基于GEO数据的DEPRGs和Hub基因鉴定
筛选AD中差异表达的焦亡相关基因并识别关键Hub基因
使用GEO2R分析GSE32924(8 HC, 13 AL, 12 ANL)获得2,198个DEGs,与GeneCards的161个PRGs取交集得到27个DEPRGs;STRING构建PPI网络,cytoHubba鉴定10个Hub基因;GSEA和相关性分析筛选与上皮紧密连接相关的关键基因。
GSDMD suppresses keratinocyte differentiation by inhibiting FLG expression and attenuating KCTD6-mediated HDAC1 degradation in atopic dermatitis.
包含GEO转录组数据分析、患者皮损IHC验证、细胞系功能获得/缺失实验、ChIP、Co-IP、双荧光素酶等多种独立证据层级,并进行了功能与机制验证。
GSE32924数据集(8例健康对照、13例AD皮损、12例AD非皮损) 人表皮角质形成细胞系NHEK AD患者皮损、银屑病皮损和正常皮肤组织样本
GSDMD在AD皮损中上调(IHC,阳性细胞率AD 19.68%,HC 3.6%) Caspase1 siRNA沉默后N-GSDMD减少,FLG、K1、K10表达升高(WB) HDAC1过表达降低FLG mRNA和蛋白,HDAC1 siRNA反转GSDMD过表达对FLG的抑制 GSDMD过表达增加HDAC1蛋白水平,KCTD6过表达中和此效应 GSDMD过表达阻断KCTD6与HDAC1的相互作用(Co-IP)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选AD中差异表达的焦亡相关基因并识别关键Hub基因
使用GEO2R分析GSE32924(8 HC, 13 AL, 12 ANL)获得2,198个DEGs,与GeneCards的161个PRGs取交集得到27个DEPRGs;STRING构建PPI网络,cytoHubba鉴定10个Hub基因;GSEA和相关性分析筛选与上皮紧密连接相关的关键基因。
验证GSDMD在AD皮损中是否表达上调
收集6例AD、6例银屑病和6例正常皮肤组织,进行H&E染色和GSDMD免疫组化,用Image J分析染色密度,QuPath计数阳性细胞。
确定GSDMD过表达对人角质形成细胞分化的影响
构建pcDNA3.1-GSDMD载体,转染NHEK细胞,通过WB检测GSDMD、FLG、JUP、FLG2蛋白表达。
验证Caspase1是否激活GSDMD并影响角质形成细胞分化
用Caspase1 siRNA(siRNA2)转染NHEK细胞,WB检测N-GSDMD、FLG、K1、K10蛋白表达。
探究HDAC1是否介导GSDMD对FLG的抑制作用及其表观遗传机制
HDAC1过表达载体和HDAC1 siRNA转染NHEK细胞,分别检测FLG mRNA和蛋白水平;ChIP实验使用HDAC1抗体和H3K56ac抗体检测FLG启动子结合及乙酰化水平。
探究GSDMD如何稳定HDAC1蛋白
Co-IP实验检测GSDMD与KCTD6、KCTD6与HDAC1的相互作用;IF检测共定位;KCTD6过表达载体转染后检测HDAC1蛋白水平及与GSDMD的相互作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Lonza | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | 文中未明确说明 | -- | |
| 质粒构建与转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 质粒构建 | pcDNA3.1真核表达载体 | Life | -- |
| 免疫组化 | 小鼠抗GSDMD单克隆抗体 | Proteintech | -- |
| Western blot | BeyoECL Moon化学发光检测系统 | Beyotime | -- |
| 抗裂解N端GSDMD抗体 | Abcam | ab215203 | |
| 抗FLG抗体 | Enogene | E11-0480B | |
| 抗K1抗体 | Uscn | PAA492Hu01 | |
| 抗K10抗体 | Uscn | PAB691Hu01 | |
| JUP抗体 | Enogene | E11-0138C | |
| FLG2抗体 | BIOSS | bs-16100R | |
| ChIP | H3K56ac抗体 | Active Motif | 39282 |
| Co-IP | 抗KCTD6抗体 | Novus | H00200845-B01P |
| 抗泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Kangchang bio Shanghai | KC-5G5 |
| 免疫荧光 | 人GSDMD一抗 | Cell Signaling | 96458 |
| HDAC1抗体 | Proteintech | -- | |
| KCTD6抗体 | Novus | -- | |
| 山羊抗兔Cy3标记二抗 | Servicebio | -- | |
| 山羊抗小鼠FITC标记二抗 | Servicebio | -- | |
| DAPI染色液 | Servicebio | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript II 第一链cDNA合成试剂盒 | TaKaRa | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq (Tli RNaseH Plus) 试剂 | TaKaRa | -- | |
| ChIP | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Hechuang Biotechnology | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | PGL4.10基本荧光素酶报告载体 | Hechuang | -- |
| 海肾荧光素酶报告质粒 | Hechuang | -- | |
| 双荧光素酶报告基因分析系统 | Promega | -- | |
| Co-IP | 免疫共沉淀试剂盒 | Abison | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GEO数据分析 | GSE32924数据集:8 HC、13 AL、12 ANL;DEGs: |log2FC|>1, p<0.05;STRING最小交互分数0.400;GSEA FDR q<0.01 阅读提示:Materials and Methods中的“Source of microarray data”、“Identification of DEGs and DEPRGs”、“Gene set enrichment analysis” |
| 免疫组化 | 样本:6例AD、6例银屑病、6例正常皮肤;切片4µm;一抗:小鼠抗GSDMD单克隆抗体1:1000;染色:DAB 阅读提示:Materials and Methods中的“Histopathological analysis and immunohistochemistry”及图2图注 |
| 细胞培养与转染 | NHEK细胞系;DMEM+10%胎牛血清+1%青霉素-链霉素;转染试剂:Lipofectamine 2000;质粒:pcDNA3.1-GSDMD/HDAC1;siRNA靶序列:HDAC1: GCCGGUCAUGUCCAAAGUAdTdT, Caspase1: GUACAGCGUAGAUGUGAAAdTdT 阅读提示:Materials and Methods中的“Cell culture and resuscitation”、“Plasmid construction and transfection”、“Knockdown of Caspase1 and HDAC1 by siRNA” |
| Western blot | 抗体及稀释度:抗N-GSDMD (1:1000, Abcam ab215203), 抗FLG (1:1000, Enogene E11-0480B), 抗K1 (1:1000, Uscn), 抗K10 (1:10000, Uscn), JUP (Enogene), FLG2 (BIOSS), H3K56ac (Active Motif), KCTD6 (Novus), Ubiquitin (Proteintech), GAPDH (1:10000, Kangchang);ECL检测 阅读提示:Materials and Methods中的“Western blot assay” |
| ChIP-qPCR | 使用HDAC1抗体和H3K56ac抗体;FLG启动子三个区域;每组3个重复 阅读提示:Materials and Methods中的“Chromatin immunoprecipitation and qPCR”及表2 |