生成FBXW7敲除细胞
构建同基因FBXW7突变细胞模型
利用CRISPR-Cas9在RKO和LS513细胞中敲除FBXW7,经Sanger测序和Western blot验证。
Biallelic FBXW7 knockout induces AKAP8-mediated DNA damage in neighbouring wildtype cells.
研究包含体外细胞模型、CRISPR-Cas9基因敲除、共培养、质谱、过表达/敲除验证及TCGA数据验证,多层次证据。
RKO细胞系 LS513细胞系 TCGA-COAD患者数据
FBXW7基因敲除是否影响细胞增殖 共培养条件下野生型细胞是否产生DNA损伤 AKAP8对DNA损伤是否必要充分 凋亡是否参与增殖差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
构建同基因FBXW7突变细胞模型
利用CRISPR-Cas9在RKO和LS513细胞中敲除FBXW7,经Sanger测序和Western blot验证。
比较FBXW7−/−与野生型细胞的增殖和凋亡差异
通过活细胞成像、EdU掺入、RT-PCR检测增殖,流式和ELISA检测凋亡。
探究FBXW7敲除对细胞代谢通路的影响
对RKO野生型和FBXW7−/−细胞进行RNA-seq,GSEA分析,并验证氧化磷酸化上调。
检验FBXW7−/−细胞对邻近野生型细胞DNA损伤的影响
使用Transwell共培养系统,分离细胞后通过免疫荧光和彗星实验检测DNA损伤。
鉴定FBXW7−/−细胞分泌的潜在致病因子
对共培养细胞及培养基进行质谱分析,比较蛋白表达差异。
验证AKAP8是否诱导DNA损伤
在野生型细胞中过表达AKAP8,检测DNA损伤;生成FBXW7−/−/AKAP8−/−双突变细胞,共培养观察表型消失。
验证细胞模型结果在患者数据中是否重现
分析TCGA-COAD数据中FBXW7突变与野生型肿瘤的转录组差异,GSEA确认氧化磷酸化上调。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:RKO和LS513,培养基:DMEM/F12+10%FBS+100U/ml青霉素-链霉素,培养条件:37°C,5%CO2 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 基因敲除 | sgRNA序列:FBXW7, AAVS1, AKAP8;电转参数:1300V,20ms,2脉冲 阅读提示:Materials and methods: Generation of clonal CRISPR-Cas9 gene knockouts, Table 1 |
| 共培养实验 | Transwell插入孔径0.4µm,细胞数3×10^6每侧,培养基体积:上室1ml,下室2ml 阅读提示:Materials and methods: Transwell cell culture |
| DNA损伤检测 | 抗体:γH2AX (ab81299) 1:2500, 53BP1 (ab172580) 1:2500,孵育条件:室温2小时 阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence and imaging, Table 2 |
| AKAP8过表达 | 质粒:pcDNA3.1(+)-AKAP95-FRB,转染试剂:Lipofectamine 3000 阅读提示:Materials and methods: Transient transfection of plasmid for AKAP8 overexpression |