临床样本及体内模型验证trem2表达
确认trem2在胶质瘤组织和正常组织中的表达差异
通过Western blot和IF检测人胶质瘤组织及正常脑组织中trem2水平;建立小鼠原位胶质瘤模型,检测trem2表达。
Knockdown of trem2 promotes proinflammatory microglia and inhibits glioma progression via the JAK2/STAT3 and NF-κB pathways.
包含体外细胞共培养、体内小鼠原位移植瘤模型、患者样本检测,以及功能验证(增殖、凋亡、DNA损伤、血管生成)和机制验证(Western blot、通路抑制剂)。
HMC3人小胶质细胞 BV2小鼠小胶质细胞 U87MG和U251MG人胶质瘤细胞系 Gl261小鼠胶质瘤细胞原位移植瘤模型
trem2敲低效率和稳定性(Western blot、qRT-PCR验证) Transwell共培养体系中细胞比例及时间 NO浓度测定及carboxy-PTIO处理浓度(100 µM) 体内模型中Gl261细胞注射量(2×10^5)及动物品系(C57BL/6) 信号通路蛋白磷酸化水平(p-Jak2、p-Stat1、p-Stat3、NF-κB p50)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认trem2在胶质瘤组织和正常组织中的表达差异
通过Western blot和IF检测人胶质瘤组织及正常脑组织中trem2水平;建立小鼠原位胶质瘤模型,检测trem2表达。
探究肿瘤微环境中胶质瘤细胞与小胶质细胞共培养对trem2表达的影响
使用Transwell系统隔离共培养胶质瘤细胞与小胶质细胞,检测trem2表达。
验证谷氨酰胺缺乏对胶质瘤细胞trem2表达的影响
对胶质瘤细胞进行谷氨酰胺剥夺处理,检测trem2表达,并观察与微胶质细胞共培养后对微胶质trem2的影响。
验证敲低trem2的小胶质细胞对胶质瘤细胞恶性行为的影响
用慢病毒shRNA敲低小胶质细胞trem2,共培养后检测胶质瘤细胞增殖、迁移、侵袭、周期、凋亡及凋亡相关蛋白。
探究敲低trem2小胶质细胞抑制胶质瘤的机制是否由NO和DNA损伤介导
检测共培养后NO浓度、NOS2表达、ROS水平、γH2AX表达和彗星实验评估DNA损伤。
探究trem2敲低影响小胶质细胞极化的信号通路
通过Western blot检测JAK2/STAT1和NF-κB p50通路蛋白的表达及磷酸化水平。
验证trem2敲除对胶质瘤生长的影响
在trem2敲除小鼠中建立原位胶质瘤模型,观察肿瘤大小、免疫组化标志物。
验证NO在trem2敲低小胶质细胞抑制作用中的关键性
加入carboxy-PTIO清除NO,观察对胶质瘤细胞增殖、周期、凋亡、ROS、DNA损伤和血管生成的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取与PCR | M5 Universal RNA Mini Kit | Mei5bio | -- |
| riboSCRIPT mRNA/lncRNA qRT-PCR Starter Kit | RiboBio | -- | |
| 细胞培养 | MEM培养基 | Solarbio | 41500 |
| 青霉素-链霉素 | Sangon Biotech | E607011 | |
| 胎牛血清 | Sangon Biotech | E510008 | |
| DMEM培养基 | Solarbio | 11995 | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell | 1001 | |
| 转染 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 增殖检测 | EdU细胞增殖试剂盒 | Sangon Biotech | E607204 |
| 迁移侵袭 | Transwell 24孔板 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | Corning | 356234 | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Yeasen | 40302 |
| 周期检测 | 细胞周期染色试剂盒 | MultiSciences | CCS012 |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Jiancheng Bioengineering | E004-1-1 |
| NO检测 | 一氧化氮检测试剂盒 | Beyotime | S0021S |
| NO清除 | 羧基-PTIO | Beyotime | S1546 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013K |
| 膜蛋白和胞浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0033 | |
| Western blot封闭 | 牛血清白蛋白 | Beyotime | ST023-50g |
| Western blot一抗 | 抗trem2抗体 | Abcam | ab209814 |
| 抗bax抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| 抗bcl-2抗体 | Proteintech | 12789-1-AP | |
| 抗caspase-3抗体 | Abcam | ab184787 | |
| 抗cd11b抗体 | Abcam | ab133357 | |
