焦亡相关基因的筛选和临床相关性分析
通过生物信息学分析筛选与黑色素瘤预后相关的焦亡相关基因。
利用TCGA和GTEx的转录组数据,进行K-M生存分析和PPI分析(MCODE和CytoNCA),筛选出与总生存期显著相关的5个PRGs(GZMA, GSDMB, NLRP1, CHMP4A, IL18)。
Clinical-mediated discovery of pyroptosis in CD8+ T cell and NK cell reveals melanoma heterogeneity by single-cell and bulk sequence.
研究包含单细胞转录组分析、批量测序的WGCNA和免疫浸润分析、ELISA、IHC、多重免疫荧光(TissueFAXS)及预后模型构建等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制探讨。
CD8+ T细胞 NK细胞 黑色素瘤组织样本 对照皮肤组织样本
样本来源:黑色素瘤和对照皮肤样本来自上海皮肤病医院,黑色素瘤患者9例,对照组来源于美容手术多余皮肤。 单细胞数据:采用GEO数据库的三个数据集(GSE108394、GSE215120、GSE180885),共126987个细胞。 抗体信息:抗GZMA(ab29205,Abcam,1:100)、抗GSDMB(12885-1-AP,Proteintech,1:600)、抗CD8(ZCIA055)、抗CD57(ZCIA273)。 统计分析:实验数据采用GraphPad Prism 8,三次实验重复,组间比较采用双侧t检验,P<0.05为显著。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过生物信息学分析筛选与黑色素瘤预后相关的焦亡相关基因。
利用TCGA和GTEx的转录组数据,进行K-M生存分析和PPI分析(MCODE和CytoNCA),筛选出与总生存期显著相关的5个PRGs(GZMA, GSDMB, NLRP1, CHMP4A, IL18)。
比较黑色素瘤与正常皮肤组织中PRGs蛋白表达差异。
通过ELISA和免疫组化(IHC)染色检测黑色素瘤和对照样本中PRGs蛋白表达。
揭示不同细胞类型中PRGs的表达分布。
对黑色素瘤和正常样本的单细胞转录组数据(GSE108394, GSE215120, GSE180885)进行整合、聚类和注释,分析PRGs在不同细胞群中的表达。
分析免疫细胞亚群的分化状态和基因模块与免疫细胞的相关性。
Monocle2构建免疫细胞发育轨迹,WGCNA分析批量测序中免疫模块。
验证PRGs在免疫细胞中的表达及肿瘤中的浸润减少。
通过IHC检测CD8+和CD57+细胞浸润,并通过多重免疫荧光染色检测GZMA和GSDMB与CD8、CD57的共表达。
评估PRGs的临床预后价值并构建个体化预测工具。
通过Cox回归分析、K-M生存分析、ROC曲线和列线图构建预后模型。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| ELISA | 人CHMP4A ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-CL883630HU2 |
| 人GSDMB ELISA试剂盒 | PYRAM | PH103310 | |
| 人GZMA ELISA试剂盒 | Abcam | ab225728 | |
| 人IL18 ELISA试剂盒 | Abcam | ab215539 | |
| 人NLRP1 ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-EL015864HU | |
| 免疫组化 | 抗CHMP4A抗体 | Bioss | bs-7744R |
| 抗NLRP1抗体 | Bioss | bs-6854R | |
| 抗颗粒酶A抗体 | Abcam | ab29205 | |
| 抗IL-18抗体 | Boster | BA11806 | |
| 抗GSDMB抗体 | Proteintech | 12885-1-AP | |
| 多重免疫荧光 | 抗CD8抗体 | zuochengbio | ZCIA055 |
| 抗CD57抗体 | zuochengbio | ZCIA273 | |
| 抗GZMA抗体 | Abcam | ab209205 | |
| 抗GSDMB抗体 | ThermoFisher | 12885-1-AP | |
| ProLong Diamond防淬灭封片剂 | Invitrogen | -- | |
| TG TSA多重免疫组化试剂盒 | TissueGnostics | -- | |
| TissueFAXS系统 | TissueGnostics | -- | |
| Zeiss Axio Imager Z2显微镜系统 | Zeiss | -- | |
| 免疫组化 | Image J | -- | -- |
| 多重免疫荧光 | StrataQuest | TissueGnostics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 黑色素瘤患者样本来源于上海皮肤病医院,共9例,需核实肿瘤类型和临床分期;对照皮肤样本来源于美容手术多余皮肤。 阅读提示:参见Materials and methods中的Patients and ethics approval部分。 |
| ELISA检测 | 使用人ELISA试剂盒检测CHMP4A, GSDMB, GZMA, IL18, NLRP1,样本量n=5,需核实具体操作流程和标准曲线。 阅读提示:参见Materials and methods中的PRGs protein expression detected by ELISA部分。 |
| 免疫组化 | 抗体稀释度和染色条件,样本量n=5(图2)和n=4(图5),图像分析使用ImageJ,需核实拍照放大倍数(×200)和阳性面积计算方法。 阅读提示:参见Materials and methods中的Immunohistochemical部分。 |
| 单细胞RNA测序 | 数据来源GSE108394, GSE215120, GSE180885,共126987细胞,需核实预处理参数(线粒体比例>10%),聚类分辨率0.5。 阅读提示:参见Materials and methods中的Single-cell data processing部分。 |
| 多重免疫荧光 | 抗体对CD8, CD57, GZMA, GSDMB,切片厚度5μm,使用TissueFAXS系统,放大倍数×20,需核实图像分析软件版本和参数。 阅读提示:参见Materials and methods中的Multiplex immunofluorescence staining部分。 |