体内表型分析
评估TIGAR过表达对小鼠体重、脂肪量、代谢指标和肥胖表型的影响。
对TIGAR+/+小鼠和WT同窝小鼠进行普通饮食喂养,监测体重、脂肪组织重量、组织学染色、代谢指标(氧气消耗、能量消耗、血脂、血糖、胰岛素敏感性等)。
TIGAR exacerbates obesity by triggering LRRK2-mediated defects in macroautophagy and chaperone-mediated autophagy in adipocytes.
包含TIGAR转基因小鼠、3T3-L1细胞模型、患者样本分析、转录组与代谢组学、体内脂肪特异性敲低及纳米乳剂给药等多层级验证,并涵盖自噬和脂代谢功能及机制验证。
TIGAR转基因小鼠(TIGAR+/+) 3T3-L1前脂肪细胞分化模型 人脂肪组织样本 脂肪组织基质血管组分(SVF)细胞
TIGAR+/+小鼠的构建及普通饮食喂养12个月 3T3-L1细胞中TIGAR过表达或敲低的稳定细胞系建立 DNL201(LRRK2抑制剂)和ML282(RAB7B抑制剂)的处理浓度和时间 脂肪特异性TIGAR敲低AAV的注射剂量和途径 DNL201纳米乳剂的制备方法和给药方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TIGAR过表达对小鼠体重、脂肪量、代谢指标和肥胖表型的影响。
对TIGAR+/+小鼠和WT同窝小鼠进行普通饮食喂养,监测体重、脂肪组织重量、组织学染色、代谢指标(氧气消耗、能量消耗、血脂、血糖、胰岛素敏感性等)。
鉴定TIGAR对脂肪组织基因表达和代谢谱的影响,寻找关键分子。
对WT和TIGAR+/+小鼠的eWAT进行非靶向代谢组学和定量转录组测序,分析差异表达基因和代谢物。
在脂肪细胞中验证TIGAR对自噬和脂质代谢的直接影响。
利用3T3-L1前脂肪细胞分化模型,通过过表达或敲低TIGAR,检测自噬标志物、脂质积累和相关基因表达。
阐明TIGAR调控LRRK2和RAB7B的具体机制。
通过免疫共沉淀、免疫荧光、泛素化实验、蛋白合成抑制实验等,检测TIGAR对LRRK2表达、泛素化降解以及LRRK2-RAB7B相互作用的影响。
验证TIGAR敲低或药理学抑制对肥胖表型的改善作用。
通过AAV介导的脂肪特异性TIGAR敲低或DNL201纳米乳剂处理TIGAR+/+小鼠,评估肥胖相关指标和自噬水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体 | TIGAR抗体 | Proteintech | 22136-1-AP |
| LAMP2A抗体 | Abcam | ab125068 | |
| LRRK2抗体 | Cell Signaling Technology | 5559S | |
| RAB7抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-376362 | |
| RILP抗体 | Proteintech | 13574-1-AP | |
| BECN1抗体 | Cell Signaling Technology | 3495 | |
| LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 12741 | |
| SQSTM1/p62抗体 | Cell Signaling Technology | 8025 | |
| STUB1抗体 | Proteintech | 55430-1-AP | |
| HSPA8/Hsc70抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7298 | |
| FAS抗体 | Cell Signaling Technology | 4233 | |
| PLIN1/脂滴包被蛋白1抗体 | Cell Signaling Technology | 9349S | |
| ACAC/ACC抗体 | Cell Signaling Technology | 3676 | |
| LIPE/HSL抗体 | Cell Signaling Technology | 18381 | |
| 泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3936 | |
| PPARG抗体 | Cell Signaling Technology | 2435 | |
| ACTB/β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-20060 | |
| GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-25778 | |
| 药物处理 | DNL201 | MedChemExpress | S1078 |
| ML282 | MedChemExpress | S4696 | |
| 雷帕霉素 | MCE | HY-10219 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | MCE | HY-19312 | |
| 细胞染色 | 溶酶体示踪剂 | Beyotime | C1047S |
| 药物处理 | MG132 | MCE | HY-13259 |
| 氯喹 | MCE | HY-17589A | |
| 检测试剂盒 | 胰岛素ELISA试剂盒 | Mlbio | NE2014MC |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A11011 | |
| 总胆固醇检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A11111 | |
| 细胞系 | 3T3-L1细胞系 | ATCC | CRL-11268 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 小牛血清 | HyClone | SH30073.03 | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio | P1400 | |
| 地塞米松 | MCE | HY-14648 | |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | MCE | HY-12318 | |
| 胰岛素 | MCE | HY-P1156 | |
| 罗格列酮 | MCE | HY-17386 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher scientific | L3000015 |
| 病毒载体 | 慢病毒载体LV5 | OBiO Technology | H29035 |
| shRNA载体GV118 | OBiO Technology | Y28310 | |
| 腺病毒 | Ad-mCherry-GFP-LC3腺病毒 | Beyotime | C3011 |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| SuperSignal West Femto最大灵敏度底物试剂盒 | Smart-Lifesciences | H31500 | |
| 染色 | 尼罗红 | -- | -- |
| 油红O染色试剂盒 | Jiancheng Biotech | D027-1-1 | |
| 免疫沉淀 | Protein A/G-琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2003 |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Solarbio | T8200 |
| 显微镜 | 共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| 分子实验 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Hifair® III逆转录酶 | YESEN | 11141ES60 | |
| SYBR Green预混液试剂盒 | YESEN | 11185ES08 | |
| 动物实验 | 血糖仪 | Yuyue | 580 |
| AAV-Adipoq-Tigar shRNA | OBiO biotechnology | -- | |
| AAV-Scram | OBiO biotechnology | -- | |
| 代谢组学 | 超高效液相色谱系统 | Agilent Technologies | 1290 |
| UPLC BEH Amide色谱柱 | Waters | -- | |
| TripleTOF 6600质谱仪 | AB Sciex | -- | |
| 纳米乳剂制备 | 大豆油 | Sigma | S7381 |
| 吐温-80 | MCE | HYY1891 | |
| 甘油 | Sigma | PHR1020 | |
| 尼罗红 | Aladdin | N121291 | |
| 胆固醇 | Sigma | C8667 | |
| 动态光散射分析仪 | Brookhaven Instruments Co., Ltd | -- | |
| 体内成像 | 小动物活体成像系统 | PerkinElmer Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | TIGAR转基因小鼠的构建和基因型鉴定方法 阅读提示:Materials and methods: TIGAR transgenic mice |
| 细胞模型 | 3T3-L1细胞的分化方案和试剂浓度 阅读提示:Materials and methods: 3T3-L1 cell culture and differentiation |
| 药物处理 | DNL201、ML282、rapamycin等抑制剂的使用浓度和时间 阅读提示:Figure legends and Materials and methods |
| 基因操作 | TIGAR过表达和敲低慢病毒载体构建方法及感染参数 阅读提示:Materials and methods: Generation of TIGAR overexpression and TIGAR silenced cell lines |
| 体内干预 | AAV注射剂量和途径,DNL201纳米乳剂的制备和给药方案 阅读提示:Materials and methods: Animal treatment and DNL201 nano-emulsion preparation |
| 检测方法 | LD组分分离方法、免疫共沉淀方法、RILP亲和分离方法的具体步骤 阅读提示:Materials and methods: Isolation of LD fractions, Immunoprecipitation, GST-RILP affinity isolation |
| 统计设计 | 每组样本量、重复次数、统计检验方法 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |