验证α-syn表达和病毒感染动态
确定SARS-CoV-2感染对α-syn mRNA和蛋白表达的影响。
在A549-hACE2和CaLu-3细胞中,以MOI 0.05感染SARS-CoV-2,24和48小时后通过qPCR和免疫荧光检测SNCA mRNA和α-syn蛋白水平。
Alpha-synuclein dynamics bridge Type-I Interferon response and SARS-CoV-2 replication in peripheral cells.
研究包含细胞模型(A549-hACE2、CaLu-3、HUVECs、PBMC共培养)、功能验证(siRNA敲低、外源α-syn/IFN-β处理)及机制验证(western blot检测多聚体/单体比值、免疫荧光、转录分析),并涉及体内相关模型(PBMC共培养)。
A549-hACE2人肺上皮细胞系 CaLu-3人肺腺癌细胞系 HUVECs人脐静脉内皮细胞 PBMC-上皮细胞共培养体系
SARS-CoV-2感染时间点(24h、48h、72h,MOI 0.05或1) 外源α-syn单体浓度(1μM)及IFN-β浓度(500 IU/ml) SNCA-siRNA敲低效率及其对病毒复制的影响 α-syn多聚体/单体比值的Western blot检测(19kDa单体、75kDa多聚体)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定SARS-CoV-2感染对α-syn mRNA和蛋白表达的影响。
在A549-hACE2和CaLu-3细胞中,以MOI 0.05感染SARS-CoV-2,24和48小时后通过qPCR和免疫荧光检测SNCA mRNA和α-syn蛋白水平。
探究内源性α-syn是否影响SARS-CoV-2复制。
使用SNCA-siRNA转染A549-hACE2细胞,24小时后感染SARS-CoV-2,48小时后通过qPCR检测SNCA和病毒N基因表达,并评估细胞活力和病毒滴度。
评估外源性α-syn单体和IFN-β对SARS-CoV-2复制及α-syn多聚化动态的影响。
在感染前24小时,对A549-hACE2和CaLu-3细胞给予外源α-syn单体(1μM)和/或IFN-β(500 IU/ml),然后感染SARS-CoV-2,通过RT-qPCR检测病毒复制,免疫荧光检测α-syn和病毒蛋白,Western blot分析α-syn多聚体和单体。
在非生产性感染模型中验证α-syn多聚化改变是否仅依赖于生产性感染。
HUVECs以MOI 1感染SARS-CoV-2,并在有无外源α-syn或IFN-β的情况下培养,检测病毒N基因和α-syn表达,并通过免疫荧光观察α-syn核旁聚集体。
模拟肺部微环境,探究免疫细胞中SNCA表达与上皮细胞感染易感性的关系。
PBMCs来自健康供者,与CaLu-3细胞共培养,感染SARS-CoV-2后3天,检测PBMCs中SNCA mRNA水平及共培养上清中病毒RNA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| EMG-2培养基 | Lonza | -- | |
| 药物处理 | 干扰素-β | BEI Resources | -- |
| α-突触核蛋白单体 | Merck-Sigma | -- | |
| siRNA转染 | SNCA-siRNA | Thermo Scientific | AM16708 |
| 非靶向siRNA | Thermo Scientific | AM4613 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Scientific | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | -- | -- |
| 抗α-突触核蛋白抗体 | Bioss | BSM-54277R | |
| 抗SARS-CoV-2刺突蛋白抗体 | Genetex | GTX632604 | |
| 抗SARS-CoV-2核衣壳蛋白抗体 | Cell Signaling | 33717 | |
| Alexa Fluor偶联二抗 | abcam | -- | |
| DAPI封片剂 | Enzo Life Sciences | -- | |
| Thioflavin-S染色 | 硫黄素-S | Merck-Sigma | T1892 |
| RNA提取 | RNAzol试剂 | TEL-TEST Inc. | -- |
| 无RNA酶DNase (RQ1 DNase) | Promega | -- | |
| RT-qPCR | SYBR Green PCR预混液 | Promega | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Roche Applied Science | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | -- | |
| Laemmli SDS样品缓冲液 | -- | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| Clarity Western ECL底物 | Bio-Rad | -- | |
| HRP标记的山羊抗兔二抗 | Bio-Rad | STAR208P | |
| 细胞活性检测 | MTT试剂 | -- | -- |
| 台盼蓝 | Merck-Sigma | -- | |
| 病毒复制定量 | Maxwell RSC仪器 | Promega | -- |
| RT-qPCR | CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- |
| 免疫荧光 | TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| ImageJ软件 | NIH | -- | |
| RNA定量 | Nanodrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- |
| Western blot | Trans-Blot Turbo转印系统 | Bio-Rad | -- |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| Image Lab软件 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系、培养基、血清浓度、抗生素 阅读提示:Materials and methods: Cell cultures |
| 病毒感染 | MOI、感染时间、洗弃病毒步骤 阅读提示:Materials and methods: SARS-CoV-2 infection and treatments |
| 药物处理 | IFN-β浓度、α-syn浓度、预处理时间(24h) 阅读提示:Materials and methods: SARS-CoV-2 infection and treatments |
| SNCA敲低 | siRNA序列、浓度、转染试剂、孵育时间 阅读提示:Materials and methods: SNCA RNA interference |
| 免疫荧光 | 固定液、固定时间、通透剂浓度、通透时间、抗体稀释度 阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence; Figure legends |
| Western blot | 裂解液、上样量、电泳条件、转膜条件、抗体稀释度 阅读提示:Materials and methods: Western blot |