组织表达谱分析
确定MC5R在鹅胚胎不同组织中的表达分布
收集23天朗德鹅胚胎的胸肌、腿肌、心脏、肝脏、小肠、脂肪和皮肤组织,提取RNA进行RT-qPCR检测MC5R mRNA表达。
Study on the Mechanism of MC5R Participating in Energy Metabolism of Goose Liver.
包含动物模型(过量饲喂、禁食/重饲)、原代肝细胞培养、体外因子处理、基因过表达与敲低、转录组测序及qPCR/免疫印迹验证等多层级实验。
朗德鹅胚胎及成体肝脏 鹅原代肝细胞 过量饲喂模型(朗德鹅) 禁食/重饲模型(朗德鹅)
MC5R在过量饲喂和禁食/重饲模型中的表达变化(RT-qPCR、免疫印迹) 葡萄糖、油酸、甲状腺素处理鹅原代肝细胞的浓度和时间(14小时) MC5R过表达和敲低验证下游基因的调控关系 转录组测序分析MC5R过表达后DEGs及其富集的通路
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定MC5R在鹅胚胎不同组织中的表达分布
收集23天朗德鹅胚胎的胸肌、腿肌、心脏、肝脏、小肠、脂肪和皮肤组织,提取RNA进行RT-qPCR检测MC5R mRNA表达。
探究过量饲喂和禁食/重饲条件下MC5R在鹅肝脏中的表达变化
分别对朗德鹅进行过量饲喂和禁食/重饲处理,收集肝脏组织,使用RT-qPCR和免疫印迹检测MC5R的mRNA和蛋白水平。
检测营养/能量相关因子对鹅原代肝细胞MC5R表达的影响
分离鹅原代肝细胞,分别用不同浓度的葡萄糖、油酸钠和甲状腺素钠处理14小时,检测MC5R mRNA表达。
鉴定MC5R过表达影响的基因及通路
在鹅原代肝细胞中转染MC5R过表达载体或空载体,36小时后进行转录组测序,分析差异表达基因及其富集的GO和KEGG通路。
验证MC5R对选定下游基因表达的调控作用
在鹅原代肝细胞中转染siMC5R或阴性对照siRNA,36小时后检测MC5R及下游基因的表达。
验证下游基因在体内模型和体外处理中的表达变化及其与MC5R的关联
在过量饲喂模型、禁食/重饲模型以及葡萄糖处理的原代肝细胞中,检测选定下游基因的表达。
预测MC5R及其下游基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络
将MC5R、PKA及选定的下游基因输入STRING数据库进行PPI分析,构建调控网络。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio | -- | |
| 表皮生长因子 | Solarbio | -- | |
| 药物处理 | 葡萄糖 | -- | -- |
| 油酸钠 | -- | -- | |
| 甲状腺素钠 | -- | -- | |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
| RNA提取 | RNA-easy 提取试剂 | Vazyme | -- |
| 逆转录 | HiScript III RT SuperMix qPCR逆转录试剂盒(+gDNA去除) | Vazyme | -- |
| RT-qPCR | AceQ qPCR SYBR Green Master Mix | Vazyme | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| 蛋白电泳 | SDS-PAGE上样缓冲液(5×) | NCM Biotech | -- |
| BeyoGel SDS-PAGE预制胶(12%) | Beyotime | -- | |
| 蛋白转膜 | PVDF膜(0.45 µm) | Millipore | -- |
| 免疫印迹 | 快速封闭液 | NCM Biotech | -- |
| MC5R抗体 | R&D Systems | MAB8205 | |
| α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2144 | |
| GAPDH抗体 | Bioss | bsm-33033M | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | -- | -- |
| Illumina测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | 过量饲喂模型:65日龄雄性朗德鹅,对照组自由采食,过量饲喂组人工饲喂24天,n=12,第12天和第24天每组采6只;禁食/重饲模型:10日龄朗德鹅,对照组自由采食,禁食组禁食24小时,重饲组禁食24小时后重饲2小时,n=8 阅读提示:详见Methods 4.2节 |
| 原代肝细胞处理 | 葡萄糖浓度0、50、100 mM;油酸钠浓度0、0.125、0.25 mM;甲状腺素钠浓度0、0.1、0.3 μM;处理时间14小时;细胞密度5×10^6细胞/孔 阅读提示:详见Methods 4.3节 |
| 基因过表达和敲低 | 过表达载体pcDNA3.1;siRNA序列(siMC5R和阴性对照);转染试剂jetPRIME;转染时间36小时 阅读提示:详见Methods 4.4节 |
| 转录组测序 | Illumina平台PE150测序;DEGs筛选标准p-adj<0.05;GO/KEGG富集分析使用ClusterProfiler R包 阅读提示:详见Methods 4.7节 |
| PPI分析 | STRING数据库版本及输入基因列表(PKA、MC5R及下游基因) 阅读提示:详见Methods 4.8节 |