建立B7-H3稳定敲低的CRC细胞系
验证B7-H3在CRC细胞中的功能,并建立后续实验的细胞模型。
使用慢病毒转染RKO和DLD-1细胞,通过嘌呤霉素筛选和单细胞克隆获得稳定敲低B7-H3的细胞系,并通过流式细胞术验证敲低效率。
B7-H3 enhances colorectal cancer progression by regulating HB-EGF via HIF-1α.
包含细胞系模型、患者样本分析、基因表达谱芯片、功能实验(增殖、侵袭、血管生成)及机制验证(western blot、ChIP-qPCR、挽救实验),多个独立证据层级。
RKO和DLD-1结直肠癌细胞系 人脐静脉内皮细胞(HUVEC)血管生成模型 50例结直肠癌患者组织样本
B7-H3敲低细胞系的建立(慢病毒感染,敲低效率验证) shB7-H3 RKO和DLD-1细胞中HB-EGF和HIF-1α的表达水平 HIF-1α与HB-EGF启动子结合的ChIP-qPCR检测 HIF-1α过表达挽救后,HB-EGF mRNA及增殖、侵袭、血管生成能力恢复 PI3K-AKT-mTOR通路蛋白和磷酸化水平检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证B7-H3在CRC细胞中的功能,并建立后续实验的细胞模型。
使用慢病毒转染RKO和DLD-1细胞,通过嘌呤霉素筛选和单细胞克隆获得稳定敲低B7-H3的细胞系,并通过流式细胞术验证敲低效率。
评估B7-H3对CRC细胞增殖、侵袭和血管生成能力的作用。
对shB7-H3 RKO细胞进行增殖实验(结晶紫染色)和侵袭实验(Transwell)。收集条件培养基(CM)用于HUVEC管形成实验。
在全基因组范围内寻找B7-H3调控的下游分子。
提取shB7-H3 RKO和对照RKO细胞的RNA,进行Agilent人类基因表达谱芯片分析,筛选差异表达基因(DEGs)。
验证B7-H3与HB-EGF在临床样本中的表达关联及其与临床病理参数的关系。
收集50例CRC患者癌组织和配对正常组织,以及20例腺瘤组织,通过免疫组化(IHC)和qPCR检测B7-H3与HB-EGF表达,并进行统计学关联分析。
验证HIF-1α是否直接结合HB-EGF启动子并调控其转录。
通过ChIP-qPCR检测shB7-H3和对照RKO细胞中HIF-1α与HB-EGF启动子区的结合情况。
验证HIF-1α恢复是否能够逆转B7-H3敲低导致的功能抑制。
在shB7-H3 RKO细胞中通过慢病毒过表达HIF-1α,检测HB-EGF mRNA水平、细胞增殖、侵袭和血管生成能力。
初步探索B7-H3调控HIF-1α的上游信号通路。
通过western blot检测shB7-H3和对照RKO细胞中PI3K、AKT、mTOR蛋白及磷酸化水平的改变。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Hyclone | D5796 |
| RPMI 1640培养基 | Hyclone | R8758 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 16140071 | |
| 青霉素/链霉素 | Beyotime | C0222 | |
| EBM-2V培养基 | Lonza | CC-3162 | |
| Hanks平衡盐溶液 | Thermo Fisher Scientific | 14175 | |
| 流式细胞术 | PE/Cy7标记的抗人B7-H3抗体 | BioLegend | 351008 |
| APC标记的抗人B7-H3抗体 | BioLegend | 351006 | |
| 免疫组织化学 | 抗CD276抗体 | Abcam | ab105922 |
| 抗HB-EGF抗体 | Abcam | ab218019 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Jiancheng Bioengineering | A045-3 | |
| PVDF膜 | Millipore Sigma | -- | |
| 抗PI3K抗体 | Abcam | ab191606 | |
| AKT1单克隆抗体 | CST | 2938 | |
| 磷酸化AKT (Ser473)单克隆抗体 | CST | 4060 | |
| 抗mTOR抗体 | Abcam | ab32028 | |
| 磷酸化mTOR单克隆抗体 | CST | 5536 | |
| 抗HIF-1α抗体 | Abcam | ab51608 | |
| 抗β-肌动蛋白多克隆抗体 | Bioss | bs-0061R | |
| HRP标记的山羊抗兔二抗 | Abcam | ab7090 | |
| 增强化学发光试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 32106 | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| 反转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1691 | |
| MonAmp ChemoHS qPCR预混液 | Monad Biotech | MQ00401 | |
| 细胞增殖实验 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| 显微镜 | Leica | DM2500 | |
| 细胞侵袭实验 | Matrigel基质胶 | Corning | 356234 |
| Transwell小室 | BD Biosciences | -- | |
| 管形成实验 | 显微镜 | Leica | STELLARIS 5 |
| 基因芯片 | Ribo Pure RNA提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | AM1924 |
| RNeasy Mini RNA提取试剂盒 | QIAGEN | 74106 | |
| AffinityScript一步法RT-PCR试剂盒 | Agilent | 600188 | |
| Cy3-CTP荧光标记物 | Abcam | ab97170 | |
| NanoDrop2000C分光光度计 | -- | -- | |
| Agilent高分辨率扫描仪 | Agilent | Type C | |
| ChIP实验 | EZ-Magna ChIP A/G试剂盒 | Millipore | CB29719008 |
| 正常IgG | -- | -- | |
| 抗HIF-1α抗体 | Abcam | 51608 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与细胞系建立 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、敲低慢病毒的MOI和嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Methods下的Cell culture和Transfection experiment |
| 细胞功能实验 | 增殖实验接种细胞数、培养时间;侵袭实验细胞数、基质胶包被条件;管形成实验HUVEC培养条件 阅读提示:Methods下的Cell proliferation assay、Cell invasion assay和Conditioned medium and endothelial tube formation assay |
| 基因表达检测 | qRT-PCR引物序列、反应条件;Western blot抗体信息和稀释度 阅读提示:Methods下的qRT-PCR和Western blot analysis |
| 基因芯片分析 | 芯片型号、RNA质量要求、差异表达基因筛选阈值 阅读提示:Methods下的Agilent RNA microarray and data analysis |
| ChIP实验 | 试剂盒、抗体、qRT-PCR引物序列 阅读提示:Methods下的Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay |
| 临床样本分析 | 样本纳入标准、IHC抗体、染色重复次数 阅读提示:Methods下的Patient data and samples和IHC |