生信分析筛选差异miRNA
从TCGA-LIHC数据库中识别PLC与正常组织间差异表达的miRNA,并筛选关键分子。
利用TCGA-LIHC数据库(369个PLC组织,49个正常组织),通过R语言“multiMiR”或“limma”包分析,以|logFC|>1和p<.05为筛选标准,获得差异表达miRNA,其中miR-10b-5p上调倍数最高。
miR-10b-5p promotes tumor growth by regulating cell metabolism in liver cancer via targeting SLC38A2.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、双荧光素酶报告基因验证机制、裸鼠异种移植模型及LC-MS代谢组学,多个独立证据层级,并有明确功能与机制验证。
人肝癌细胞系SK-Hep-1和HepG2 人肝癌细胞系SMMC-7721裸鼠异种移植模型 PLC患者肿瘤及癌旁组织样本
miR-10b-5p在PLC组织中的表达高于癌旁组织 miR-10b-5p mimics/inhibitors转染的细胞系及浓度 BALB/c裸鼠皮下注射SMMC-7721细胞数量及肿瘤测量时间 LC-MS代谢组学分析的差异代谢物
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从TCGA-LIHC数据库中识别PLC与正常组织间差异表达的miRNA,并筛选关键分子。
利用TCGA-LIHC数据库(369个PLC组织,49个正常组织),通过R语言“multiMiR”或“limma”包分析,以|logFC|>1和p<.05为筛选标准,获得差异表达miRNA,其中miR-10b-5p上调倍数最高。
验证miR-10b-5p在PLC患者肿瘤组织中的表达,并关联增殖和凋亡指标。
收集6对PLC组织和配对癌旁组织进行RT-qPCR检测miR-10b-5p表达,IHC检测Ki67和PCNA,WB检测Bcl-2、Bax和Cleaved caspase 3,TUNEL染色评估凋亡。
确定miR-10b-5p对PLC细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
在SK-Hep-1细胞中敲低miR-10b-5p,在HepG2细胞中过表达miR-10b-5p,分别用CCK-8检测增殖,Transwell检测迁移和侵袭,流式细胞术检测凋亡。
预测并验证miR-10b-5p的直接靶基因。
利用TargetScan、miRDB、Diana microT和miRanda数据库预测靶基因,获得162个重叠靶基因,其中SLC38A2有结合位点。通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-10b-5p与SLC38A2 3'UTR的直接结合,并在HepG2细胞中检测过表达miR-10b-5p对SLC38A2表达的影响。
验证miR-10b-5p对PLC肿瘤生长的影响。
BALB/c裸鼠皮下注射稳定转染miR-10b-5p mimics或NC mimics的SMMC-7721细胞,35天后处死,测量肿瘤体积和重量,并通过RT-qPCR、WB、IHC、TUNEL检测相关指标。
分析miR-10b-5p过表达对PLC肿瘤代谢谱的影响。
对移植瘤组织进行LC-MS非靶向代谢组学分析,结合PCA和PLS-DA分析,鉴定差异代谢物,并进行通路富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA-LIHC数据库 | -- | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher | 11875119 |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | 12303C | |
| 青霉素/链霉素 | GE Healthcare | SV30010 | |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher | 10313021 | |
| miR-10b-5p模拟物 | GenePharma | -- | |
| 模拟物阴性对照 | GenePharma | -- | |
| miR-10b-5p抑制剂 | GenePharma | -- | |
| 抑制剂阴性对照 | GenePharma | -- | |
| 过表达阴性对照 | HonorGene | -- | |
| SLC38A2过表达载体 | HonorGene | -- | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher | 11668019 | |
| 细胞凋亡诱导 | 星形孢菌素 | Selleck | S1421 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| RT-qPCR | cDNA合成试剂盒 | Cwbiotech | CW2569 |
| miRNA cDNA合成试剂盒 | Cwbiotech | CW2141 | |
| UltraSYBR Mixture | Cwbiotech | CW2601 | |
| PCR仪 | Thermo Fisher | PIKOREAL96 | |
| IHC | 切片机 | Leica | M199 |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| 抗PCNA抗体 | Abcam | ab29 | |
| 抗鼠二抗 | Proteintech | SA00013-3 | |
| 抗兔二抗 | Proteintech | SA00013-2 | |
| DAB工作液 | ZSGB-Bio | ZLI-9017 | |
| 显微镜 | Motic | BA410T | |
| WB | RIPA裂解液 | Abiowell | AWB0136 |
| 蛋白酶抑制剂 | Gentihold | 583794 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | 23227 | |
| PVDF膜 | Bio-Rad | 1620177 | |
| 脱脂牛奶 | Abiowell | AWB0004 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Abcam | ab59348 | |
| 抗Bax抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| 抗Caspase 3抗体 | Proteintech | 19677-1-Ap | |
| 抗SLC38A2抗体 | Bioss | Bs-12125R | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| HRP标记抗鼠二抗 | Proteintech | SA00001-1 | |
| HRP标记抗兔二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| ECL显色底物 | Abiowell | AWB0005b | |
| 凋亡检测 | TUNEL检测试剂盒 | KeyGEN Biotech | KGA704 |
| Annexin V-FITC/PI试剂盒 | KeyGEN Biotech | KGA108 | |
| CCK-8 | CCK-8溶液 | Dojindo | NU679 |
| 酶标仪 | Huisong Technology | MB-530 | |
| Transwell | 胰蛋白酶 | Beyotime Biotech | C0201 |
| Transwell上室 | Corning | 33318035 | |
| Matrigel基质胶 | Corning | 356231 | |
| 结晶紫 | Solarbio Life Sciences | C8470 | |
| 显微镜 | Beijing Cnmicro Instrument | DSZ2000X | |
| 双荧光素酶报告 | HEK-293A细胞 | Abiowell | AW-CNH216 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | ThermoFisher | 11668019 | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Hunan SJA Laboratory Animal Co., Ltd. | -- |
| miR-10b-5p模拟物或阴性对照模拟物 | GenePharma | -- | |
| LC-MS | 质谱仪 | AB Sciex | TripleTOF5600+ |
| HSS T3色谱柱 | Waters | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本验证 | PLC患者肿瘤与癌旁组织的miR-10b-5p表达,以及增殖和凋亡指标(Ki67、PCNA、Bcl-2、Bax、Cleaved caspase 3) 阅读提示:Results 2.2节及Figure 2 |
| 细胞功能实验 | SK-Hep-1和HepG2细胞的转染效率,CCK-8检测时间点,Transwell培养时间,凋亡诱导条件 阅读提示:Results 2.3节、Materials and methods 4.3、4.8、4.9节 |
| 双荧光素酶报告基因 | 野生型和突变型SLC38A2 3'UTR报告质粒的构建,共转染的miR-10b-5p mimic或mimic NC浓度,检测时间 阅读提示:Materials and methods 4.10节及Figure 4(d) |
| 体内异种移植 | BALB/c裸鼠周龄,接种细胞数量,肿瘤测量频率,实验终点 阅读提示:Materials and methods 4.11节及Figure 5 |
| 代谢组学 | LC-MS参数(仪器、色谱柱、流动相、梯度),组织提取方法 阅读提示:Materials and methods 4.12节及Figure 6 |