单细胞转录组图谱构建
比较PE与正常蜕膜细胞组成和基因表达差异
收集胎盘蜕膜组织,制备单细胞悬液,BD Rhapsody平台建库,Illumina HiSeq 4000测序,Seurat分析聚类,识别22个细胞簇和14种细胞群
Single-cell profiling reveals immune disturbances landscape and HLA-F-mediated immune tolerance at the maternal-fetal interface in preeclampsia.
包含scRNA-seq、mIF/dIF、细胞功能实验(CCK8、Transwell)、ELISA、RT-PCR、Western blot等多层级验证。
胎盘蜕膜组织(PE患者和正常妊娠对照) Jar细胞(人胎盘绒毛膜癌细胞系) NK-92MI细胞(人自然杀伤细胞系)
scRNA-seq样本:2例PE和2例对照胎盘蜕膜 HLA-F表达验证:10例PE和11例对照的dIF Jar细胞转染:HLA-F过表达质粒(2.5 µg)和siRNA(50 nM) NK-92MI细胞处理:HLA-F过表达质粒转染后检测细胞因子分泌
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较PE与正常蜕膜细胞组成和基因表达差异
收集胎盘蜕膜组织,制备单细胞悬液,BD Rhapsody平台建库,Illumina HiSeq 4000测序,Seurat分析聚类,识别22个细胞簇和14种细胞群
研究髓系和EVT细胞分化轨迹及细胞间相互作用
Monocle 2进行髓系和EVT细胞轨迹分析;CellChat进行配体-受体通讯分析
验证HLA-F和HLA-G在PE中的表达差异
mIF和dIF染色检测蜕膜组织中HLA-F、HLA-G及SPP1等表达
评估HLA-F对Jar细胞增殖、侵袭和迁移的作用
Jar细胞转染HLA-F过表达质粒或siRNA,分别进行CCK8增殖实验和Transwell迁移/侵袭实验
检测HLA-F过表达对NK-92MI细胞细胞因子分泌和受体表达的影响
NK-92MI细胞转染HLA-F过表达质粒,ELISA检测CSF1、CCL22等细胞因子,RT-PCR检测NKG2C表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| scRNA-seq建库 | BD Rhapsody™单细胞分析系统 | BD Biosciences | -- |
| RNA测序 | Illumina HiSeq 4000测序仪 | Illumina | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | HyClone | SH30084.03 | |
| 双抗(青霉素-链霉素) | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipo2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| riboFECT™ CP转染试剂 | Guangzhou Ribobio Co., Ltd | -- | |
| HLA-F pcDNA3.1-3xFlag质粒 | XiangWu Bio Co., Ltd | -- | |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | #3422 |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| Transwell染色 | 结晶紫 | Kaigen | -- |
| ELISA | 人HLA-F ELISA试剂盒 | ZCi Bio | -- |
| 细胞因子ELISA试剂盒 | ZCi Bio | -- | |
| RT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 反转录试剂盒 | Takara | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Servicebio | -- |
| HLA-F抗体 | Bioss | bs-17544R | |
| HLA-G抗体 | Thermo Fisher | PA5-98143 | |
| 生物素化山羊抗兔IgG二抗 | Abcam | -- | |
| 多重免疫荧光 | 四色荧光试剂盒 | Hunan AiFang Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 免疫荧光 | HLA-F抗体 | Abcam | ab126624 |
| HLA-G抗体 | Thermo Fisher | PA5-98143 | |
| HLA-G抗体 | Proteintech | 66447-1-ig | |
| SPP1抗体 | Abcam | ab214050 | |
| ITGA5抗体 | Abcam | ab150361 | |
| CD14抗体 | Abcam | ab221678 | |
| CD44抗体 | Abcam | 254530 | |
| IGF2抗体 | AiFang | AF301007 | |
| IGFBP1抗体 | Abcam | ab228741 | |
| PSG3抗体 | Abcam | ab154700 | |
| COL4A2抗体 | AiFang | 03156 | |
| 图像分析 | ImageJ图像分析系统 | National Institutes of Health, USA | -- |
| 统计分析 | SPSS v22统计软件 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | PE诊断标准、孕晚期、样本采集时间(胎盘娩出后5分钟内)、取样部位和大小 阅读提示:Materials and methods: Patients and specimens |
| scRNA-seq实验 | 细胞活力>90%、建库系统(BD Rhapsody)、测序平台(HiSeq 4000)、质控参数(200-7500基因,线粒体<25%)、聚类分辨率0.5 阅读提示:Materials and methods: scRNA-seq analysis, Cell cluster analysis |
| HLA-F表达验证 | mIF病例数(3例PE)、dIF样本数(10 PE vs 11对照)、抗体稀释度、图像分析平均荧光强度 阅读提示:Materials and methods: Multiplex immunofluorescence staining; Results: Figure 7B |
| 细胞转染 | 质粒用量(2.5 µg/well)、siRNA浓度(50 nM)、转染试剂、转染时间(48小时)、siRNA序列 阅读提示:Materials and methods: Cell transfection |
| 细胞功能检测 | CCK8细胞数(5000/孔)、Transwell细胞数(2×10^4/孔)、迁移时间(16小时)、侵袭时间(24小时)、重复次数(三次) 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assay, Transwell assay |