GSDMD通过抑制FLG表达和减弱KCTD6介导的HDAC1降解抑制特应性皮炎中的角质形成细胞分化

GSDMD suppresses keratinocyte differentiation by inhibiting FLG expression and attenuating KCTD6-mediated HDAC1 degradation in atopic dermatitis.

作者信息Yi Zhong, Taoyuan Huang, Xiaoli Li, Peiyi Luo, Bingjun Zhang
PMID38250727
期刊PeerJ
发布时间2024-01-16
DOI10.7717/peerj.16768

实验完整度

包含GEO转录组数据分析、患者皮损IHC验证、细胞系功能获得/缺失实验、ChIP、Co-IP、双荧光素酶等多种独立证据层级,并进行了功能与机制验证。

主要模型

GSE32924数据集(8例健康对照、13例AD皮损、12例AD非皮损) 人表皮角质形成细胞系NHEK AD患者皮损、银屑病皮损和正常皮肤组织样本

重点核对

GSDMD在AD皮损中上调(IHC,阳性细胞率AD 19.68%,HC 3.6%) Caspase1 siRNA沉默后N-GSDMD减少,FLG、K1、K10表达升高(WB) HDAC1过表达降低FLG mRNA和蛋白,HDAC1 siRNA反转GSDMD过表达对FLG的抑制 GSDMD过表达增加HDAC1蛋白水平,KCTD6过表达中和此效应 GSDMD过表达阻断KCTD6与HDAC1的相互作用(Co-IP)

摘要

背景:最近的研究表明,特应性皮炎(AD)中激活的细胞焦亡会转换炎症过程并导致异常角化和表皮屏障功能障碍。关于焦亡相关基因与人角质形成细胞分化之间的相互作用机制的研究很少。方法:使用基因表达综合(GEO)数据库中的AD数据集来鉴定差异表达的焦亡相关基因(DEPRGs)。鉴定Hub基因并进行富集分析以选择上皮发育相关基因。通过免疫组织化学(IHC)检测AD患者的皮损以验证Hub基因。使用人角质形成细胞系、gasdermin D(GSDMD)过表达、Caspase1 siRNA、组蛋白去乙酰化酶1(HDAC1)siRNA和HDAC1过表达载体进行功能获得和缺失实验。通过qPCR、蛋白质印迹(WB)、免疫荧光(IF)、双荧光素酶报告基因测定、免疫共沉淀(Co-IP)和染色质免疫沉淀(ChIP)检测角化蛋白的调控。结果:在特应性皮炎非皮损皮肤(ANL)与健康对照(HC)或特应性皮炎皮损皮肤(AL)与HC之间共鉴定出27个DEPRGs。富集分析表明这些DEPRGs主要富集在炎症反应和角质形成细胞分化中。通过蛋白质-蛋白质相互作用网络鉴定出的10个Hub基因中,只有GSDMD与上皮紧密连接核心基因的表达统计显著负相关。此外,GSDMD在AD皮损中上调,并通过减少丝聚蛋白(FLG)表达抑制人角质形成细胞分化。机制上,被Caspase1激活的GSDMD通过HDAC1减少FLG表达。HDAC1通过降低FLG启动子处的组蛋白乙酰化来减少FLG表达。此外,GSDMD阻断钾通道四聚化结构域包含6(KCTD6)与HDAC1的相互作用,从而阻止HDAC1降解。结论:本研究揭示GSDMD在AD皮损中上调,且GSDMD通过表观遗传修饰调控角质形成细胞,这可能为AD提供潜在的治疗靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
焦亡相关基因GSDMD在特应性皮炎中如何调控人角质形成细胞分化,以及其表观遗传机制是什么?
核心机制
GSDMD被Caspase1激活后通过HDAC1减少FLG表达,HDAC1通过降低FLG启动子处组蛋白乙酰化抑制FLG转录;同时GSDMD阻断KCTD6与HDAC1的相互作用,阻止HDAC1的泛素化降解。
主要证据
GEO数据分析鉴定GSDMD为Hub基因并与紧密连接基因负相关;IHC显示GSDMD在AD皮损中上调;NHEK细胞中GSDMD过表达抑制FLG、JUP、FLG2;Caspase1 siRNA减少N-GSDMD并增加FLG、K1、K10;ChIP证明HDAC1结合FLG启动子并降低H3K56ac;Co-IP证明GSDMD与KCTD6、HDAC1相互作用,GSDMD过表达阻断KCTD6-HDAC1结合。
研究意义
首次揭示GSDMD在AD角质形成细胞分化中的作用,阐明GSDMD通过表观遗传修饰调控角质形成细胞的机制,可能为AD提供潜在的治疗靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

基于GEO数据的DEPRGs和Hub基因鉴定

筛选AD中差异表达的焦亡相关基因并识别关键Hub基因

使用GEO2R分析GSE32924(8 HC, 13 AL, 12 ANL)获得2,198个DEGs,与GeneCards的161个PRGs取交集得到27个DEPRGs;STRING构建PPI网络,cytoHubba鉴定10个Hub基因;GSEA和相关性分析筛选与上皮紧密连接相关的关键基因。

