体外抗TNBC效应评估
考察erianin对TNBC细胞增殖、凋亡和迁移的影响。
使用不同浓度erianin(0、20、40 nM)处理MDA-MB-231和4T1细胞不同时间,通过CCK-8检测细胞活力;通过流式细胞术检测凋亡;通过Transwell实验检测迁移。
Erianin inhibits the progression of triple-negative breast cancer by suppressing SRC-mediated cholesterol metabolism.
研究包含体外细胞功能实验(CCK-8、凋亡、迁移)、体内移植瘤模型、分子靶点验证(CETSA、分子对接)及机制验证(转录组测序、胆固醇检测、SRC过表达/抑制)。
MDA-MB-231细胞(三阴性/基底样乳腺癌细胞) 4T1细胞(小鼠乳腺癌细胞) BALB/c裸鼠MDA-MB-231原位移植瘤模型 BALB/c小鼠4T1原位移植瘤模型
erianin处理浓度:0、20、40 nM(体外) 处理时间:12、24、48 h(体外增殖),24 h(凋亡、迁移) 体内给药剂量:erianin 4 mg/kg,PP2 8 mg/kg,胆固醇 8 mg/kg 给药方式:腹腔注射 细胞系:MDA-MB-231和4T1
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
考察erianin对TNBC细胞增殖、凋亡和迁移的影响。
使用不同浓度erianin(0、20、40 nM)处理MDA-MB-231和4T1细胞不同时间,通过CCK-8检测细胞活力;通过流式细胞术检测凋亡;通过Transwell实验检测迁移。
评估erianin在体内对TNBC肿瘤生长的影响。
将4T1细胞注射到BALB/c小鼠、MDA-MB-231细胞注射到BALB/c裸鼠的原位移植瘤模型,当肿瘤体积达约15 mm3时随机分组,给予erianin(4 mg/kg)或溶剂对照,定期测量肿瘤体积和体重,治疗结束后解剖肿瘤称重,并检测肝毒性指标。
识别erianin在TNBC中的潜在靶点。
通过网络药理学分析筛选erianin和TNBC的共有靶点,进行PPI网络分析筛选核心基因;采用分子对接预测erianin与核心蛋白的结合;利用CETSA验证erianin与SRC的结合能力,并通过Western blotting、RT-qPCR和IHC检测SRC表达变化。
验证SRC在TNBC细胞增殖和erianin抗肿瘤效应中的作用。
在MDA-MB-231细胞中过表达SRC,检测增殖变化以及erianin的抑制作用;用SRC抑制剂PP2处理MDA-MB-231和4T1细胞,检测SRC表达和细胞增殖;并在体内移植瘤模型中评价PP2的抑瘤作用。
探讨erianin影响的下游信号通路。
对erianin处理的肿瘤组织进行RNA-seq,KEGG通路分析显示类固醇生物合成通路显著下调;随后检测细胞和肿瘤组织中的胆固醇水平,并用RT-PCR检测胆固醇合成和摄取相关基因的表达。
验证胆固醇在TNBC细胞增殖和肿瘤生长中的作用。
用胆固醇和洛伐他汀处理TNBC细胞,检测细胞内胆固醇水平和细胞增殖;在体内移植瘤模型中给予胆固醇,观察对肿瘤生长的影响;并用胆固醇进行回补实验,验证erianin抑制效应的可逆性。
验证erianin是否通过抑制SRC降低胆固醇水平进而抑制TNBC进展。
过表达SRC后检测胆固醇水平及erianin对胆固醇的影响;用PP2抑制SRC后检测胆固醇水平和相关基因表达;在体内检测PP2对肿瘤胆固醇水平的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 毛兰素 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd. | B20844 |
| 二甲基亚砜 | Sigma | D1435 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8检测试剂盒 | RiboBio | C-005 |
| 免疫组化 | 山羊血清 | Jackson | 005-000-121 |
| 免疫组化二抗 | Dako | K5007 | |
| 蛋白质印迹 | SRC抗体 | Cell Signaling Technology | 2109 |
| GAPDH抗体 | ABclonal | AC001 | |
| Vinculin抗体 | Bioss | bsm-54148R | |
| 细胞处理 | PP2 | MCE | HY-13805 |
| 蛋白质印迹 | PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Shanghai Epizyme Biomedical Technology Co., Ltd. | PG111, |
| 肝功能检测 | 丙氨酸氨基转移酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C009-3-1 |
| 天冬氨酸氨基转移酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | C010-1-1 | |
| 胆固醇检测 | 总胆固醇检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A111-1-1 |
| 蛋白质印迹 | 高灵敏度ECL蛋白质印迹底物 | Tanon | 80-5001 |
