bs-0309Rs | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7.0 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和病毒 | PK-15和HEK-293T细胞来源;DMEM培养基及血清浓度(5%或10%);PCV3毒株来源 阅读提示:Materials and Methods - Cells and virus determination |
| 质粒转染 | 细胞融合度70%-80%;Lipofectamine 2000转染试剂;转染时间24小时 阅读提示:Materials and Methods - Plasmids and siRNA transfection |
| siRNA转染 | siRNA序列;转染试剂Lipofectamine RNAiMAX;siRNA浓度(20 μM) 阅读提示:Materials and Methods - Plasmids and siRNA transfection |
| 病毒感染 | PCV3感染MOI=0.5;感染时间(如36小时) 阅读提示:Materials and Methods - Cells and virus determination; Results sections |
| 蛋白质检测 | 抗体信息;Western blot条件;加载对照(β-actin) 阅读提示:Materials and Methods - Antibodies; Co-immunoprecipitation and western blotting |
| 泛素化检测 | HA-Ub及突变体(K48, K63)使用;IP条件;MG132和氯喹处理浓度及时间 阅读提示:Materials and Methods - Co-immunoprecipitation and western blotting; Results sections |