确定Trpm3和Mir204在眼部的共表达谱
确定Trpm3和Mir204/211在眼组织中的表达定位,以支持其在晶状体中的功能相关性。
使用RNAscope原位杂交和免疫荧光共聚焦显微镜检测P5和P21小鼠眼中Trpm3和Mir204/211的转录本和蛋白定位。
A Cataract-Causing Mutation in the TRPM3 Cation Channel Disrupts Calcium Dynamics in the Lens.
研究包含小鼠模型(Trpm3敲入、敲除、Mir204敲除)和人类细胞系(HLE-B3、HEK293T),进行了体内外功能验证(钙成像、原子吸收、免疫印迹、RNA-seq),并进行了机制验证(MAPK激活、基因表达)。
Trpm3 p.I65M敲入小鼠 Trpm3敲除小鼠 HLE-B3人晶状体上皮细胞系 HEK293T细胞
Trpm3突变基因型(I/M、M/M、M/−)及野生型对照 胚胎干细胞基因编辑方法(CRISPR/Cas9) 透镜阳离子和水含量测定(AAS) 钙成像(Fura-2)和GCaMP6s荧光 RNA-seq分析条件(P7透镜,三重复)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Trpm3和Mir204/211在眼组织中的表达定位,以支持其在晶状体中的功能相关性。
使用RNAscope原位杂交和免疫荧光共聚焦显微镜检测P5和P21小鼠眼中Trpm3和Mir204/211的转录本和蛋白定位。
确定Mir204和Mir211缺失是否引起早发性白内障,以区分TRPM3功能丧失与功能获得的作用。
对Mir204-KO和Mir204/Mir211-dKO小鼠进行眼睛和晶状体表型观察,测量晶状体直径。
测定Trpm3突变对晶状体离子稳态和水分含量的影响,以评估渗透调节功能。
使用原子吸收光谱法(AAS)测量野生型、Trpm3-KO、杂合(I/M)、半合子(M/−)和纯合(M/M)Trpm3突变晶状体中的Ca2+、Na+、K+浓度和水含量,并利用GCaMP6s荧光成像观察钙水平。
比较野生型和突变型TRPM3通道对激动剂和外部钙浓度的反应,以揭示功能获得机制。
在HEK293T细胞中过表达野生型(I65)和突变型(M65)TRPM3(变体9,异构体k),使用Fura-2荧光成像测量PS(10和50μM)和细胞外Ca2+从2mM到10mM诱导的钙内流。
检查突变TRPM3是否导致下游MAPK信号通路激活。
使用免疫印迹分析野生型和突变HLE-B3细胞系以及Trpm3突变小鼠晶状体中MAPK1/3总蛋白和磷酸化水平。
全面比较Trpm3突变和敲除晶状体的转录组变化,以揭示突变特异性的分子通路。
对P7晶状体RNA进行RNA-seq分析,比较野生型、Trpm3-I/M、Trpm3-M/M和Trpm3-KO的基因表达,进行差异表达分析、聚类和GO富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Eagle最低必需培养基 | Gibco | -- |
| Dulbecco改良Eagle培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | MilliporeSigma | P4417 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 钙成像 | Fura-2 AM钙指示剂 | Molecular Probes | -- |
| 孕烯醇酮硫酸酯 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 组织学 | OCT包埋剂 | EMS | 62550-01 |
| 免疫荧光 | DAPI | MilliporeSigma | -- |
| ActinGreen 488鬼笔环肽 | Invitrogen | R37110 | |
| TRPM3多克隆抗体 | Bioss Antibodies | bs-9046R | |
| 免疫印迹 | MAPK (Erk1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 |
| 磷酸化p44/42 MAPK (Erk1/2) (Thr202/Tyr204) (E10)小鼠单抗 | Cell Signaling Technology | 9106 | |
| 原位杂交 | RNAscope 2.5 HD检测试剂-红色 | Advanced Cell Diagnostics | 322360 |
| miRNAscope HD检测试剂-红色 | Advanced Cell Diagnostics | 324510 | |
| Trpm3探针 | Advanced Cell Diagnostics | 1114341-C1 | |
| Mir204探针 | Advanced Cell Diagnostics | 885551-S1 | |
| 原子吸收光谱 | 原子吸收光谱仪 | Perkin-Elmer | Analyst |
| 动物实验 | C57BL6/J小鼠 | The Jackson Laboratory | 000664 |
| 细胞培养 | HLE-B3细胞 | ATCC | CRL-11421 |
| HEK293T细胞 | ATCC | CRL-1573 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系和基因型(Trpm3突变I/M, M/M, M/−,Trpm3-KO,Mir204-KO,Mir204;Mir211-dKO);年龄(P5, P7, P21, 4个月) 阅读提示:参见2.1节和结果3.1-3.3 |
| 细胞系 | HLE-B3和HEK293T细胞来源(ATCC),培养条件(EMEM/DMEM + 20%或10% FBS),基因编辑方法 阅读提示:参见2.2节和2.8节 |
| 钙成像 | Fura-2加载浓度(2.5μM),PS浓度(10和50μM),外部Ca2+浓度(2mM到10mM) 阅读提示:参见2.9节和结果3.4 |
| 阳离子和水含量 | 原子吸收光谱条件(波长589nm,766.5nm,422.7nm),水含量测定方法 阅读提示:参见2.5节和结果3.3 |
| MAPK激活 | 抗体(#9102, #9106),样本裂解和免疫印迹条件 阅读提示:参见2.6节和结果3.5 |
| RNA-seq | 样本采集(P7),样本量(每组3个重复,每个重复4雄4雌),测序深度(>60M reads),分析参数(FC≥2, FDR≤0.05) 阅读提示:参见2.10节和结果3.6 |