鉴定NINJ1作为腹膜后脂肪肉瘤的新型预后预测因子

Identification of NINJ1 as a novel prognostic predictor for retroperitoneal liposarcoma.

作者信息Yu Zhao, Da Qin, Xiangji Li, Tiange Wang, Tong Zhang, Xiaosong Rao, Li Min, Zhiyi Wan, Chenghua Luo, Mengmeng Xiao
PMID38733554
发布时间2024-05-11
DOI10.1007/s12672-024-01016-x

实验完整度

中

包含TCGA队列生信分析、外部患者队列IHC验证及生存分析,但缺乏功能实验和机制验证。

主要模型

TCGA脂肪肉瘤队列(57例) 中国RPLS患者队列(135例,来自RESAR研究)

重点核对

NINJ1表达分组(低、中、高)基于IHC染色评分 总生存期(OS)和无病生存期(DFS)的生存分析 多变量Cox回归分析校正年龄、性别、肿瘤大小和肿瘤数量 外部验证队列的中位随访时间为42个月

摘要

背景:腹膜后脂肪肉瘤(RPLS)以其易局部复发和生存时间短而著称。我们旨在为RPLS鉴定一个可靠且特异的预后生物标志物。方法:将来自癌症基因组图谱(TCGA)肉瘤数据集的病例作为训练组。使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建共表达模块,以探索模块与生存之间的关联。使用Kaplan-Meier方法对hub基因进行生存分析。此外,在来自REtroperitoneal SArcoma Registry(RESAR)研究(NCT03838718)的135例中国RPLS患者队列中进行了独立的外部验证。结果:基于TCGA队列中26,497个RNA的表达水平,共构建了19个共表达模块。在这些模块中,绿色模块与总生存期(OS,p = 0.10)和无病生存期(DFS,p = 0.06)呈正相关。基因集富集分析显示,绿色模块与内吞作用和软组织肉瘤相关。生存分析表明,NINJ1(绿色模块中的一个hub基因)在TCGA队列中与OS呈正相关(p = 0.019)。此外,在验证队列中,NINJ1表达水平较高的患者在OS(p = 0.023)和DFS(p = 0.012)方面均显示出较高的生存概率。多变量Cox分析进一步证实了NINJ1的独立预后意义。结论:我们为建立RPLS的共识预后生物标志物奠定了基础,这不仅应有助于医学治疗,还应指导新型靶向药物的开发。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
为腹膜后脂肪肉瘤(RPLS)鉴定一个可靠且特异的预后生物标志物。
核心机制
文中未明确说明
主要证据
基于TCGA队列的WGCNA分析确定NINJ1为绿色模块的hub基因,且在外部验证队列中通过免疫组化证实NINJ1高表达与更好的总生存期和无病生存期相关,多变量Cox分析确认其独立预后意义。
研究意义
NINJ1作为预后因子的鉴定为建立RPLS的共识预后生物标志物奠定了基础,不仅有助于医学治疗,还能指导新型靶向药物的开发。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

训练队列中的生物标志物鉴定

通过TCGA数据集系统性筛选与RPLS预后相关的基因模块和hub基因。

对TCGA脂肪肉瘤队列的26,497个RNA表达数据进行WGCNA分析,构建19个共表达模块,识别与预后相关的模块(绿色模块),并进行GO分析和GSEA,利用Cytoscape的betweenness分析筛选hub基因(包括NINJ1),随后进行Kaplan-Meier生存分析。

2

外部验证队列中的独立验证

在独立的外部队列中验证NINJ1表达与RPLS患者预后的关联。

对135例中国RPLS患者的手术切除组织进行NINJ1的免疫组化染色,根据染色评分分为低、中、高三组,并分析其与OS和DFS的关系,使用Kaplan-Meier分析和多变量Cox回归分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
NINJ1抗体BIOSSbs-11105R

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
训练队列生信分析
TCGA脂肪肉瘤样本量(57例)及WGCNA网络构建参数
阅读提示:Methods: Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) 和 Figure 2
外部验证队列
患者纳入标准、样本量(135例)、随访时间(中位42个月)
阅读提示:Methods: Patients and data 和 Figure 5
免疫组化评分
NINJ1抗体(BIOSS, bs-11105R)、染色评分标准(染色范围1-3分,染色强度低/中/高)
阅读提示:Methods: Immunohistochemistry (IHC)