数据获取与差异表达分析
鉴定卵巢癌与正常卵巢组织间的差异表达基因。
从GEO数据库获取四个数据集(GSE14407、GSE38666、GSE40595、GSE54388),以及TCGA和GTEx数据,使用GEO2R和limma包筛选差异表达基因。
NDC80 Kinetochore Complex Serves as a Potential Prognostic Predictor and Correlates with Immune Infiltrates in Epithelial Ovarian Cancer Patients.
包含多数据库生物信息学分析(GEO、TCGA、GTEx)及免疫组化蛋白验证,但缺乏功能实验和动物模型验证。
卵巢癌组织样本 健康卵巢表面上皮样本
GEO数据集:GSE14407(12 CEPI, 12 OSE)、GSE38666(7 CEPI, 8 OSE)、GSE40595(32 CEPI, 6 OSE)、GSE54388(16 CEPI, 6 OSE) TCGA卵巢癌样本:427例,GTEx正常卵巢样本:88例 IHC组织样本:30例上皮性卵巢癌和30例健康卵巢组织,其中各5例用于IHC 抗NUF2抗体:1:200稀释,bs-7714R,Bioss 统计显著性阈值:P < 0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定卵巢癌与正常卵巢组织间的差异表达基因。
从GEO数据库获取四个数据集(GSE14407、GSE38666、GSE40595、GSE54388),以及TCGA和GTEx数据,使用GEO2R和limma包筛选差异表达基因。
识别卵巢癌相关核心基因及模块。
利用STRING和Cytoscape构建PPI网络,使用NetworkAnalyst构建共表达网络,通过CytoHubba的节点度算法选择显著聚类基因。
探索差异表达基因参与的生物学过程及信号通路。
使用clusterProfiler包进行GO和KEGG富集分析,使用GSEA分析TCGA数据中的差异通路。
验证NUF2蛋白在卵巢癌组织中的表达水平。
对卵巢癌和非癌卵巢组织切片进行IHC染色,使用抗NUF2多克隆抗体进行孵育,DAB显色,显微镜观察并评分。
评估NDC80复合体表达与卵巢癌患者生存期的关联。
使用ROC曲线、Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素Cox回归,构建SPC24相关列线图。
探究NDC80复合体与卵巢癌免疫细胞浸润的相关性。
使用CIBERSORT、TIMER和ssGSEA评估肿瘤免疫微环境中免疫细胞比例,并进行Spearman相关性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 差异表达分析 | GEO数据集筛选标准:|log fold change| ≥ 2,调整后P值 < 0.05 阅读提示:Materials and Methods - Identification of Differentially Expressed Genes (DEGs) |
| 数据验证集 | TCGA样本量427例,GTEx样本量88例 阅读提示:Materials and Methods - Data Acquisition and Processing |
| 免疫组化染色 | 组织样本:5例OC和5例非OC卵巢组织;切片厚度:4μm;一抗:抗NUF2多克隆抗体,稀释1:200,4°C过夜;二抗室温孵育30-40分钟 阅读提示:Materials and Methods - IHC Staining |
| 预后模型 | 多因素Cox模型中独立预后因素:年龄、肿瘤状态、原发性治疗结果、KFS;列线图纳入年龄、组织学分级、肿瘤状态、原发性治疗结果、SPC24表达 阅读提示:Materials and Methods - Multiple Methods of Prognosis Analysis and Nomogram Construction; Figure 8C |
| 免疫浸润分析 | CIBERSORT分析22种免疫细胞,TIMER分析6种免疫细胞及肿瘤纯度,ssGSEA分析23种免疫细胞;Spearman相关分析P<0.05为显著 阅读提示:Materials and Methods - Correlation Analysis of Immune Cell Infiltration |