| 免疫组化 | 改良柠檬酸钠抗原修复液 | Beyotime Biotechnology | P0083 |
| 胆固醇处理 | 胆固醇 | Beyotime Biotechnology | ST1155 |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013B |
| 细胞转染 | 无内毒素质粒大提试剂盒 | TIANGEN | DP117 |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | TIANGEN | X0927 |
| 蛋白质印迹 | 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | 9048-46-8 |
| 凋亡检测 | Annexin-V-FLUOS染色试剂盒 | Roche | -- |
| 细胞转染 | TransIntro EL转染试剂 | TransGen Biotech | FT201 |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | 10099141 |
| RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | C11875500BT | |
| 细胞转染 | Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31985070 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | C11995500BT |
| CETSA | C6流式细胞仪 | BD | -- |
| Western blotting | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 化学发光分析系统 | Tanon | Tanon-5200 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Novogene Technology Co., Ltd. | -- |
| RNA-seq | NEBNext Ultra定向RNA文库制备试剂盒 | -- | -- |
| Qubit2.0荧光计 | -- | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| RT-qPCR | 逆转录PCR试剂盒 | BD Biosciences | -- |
| Applied Biosystems 7300实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| SYBR Green预混液 | Takara Bio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养条件(培养基、血清浓度、CO2浓度) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度、处理浓度、处理时间、CCK-8检测波长 阅读提示:Methods: Detection of cell proliferation; Figure 1A, B |
| 凋亡检测 | 细胞接种密度、处理浓度、时间、染色方法、流式细胞计数 阅读提示:Methods: Apoptosis detection; Figure 1D, E |
| Transwell迁移实验 | 处理浓度、时间、细胞数、孔径、染色方法 阅读提示:Methods: Transwell assays; Figure 1F |
| 动物实验 | 动物品系、性别、周龄、细胞接种数量、给药剂量、频率、周期、肿瘤体积计算 阅读提示:Methods: Animal experiment; Figure 2 |
| CETSA | 细胞、erianin浓度、温度梯度、孵育时间、离心条件 阅读提示:Methods: Cellular thermal shift assay; Figure 3G, H |
| RNA测序 | RNA提取方法、文库构建试剂盒、测序平台、差异表达基因筛选方法(DESeq2)、富集分析软件 阅读提示:Methods: RNA sequencing |
| 胆固醇检测 | 样品制备方法(细胞或组织裂解、匀浆)、检测波长、蛋白定量方法(BCA) 阅读提示:Methods: Determination of cholesterol levels; Figure 7B, C |
| 蛋白质印迹 | 细胞处理浓度、时间、蛋白上样量、一抗和稀释比例、二抗及检测方法 阅读提示:Methods: Western blotting; Figure 3I, J |
| 免疫组化 | 组织固定、切片厚度、抗原修复方法、封闭液、一抗和二抗浓度、显色剂、评分方法 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry; Figure 3L, M |
| RT-qPCR | RNA提取、逆转录、PCR条件、内参基因、引物序列 阅读提示:Methods: Real-time PCR; Table 1 |
| 统计方法 | 数据表示方法、统计检验方法(ANOVA + Fisher's LSD) 阅读提示:Methods: Statistical analysis |