| 抗gapdh抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗γH2ax抗体 | Abcam | ab81299 | |
| 抗IL-1β抗体 | Bioss | bs-0812R | |
| 抗IL-6抗体 | Bioss | bs-6309R | |
| 抗IL-10抗体 | Proteintech | 20850-1-AP | |
| 抗iNOS抗体 | Affinity | AF0199 | |
| 抗jak2抗体 | Proteintech | 17670-1-AP | |
| 抗NF-κB p105/p50抗体 | Abmart | M005873 | |
| 抗磷酸化jak2抗体 | Abmart | T56570 | |
| 抗裂解caspase-3抗体 | Abmart | TA7022 | |
| 抗磷酸化stat1抗体 | Abmart | TP56498 | |
| 抗磷酸化stat3抗体 | Affinity | AF3293 | |
| 抗stat1抗体 | Abmart | T55227 | |
| 抗stat3抗体 | Proteintech | 60199-1-Ig | |
| 抗TNF-α抗体 | Proteintech | 17590-1-AP | |
| 抗VEGFA抗体 | Proteintech | 66828-1-Ig | |
| 抗ATP1A1抗体 | Proteintech | 14418-1-AP | |
| Western blot二抗 | HRP标记山羊抗兔IgG | Abclonal | AS014 |
| HRP标记山羊抗小鼠IgG | Abclonal | AS003 | |
| 动物实验 | 异氟烷 | RWD | -- |
| 数字立体定位仪 | RWD | -- | |
| 组织切片 | 全封闭组织脱水机 | Leica | ASP300 |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Sigma | -- |
| HE染色 | 1%醇溶性伊红 | Biosharp | BL700A |
| 免疫荧光一抗 | 抗IBA1抗体 | Servicebio | GB12105 |
| 抗trem2抗体 | Thermofisher | PA5-87933 | |
| 抗γH2ax抗体 | Abcam | ab81299 | |
| 抗CD105抗体 | Bioss | bs-0597R | |
| 抗Ki-67抗体 | Affinity | AF0198 | |
| 免疫荧光二抗 | 山羊抗兔IgG H&L (Alexa Fluor 488) | Abcam | ab150077 |
| 山羊抗小鼠IgG H&L (Alexa Fluor 488) | Abcam | ab150113 | |
| 山羊抗兔IgG H&L (Alexa Fluor 594) | Abcam | ab150080 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L (Alexa Fluor 594) | Abcam | ab150116 | |
| 数据统计分析 | GraphPad Prism 8.0.1 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(HMC3、BV2、U87MG、U251MG、Gl261、HUVEC)及培养基条件 阅读提示:Methods - Cell line culture |
| 基因敲低 | shRNA序列及转染方法、嘌呤霉素筛选浓度(2 µg/mL) 阅读提示:Methods - Transfection |
| 共培养实验 | Transwell共培养的细胞接种密度、共培养时间 阅读提示:Methods - Transwell assay, Figure 1f |
| 体外功能实验 | 增殖(CCK8、EdU、集落形成)、迁移侵袭、凋亡、周期的具体实验条件 阅读提示:Methods - EdU, CCK-8 and colony formation assays; Transwell assay; Flow cytometry analysis |
| NO与ROS检测 | NO浓度测定方法(Griess法)、ROS检测条件、NO清除剂carboxy-PTIO的浓度(100 µM) 阅读提示:Methods - Detection and removal of NO; Flow cytometry analysis |
| DNA损伤检测 | 碱性彗星实验的具体步骤(琼脂糖浓度、裂解时间、电泳条件) 阅读提示:Methods - Alkaline comet assay |
| 血管生成检测 | 管形成实验中HUVEC与胶质瘤细胞共培养时间、Matrigel包被条件 阅读提示:Methods - Tube formation assay |
| 体内动物模型 | 小鼠品系、周龄、性别、肿瘤细胞注射量(2×10^5)、注射部位坐标、深度、体积、处死时间 阅读提示:Methods - Mice and tumor model |
| Western blot | 蛋白提取方法、抗体稀释比例、内参选择、膜蛋白提取 阅读提示:Methods - Western blotting |
| 信号通路验证 | JAK2/STAT1和NF-κB p50通路蛋白表达及磷酸化水平的检测条件 阅读提示:Methods - Western blotting; Results - Effect of trem2 on STAT1 phosphorylation and the NF-κB p50 signaling pathway |