生信分析与模型验证
评估RAF1表达与乳腺癌预后的关联,并预测匹莫齐特与RAF1结合
使用Kaplan-Meier数据库和UALCAN数据库分析RAF1表达与生存期及组织学亚型的关系;用Schrodinger软件进行分子对接模拟
The antipsychotic drug pimozide promotes apoptosis through the RAF/ERK pathway and enhances autophagy in breast cancer cells.
包括临床样本免疫组化、细胞系功能实验(增殖、凋亡、自噬)、RNA干扰和抑制剂验证、分子对接及机制研究,证据层级多样。
MCF-7人乳腺癌细胞系 MDA-MB-231人乳腺癌细胞系 乳腺癌患者组织样本
匹莫齐特浓度:MCF-7 IC50为4μM,MDA-MB-231为8μM RAF1敲低:使用siRNA靶序列GCACCAAAGTACCTACTAT和GCAGCAGCCTCTACAAACA转染MCF-7细胞 索拉非尼浓度:6nM 氯喹浓度:50μM 处理时间:24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估RAF1表达与乳腺癌预后的关联,并预测匹莫齐特与RAF1结合
使用Kaplan-Meier数据库和UALCAN数据库分析RAF1表达与生存期及组织学亚型的关系;用Schrodinger软件进行分子对接模拟
验证匹莫齐特对乳腺癌细胞增殖的抑制作用
MTT实验检测细胞活力,细胞计数观察增殖曲线,集落形成实验评估克隆形成能力
验证匹莫齐特诱导乳腺癌细胞凋亡
流式细胞术检测凋亡率,JC-1检测线粒体膜电位,AO-EB染色观察凋亡形态,Western blot检测凋亡相关蛋白
验证匹莫齐特诱导乳腺癌细胞自噬
TEM观察自噬体,MDC染色,Western blot检测LC3-II和p62,FRET检测cAMP
验证RAF1在匹莫齐特抗肿瘤作用中的关键角色
使用siRNA敲低RAF1,使用索拉非尼抑制RAF1,检测蛋白表达变化
验证自噬在匹莫齐特诱导凋亡中的作用
使用氯喹阻断自噬,检测凋亡变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 匹莫齐特 | J&K Scientific | P447800 |
| 氯喹 | Solarbio | IC4440 | |
| 索拉非尼 | Beyotime Biotechnology | SC0236 | |
| 凋亡检测 | Caspase-6活性检测试剂盒 | Solarbio | BC3860 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HyClone | SH30022.01 |
| 胎牛血清 | Gemini | 900-108 | |
| Western blot | RAF1抗体 | Elabscience | E-AB-60020 |
| 磷酸化ERK 1/2抗体 | Elabscience | E-AB-70310 | |
| Bax抗体 | Elabscience | E-AB-10049 | |
| ERK 1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 磷酸化RAF1抗体 | Cell Signaling Technology | 9427 | |
| 裂解的caspase-9抗体 | Cell Signaling Technology | D8I9E | |
| Bcl-xl抗体 | Cell Signaling Technology | 54H6 | |
| mTOR抗体 | Abcam | ab32028 | |
| 磷酸化mTOR抗体 | Abcam | ab109268 | |
| LC3B抗体 | Abcam | ab51520 | |
| SQSTM1/p62抗体 | Abcam | ab109012 | |
| Bcl-2抗体 | Bioss | bs-0032R | |
| β-actin抗体 | Bioss | bs-0061R/bsm-33036M | |
| 免疫荧光 | Ki-67抗体 | Zhongshanjinqiao Biological Technology Ltd | TA500265 |
| 免疫组织化学 | DAB显色剂 | Zhongshanjinqiao | ZLI-9018 |
| 细胞活力检测 | MTT | Solarbio | M8180 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | BD | 556547 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染料 | Beyotime | C2006 |
| RNA干扰 | siRNA | Guangzhou RiboBio Co., Ltd. | -- |
| FRET分析 | Epac-SH187探针 | Vector Biolabs | -- |
| MDC染色 | MDC染色液 | Solarbio | G0170 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 |
| 细胞培养 | 青霉素 | -- | -- |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 二甲基亚砜 | Applichem | A3672.0250 | |
| 显微镜观察 | BX53显微镜 | Olympus Corporation | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | MCF-7和MDA-MB-231细胞培养基、血清浓度、抗生素浓度,匹莫齐特处理浓度(MCF-7 4μM,MDA-MB-231 8μM)及处理时间24小时 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and treatment |
| 细胞活力与增殖 | MTT实验细胞密度6×10^3 cells/well,加药时间24小时,克隆形成实验细胞数1×10^3 cells,处理14天 阅读提示:Materials and Methods: Cell viability assay & Colony formation assay |
| 凋亡检测 | 流式细胞术细胞数5×10^5,Annexin V-FITC和PI用量,JC-1浓度5μM,AO-EB染色步骤 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry analysis, JC-1 analysis, AO-EB staining |
| 自噬检测 | TEM细胞数1×10^7,处理24小时,MDC染色步骤,LC3-II和p62 Western blot条件 阅读提示:Materials and Methods: TEM analysis, MDC staining, Western blot |
| 机制验证 | siRNA靶序列、转染浓度50nM、处理时间48小时,索拉非尼6nM处理时间 阅读提示:Materials and Methods: RNA interference; Results: section RAF1 plays an important role... |