临床相关性分析
评估ZNF169在结直肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系。
利用TCGA数据库分析ZNF169在CRC和正常组织中的转录水平,并用GEPIA进行生存分析;对CRC组织微阵列进行IHC染色检测ZNF169蛋白表达。
Overexpression of ZNF169 promotes the growth and proliferation of colorectal cancer cells via the upregulation of ANKZF1.
包含TCGA数据分析和患者组织IHC的临床相关性验证,细胞系功能实验(敲低/过表达、CCK-8、集落形成、EdU、caspase活性),以及机制验证(双荧光素酶、ChIP-qPCR、拯救实验)等多层级证据。
结直肠癌细胞系HCT-116 结直肠癌细胞系HT-29 结直肠癌细胞系RKO 结直肠癌患者组织样本
ZNF169和ANKZF1在结直肠癌细胞系中的表达水平 siRNA和慢病毒介导的ZNF169敲低/过表达效率 CCK-8和集落形成实验中的细胞数量、处理时间和培养天数 双荧光素酶实验中使用的启动子构建体和内参对照 ChIP-qPCR中使用的抗体和引物序列
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ZNF169在结直肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系。
利用TCGA数据库分析ZNF169在CRC和正常组织中的转录水平,并用GEPIA进行生存分析;对CRC组织微阵列进行IHC染色检测ZNF169蛋白表达。
确定ZNF169对结直肠癌细胞增殖和生长的影响。
使用siRNA敲低HCT-116和RKO中的ZNF169,使用慢病毒过表达HT-29中的ZNF169,然后进行CCK-8、集落形成、EdU染色和caspase-3/7活性检测。
探究ZNF169是否通过直接结合ANKZF1启动子来转录激活其表达。
通过RT-qPCR和Western blot检测ZNF169敲低和过表达后ANKZF1的mRNA和蛋白水平;使用双荧光素酶报告基因实验检测ANKZF1启动子活性;通过ChIP-qPCR验证ZNF169与ANKZF1启动子的结合。
确认ZNF169对CRC细胞增殖的促进作用是通过上调ANKZF1介导的。
在ZNF169过表达的HT-29细胞中敲低ANKZF1,在ZNF169敲低的HCT-116细胞中过表达ANKZF1,然后进行Western blot、CCK-8和caspase-3/7活性检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| IHC染色 | 柠檬酸盐缓冲液(pH 6) | -- | G1219 |
| 3%过氧化氢 | -- | 88597 | |
| 兔多克隆ZNF169抗体 | Weibo Biotechnology Co., Ltd. | B-10117 | |
| 兔多克隆ANKZF1抗体 | Proteintech Group, Inc. | 20446-1-AP | |
| 生物素化山羊抗兔抗体 | Boster Biological Technology Co., Ltd. | BA1003 | |
| 细胞培养 | 293T细胞 | American Type Culture Collection | CRL-3216 |
| NCM460细胞 | FENGHUIBIO | CL0393 | |
| RKO细胞 | Procell Life Science & Technology Co. Ltd. | CL-0196 | |
| HCT-116细胞 | Procell Life Science & Technology Co. Ltd. | CL-0096 | |
| HT-29细胞 | Procell Life Science & Technology Co. Ltd. | CL-0118 | |
| SW620细胞 | Procell Life Science & Technology Co. Ltd. | CL-0225 | |
| HCT-8细胞 | Procell Life Science & Technology Co. Ltd. | CL-0098 | |
| RPMI-1640完全培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 青霉素/链霉素溶液 | Corning, Inc. | -- | |
| siRNA转染 | RNAiMAX试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| Opti-MEM | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 31985070 | |
| siRNA双链 | HIPPOBIO company | -- | |
| 慢病毒包装 | pCDH载体 | -- | -- |
| VigoFect转染试剂 | Vigorous Biotechnology | -- | |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | HANBIO | HB-PU-1000 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| ReverTra Ace qPCR RT Master Mix with gDNA Remover试剂盒 | Toyobo Life Science | FSQ-301 | |
| SYBR主混合物 | Takara Bio, Inc. | -- | |
| Bio-Rad系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| BCA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | -- | |
| 吐温 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| ECL-Plus试剂盒 | Cytiva | RPN2232 | |
| 抗ZNF169抗体 | Abcam | ab225924 | |
| 抗ANKZF1抗体 | Proteintech Group, Inc. | 20447-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech Group, Inc. | 10494-1-AP | |
| 小鼠抗兔IgG-HRP二抗 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-2357 | |
| CCK-8 | CCK-8试剂 | Beyotime Institute of Biotechnology | C0039 |
| 集落形成 | 甲醇 | -- | -- |
| 结晶紫 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| 相机(EOS700D) | Canon, Inc. | EOS700D | |
| Caspase活性 | Caspase-Glo试剂 | Promega Corporation | -- |
| 酶标仪 | Tecan Group, Ltd. | M2009PR | |
| EdU染色 | BeyoClick EdU细胞增殖试剂盒(Alexa Fluor 555) | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| Triton X-100 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| Click添加溶液 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| DAPI | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| 双荧光素酶 | pGL3 basic载体 | Promega Corporation | -- |
| pCMV-RL-TK | Promega Corporation | -- | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega Corporation | E1910 | |
| ChIP-qPCR | SimpleChIP酶染色质IP试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 26156 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | CRC组织样本数量、正常组织距离、IHC染色条件(抗体稀释度、孵育时间)、阳性判定标准 阅读提示:Materials and methods 中的 IHC staining of ZNF169 and ANKZF1 部分 |
| 细胞培养 | 细胞系来源和认证(STR)、培养基成分、培养条件 阅读提示:Materials and methods 中的 Cells and cell culture 部分 |
| 基因敲低和过表达 | siRNA序列、转染试剂和用量、转染时间;慢病毒包装质粒、感染时间、筛选药物和浓度 阅读提示:Materials and methods 中的 Knockdown and overexpression of ZNF169 and ANKZF1 部分 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8实验细胞数、检测时间点;集落形成实验细胞数、培养天数;EdU染色细胞数、孵育时间 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell Counting Kit-8、Colony formation assay 和 EdU staining 部分 |
| 机制验证 | 双荧光素酶报告基因实验中的载体构建、转染时间、内参;ChIP-qPCR中使用的试剂盒、抗体、引物序列 阅读提示:Materials and methods 中的 Dual luciferase reporter assay 和 Chromatin immunoprecipitation (ChIP)-qPCR 部分 |