2

患者皮损中GSDMD表达验证

验证GSDMD在AD皮损中是否表达上调

收集6例AD、6例银屑病和6例正常皮肤组织,进行H&E染色和GSDMD免疫组化,用Image J分析染色密度,QuPath计数阳性细胞。

3

NHEK细胞中GSDMD功能获得实验

确定GSDMD过表达对人角质形成细胞分化的影响

构建pcDNA3.1-GSDMD载体,转染NHEK细胞,通过WB检测GSDMD、FLG、JUP、FLG2蛋白表达。

4

Caspase1对GSDMD活化及分化的影响

验证Caspase1是否激活GSDMD并影响角质形成细胞分化

用Caspase1 siRNA(siRNA2)转染NHEK细胞,WB检测N-GSDMD、FLG、K1、K10蛋白表达。

5

HDAC1对FLG表达的调控及机制

探究HDAC1是否介导GSDMD对FLG的抑制作用及其表观遗传机制

HDAC1过表达载体和HDAC1 siRNA转染NHEK细胞,分别检测FLG mRNA和蛋白水平;ChIP实验使用HDAC1抗体和H3K56ac抗体检测FLG启动子结合及乙酰化水平。

6

GSDMD、KCTD6和HDAC1之间的相互作用

探究GSDMD如何稳定HDAC1蛋白

Co-IP实验检测GSDMD与KCTD6、KCTD6与HDAC1的相互作用;IF检测共定位;KCTD6过表达载体转染后检测HDAC1蛋白水平及与GSDMD的相互作用。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Lonza--
胎牛血清Gibco--
青霉素-链霉素文中未明确说明--
Lipofectamine 2000转染试剂Invitrogen--
pcDNA3.1真核表达载体Life--
小鼠抗GSDMD单克隆抗体Proteintech--
BeyoECL Moon化学发光检测系统Beyotime--
抗裂解N端GSDMD抗体Abcamab215203
抗FLG抗体EnogeneE11-0480B
抗K1抗体UscnPAA492Hu01
抗K10抗体UscnPAB691Hu01
JUP抗体EnogeneE11-0138C
FLG2抗体BIOSSbs-16100R
H3K56ac抗体Active Motif39282
抗KCTD6抗体NovusH00200845-B01P
抗泛素抗体Proteintech10201-2-AP
抗GAPDH抗体Kangchang bio ShanghaiKC-5G5
人GSDMD一抗Cell Signaling96458
HDAC1抗体Proteintech--
KCTD6抗体Novus--
山羊抗兔Cy3标记二抗Servicebio--
山羊抗小鼠FITC标记二抗Servicebio--
DAPI染色液Servicebio--
Trizol试剂Invitrogen--
PrimeScript II 第一链cDNA合成试剂盒TaKaRa--
SYBR Premix Ex Taq (Tli RNaseH Plus) 试剂TaKaRa--
染色质免疫沉淀试剂盒Hechuang Biotechnology--
PGL4.10基本荧光素酶报告载体Hechuang--
海肾荧光素酶报告质粒Hechuang--
双荧光素酶报告基因分析系统Promega--
免疫共沉淀试剂盒Abison--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
GEO数据分析
GSE32924数据集:8 HC、13 AL、12 ANL;DEGs: |log2FC|>1, p<0.05;STRING最小交互分数0.400;GSEA FDR q<0.01
阅读提示:Materials and Methods中的“Source of microarray data”、“Identification of DEGs and DEPRGs”、“Gene set enrichment analysis”
免疫组化
样本:6例AD、6例银屑病、6例正常皮肤;切片4µm;一抗:小鼠抗GSDMD单克隆抗体1:1000;染色:DAB
阅读提示:Materials and Methods中的“Histopathological analysis and immunohistochemistry”及图2图注
细胞培养与转染
NHEK细胞系;DMEM+10%胎牛血清+1%青霉素-链霉素;转染试剂:Lipofectamine 2000;质粒:pcDNA3.1-GSDMD/HDAC1;siRNA靶序列:HDAC1: GCCGGUCAUGUCCAAAGUAdTdT, Caspase1: GUACAGCGUAGAUGUGAAAdTdT
阅读提示:Materials and Methods中的“Cell culture and resuscitation”、“Plasmid construction and transfection”、“Knockdown of Caspase1 and HDAC1 by siRNA”
Western blot
抗体及稀释度:抗N-GSDMD (1:1000, Abcam ab215203), 抗FLG (1:1000, Enogene E11-0480B), 抗K1 (1:1000, Uscn), 抗K10 (1:10000, Uscn), JUP (Enogene), FLG2 (BIOSS), H3K56ac (Active Motif), KCTD6 (Novus), Ubiquitin (Proteintech), GAPDH (1:10000, Kangchang);ECL检测
阅读提示:Materials and Methods中的“Western blot assay”
ChIP-qPCR
使用HDAC1抗体和H3K56ac抗体;FLG启动子三个区域;每组3个重复
阅读提示:Materials and Methods中的“Chromatin immunoprecipitation and qPCR”及表2