检测GBP1表达变化
确定PRV感染是否调控GBP1的表达。
Q-PCR和Western blot检测PRV感染的PK-15细胞和C57BL/6小鼠组织中GBP1 mRNA和蛋白水平。
Guanylate-binding protein 1 inhibits nuclear delivery of pseudorabies virus by disrupting structure of actin filaments.
包含体外细胞感染模型(PK-15)、小鼠组织分析、CRISPR-Cas9敲除、过表达和回补突变体实验,并通过免疫共沉淀、免疫荧光和GTPase活性检测验证功能与机制,涉及多个独立证据层级。
PK-15细胞(猪肾细胞系) HEK293T细胞 C57BL/6小鼠
PRV感染剂量为1 MOI(细胞实验)或5×10^5 TCID50(小鼠注射) GBP1过表达细胞系(PK-15GBP1)和敲除细胞系(109PKGBP1−/−)的构建及验证 GBP1 GTPase活性突变体(K51A)和CAAX缺失突变体的使用 US3激酶活性突变体(K138A)的构建 PRV感染后GBP1 GTPase活性检测(ELISA)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定PRV感染是否调控GBP1的表达。
Q-PCR和Western blot检测PRV感染的PK-15细胞和C57BL/6小鼠组织中GBP1 mRNA和蛋白水平。
评估GBP1过表达对PRV感染的影响。
构建稳定表达Flag-GBP1的PK-15细胞系(PK-15GBP1),感染PRV后检测病毒基因组拷贝数、gC蛋白水平和病毒基因mRNA水平,并检测病毒粒子的吸附、进入和核传递。
确定GBP1缺失对PRV感染的影响。
利用CRISPR-Cas9构建GBP1敲除PK-15细胞系(109PKGBP1−/−),感染PRV后检测病毒基因组拷贝数和gC蛋白水平,并检测IFN-γ处理对肌动蛋白丝的影响。
确定GBP1 GTPase活性和CAAX基序在抗PRV感染中的作用。
在GBP1敲除细胞中回补野生型GBP1(WT)、无GTPase活性突变体(K51A)和CAAX缺失突变体(ΔCAAX),感染PRV后检测病毒基因组拷贝数、gC蛋白水平和肌动蛋白丝结构。
鉴定PRV中抑制GBP1 GTPase活性的病毒蛋白。
在HEK293T细胞中共表达HA-GBP1和PRV蛋白表达质粒,通过ELIPA检测GTPase活性,筛选出抑制因子US3;随后验证US3激酶活性突变体(US3KD)对GTPase活性的影响。
确定US3和GBP1是否物理结合,并鉴定结合所需的结构域。
免疫共沉淀和免疫荧光实验检测HA-GBP1与Flag-US3的相互作用,并利用GBP1截短突变体(1-308, 308-591)和US3激酶突变体(US3KD)确定结合区域。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 达尔伯克必需基本培养基 | Invitrogen | 12100-046 |
| 胎牛血清 | Tianhang Biotechnology | 13 | |
| 细胞染色 | DAPI染色液 | Beyotime | C1005 |
| 免疫沉淀 | 蛋白G-琼脂糖 | Santa Cruz | sc-2002 |
| 蛋白A-琼脂糖 | Santa Cruz | sc-2001 | |
| GTPase活性检测 | GTPase动力学ELIPA检测试剂盒 | Cytoskeleton | BK052 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Solarbio | -- |
| cDNA合成 | M-MLV反转录酶 | Invitrogen | -- |
| Q-PCR | SYBR绿 | Takara | -- |
| 蛋白裂解 | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| 蛋白抑制 | 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| 抗体检测 | 抗GAPDH抗体 | Abways | AB0036 |
| 抗GBP1抗体 | Bioss | bs-13302R | |
| 抗HA抗体 | Proteintech | 66006-2-Ig | |
| 抗Flag抗体 | Thermo Fisher | MA1-91878 | |
| 抗Flag抗体 | Invitrogen | 701629 | |
| 辣根过氧化物酶偶联的抗小鼠IgG | Invitrogen | A16066 | |
| 辣根过氧化物酶偶联的抗兔IgG | Invitrogen | 31466 | |
| 免疫荧光 | 抗小鼠IgG(H&L)-Alexa Fluor 488 | Immunology | RS3208 |
| 抗小鼠IgG(H&L)-Alexa Fluor 647 | Immunology | RS3808 | |
| 抗兔IgG(H&L)-Alexa Fluor 647 | Immunology | RS3811 | |
| 抗兔IgG(H&L)-Alexa Fluor 594 | Immunology | RS3611 | |
| 转染 | Lipofectamine 8000转染试剂 | Beyotime | -- |
| 质粒构建 | lentiCRISPRv2质粒 | Addgene | 52961 |
| psPAX2质粒 | Addgene | 12260 | |
| pMD2.G质粒 | Addgene | 12259 | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | InvivoGen | -- |
| 免疫荧光 | Cytopainter鬼笔环肽-iFluor 488 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞感染 | 感染复数(MOI)和时间点,例如1 MOI感染24小时 阅读提示:Methods:Cells and viruses;Results:图2、图3、图4 |
| 小鼠实验 | 小鼠品系、性别、周龄、分组、感染剂量(5×10^5 TCID50)、注射方式(肌肉注射)、处理时间(72小时) 阅读提示:Methods:Animal experiments and Ethics statement;图1图注 |
| GBP1敲除细胞 | CRISPR-Cas9靶向位点(gRNA-109)及敲除验证(Western blot、基因测序) 阅读提示:Methods:CRISPR-Cas9-mediated GBP1 knockout in PK-15 cells;Results:图3 |
| GTPase活性检测 | 转染质粒(HA-GBP1、HA-GBP1(K51A)等)、PRV感染条件(1 MOI,2小时)、ELIPA试剂盒(BK052) 阅读提示:Methods:Reagents;Results:图5 |
| 蛋白互作 | 共转染质粒(如HA-GBP1和Flag-US3)、免疫沉淀抗体(anti-HA或anti-Flag)、细胞裂解时间(24小时) 阅读提示:Methods:Immunoprecipitation assay;Results:图6 |