网络药理学靶点预测
预测维生素D3的潜在作用靶点及与胃癌相关的靶点,并获取交叉靶点。
使用Pharmmapper、TargetNet、SwissTargetPrediction、SuperPred预测维生素D3靶点,从GEO、Drugbank等数据库获取胃癌相关靶点,通过Venn图获得60个交叉靶点。
Vitamin D3 promotes gastric cancer cell autophagy by mediating p53/AMPK/mTOR signaling.
包含网络药理学预测、分子对接和体外细胞实验验证(CCK-8、流式凋亡、Western blot),但缺乏体内动物模型和机制干预(如基因沉默或通路抑制剂)实验。
AGS人胃癌细胞系 SGC-7901人胃癌细胞系
维生素D3处理浓度:0–1000 nM CCK-8细胞活力检测:AGS和SGC-7901细胞以5000细胞/孔接种96孔板,处理24小时 凋亡检测:Annexin V-FITC/PI染色流式细胞术 Western blot蛋白检测:p53/AMPK/mTOR通路及自噬、凋亡、细胞周期相关蛋白 细胞培养条件:AGS和SGC-7901细胞培养于含血清培养基,37°C、5% CO2(文中未明确说明但为常规条件,实际依原文)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测维生素D3的潜在作用靶点及与胃癌相关的靶点,并获取交叉靶点。
使用Pharmmapper、TargetNet、SwissTargetPrediction、SuperPred预测维生素D3靶点,从GEO、Drugbank等数据库获取胃癌相关靶点,通过Venn图获得60个交叉靶点。
构建交叉靶点的蛋白质相互作用网络,并筛选核心靶点。
使用STRING构建PPI网络,导入Cytoscape 3.7.2可视化,使用cytohubba的MCC算法筛选出10个核心靶点。
分析交叉靶点的功能富集和通路富集,探索潜在机制。
使用DAVID进行GO和KEGG富集分析,可视化气泡图,并构建药物-靶点-通路网络。
验证维生素D3与核心靶点蛋白的稳定结合。
从PubChem下载维生素D3结构,使用AutoDockTools进行分子对接,计算结合能,并用PyMOL可视化结果。
验证核心靶点在胃癌中的表达、预后和免疫浸润关联。
使用GEPIA、HPA、TIMER和Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心靶点的mRNA/蛋白表达、与预后的关系及免疫浸润相关性。
评估维生素D3对胃癌细胞活力的影响。
AGS和SGC-7901细胞接种96孔板,用不同浓度维生素D3处理24小时,CCK-8法检测OD450。
评估维生素D3对胃癌细胞凋亡的影响。
细胞接种24孔板,维生素D3处理24小时,Annexin V-FITC/PI染色,流式细胞术检测凋亡率。
检测维生素D3对p53/AMPK/mTOR通路及自噬、凋亡、细胞周期相关蛋白的影响。
细胞处理24小时后提取蛋白,SDS-PAGE电泳,转膜,抗体孵育,曝光分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Meilunbio | MA0218-1 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/碘化丙啶染色试剂盒 | KeyGene BioTech | -- |
| Western blotting | 抗P62/SQSTM1抗体 | Boster Biological Technology | PB0458 |
| AMPKα多克隆抗体 | Proteintech | 10929-2-AP | |
| 抗磷酸化AMPKα1 (Ser356)多克隆抗体 | Bioss | bs-14318R | |
| mTOR单克隆抗体 | Proteintech | 66888-1-Ig | |
| 抗磷酸化mTOR (S2448)抗体 | Abcam | ab109268 | |
| p53单克隆抗体 | Proteintech | 60283-2-Ig | |
| LC3多克隆抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| BAX多克隆抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| Bcl2多克隆抗体 | Proteintech | 26593-1-AP | |
| Cyclin A2多克隆抗体 | Proteintech | 18202-1-AP | |
| Cyclin B1多克隆抗体 | Proteintech | 55004-1-AP | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab6276 | |
| 蛋白印迹曝光 | BIO-RAD曝光机 | BIO-RAD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测 | 细胞系:AGS和SGC-7901;接种密度:5000细胞/孔;处理浓度:0–1000 nM;处理时间:24小时;CCK-8试剂盒:Meilunbio, MA0218-1;检测波长450 nm 阅读提示:参见Materials and Methods 2.2.1 |
| 细胞凋亡检测 | 细胞系:AGS和SGC-7901;处理时间:24小时;染色:Annexin V-FITC/PI试剂盒(KeyGene BioTech);检测:流式细胞术 阅读提示:参见Materials and Methods 2.2.2 |
| Western blotting | 细胞系:AGS和SGC-7901;处理时间:24小时;一抗:p53, AMPK, p-AMPK, mTOR, p-mTOR, LC3, P62, BAX, Bcl2, Cyclin A2, Cyclin B1, β-actin;重复次数:3次 阅读提示:参见Materials and Methods 2.2.3 |