mRNA输出蛋白ZC3H11A在HCMV感染和泛癌中的分析

背景：我们之前已报道人巨细胞病毒（HCMV）感染可促进胶质瘤的进展。在这里，我们通过HCMV感染后的高通量测序发现了一种应激诱导的核蛋白ZC3H11A（ZC3），我们研究组最近报道了其在应激条件下调节mRNA输出的作用。此外，对ZC3在泛癌中的全面分析以及ZC3的组学数据尚未进行。方法：通过RNA测序评估HCMV感染后胶质瘤细胞的转录组。通过qRT-PCR和Western-blot验证并测量HCMV感染后ZC3的mRNA和蛋白水平。利用R包分析并可视化ZC3在泛癌中的RNA测序和蛋白表达信息。利用HPA的IHC图像评估ZC3蛋白的定位。通过CPTAC数据门户提取不同癌症中ZC3的蛋白质组学和转录组学数据，并用Python脚本进行比较。利用cBioPortal、TCGA和TIMER2数据库分析ZC3在泛癌中的基因改变、生存预后、免疫浸润。利用STRING、GEPIA2和TCGA揭示蛋白相互作用网络。结果：HCMV感染后mRNA加工途径的基因上调，并验证了ZC3在mRNA和蛋白水平的表达。我们还发现，ZC3的状态在癌症中普遍处于高水平，尽管在不同癌症类型中有所差异。肿瘤细胞中ZC3蛋白定位于细胞核，而在正常细胞中主要存在于胞质/膜。然而，从某些癌症类型的ZC3蛋白质组学和转录组学数据来看，ZC3蛋白的增加并未伴随mRNA水平的显著升高。此外，我们的分析表明，ZC3表达升高主要与大多数癌症的不良预后相关，但仍因癌症类型而异。我们的注释分析表明，ZC3相关蛋白主要参与mRNA加工簇。结论：我们证明了ZC3在胶质瘤中受HCMV感染的显著影响。此外，我们在TCGA泛癌队列中鉴定了一组与ZC3H11A表达模式相似的基因，暗示ZC3H11A在mRNA加工中的潜在功能作用。我们的研究为新的mRNA输出蛋白ZC3在HCMV感染和泛癌进展中的作用提供了有价值的见解。这些结果为我们后续研究ZC3在病毒感染肿瘤中的调控机制奠定了基础。