鉴定PRMT5与G3BP2的相互作用及甲基化位点
探究G3BP2是否为PRMT5的新底物,并确定PRMT5介导的甲基化位点。
通过免疫沉淀和质谱分析鉴定PRMT5的相互作用蛋白G3BP2;通过截短突变体确定相互作用结构域;通过定制甲基化抗体和质谱验证G3BP2 R468对称二甲基化;体外甲基化实验和PRMT5抑制剂处理验证甲基化依赖性。
USP7- and PRMT5-dependent G3BP2 stabilization drives de novo lipogenesis and tumorigenesis of HNSC.
包含体外细胞实验(HEK293、HNSC细胞系)、蛋白互作与修饰分析(IP、Co-IP、质谱、体外甲基化)、功能实验(增殖、迁移、侵袭)、体内异种移植模型,以及临床样本免疫组化验证。
HEK293细胞 HNSC细胞系(Tu686、Tu212、CAL-27等) 异种移植裸鼠模型 HNSC临床组织样本(50对)
PRMT5介导G3BP2 R468对称二甲基化位点 USP7去泛素化依赖的G3BP2稳定性 PRMT5或USP7敲低或抑制对G3BP2蛋白水平的影响 G3BP2突变(R468K)对脂质代谢和肿瘤生长的影响 临床样本中G3BP2、PRMT5、USP7表达与预后的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究G3BP2是否为PRMT5的新底物,并确定PRMT5介导的甲基化位点。
通过免疫沉淀和质谱分析鉴定PRMT5的相互作用蛋白G3BP2;通过截短突变体确定相互作用结构域;通过定制甲基化抗体和质谱验证G3BP2 R468对称二甲基化;体外甲基化实验和PRMT5抑制剂处理验证甲基化依赖性。
确定PRMT5和USP7是否通过去泛素化途径稳定G3BP2。
在Tu686和Tu212细胞中敲低PRMT5或USP7,检测G3BP2蛋白和mRNA水平;使用MG132和CHX检测蛋白半衰期;免疫共沉淀和去泛素化实验评估G3BP2的泛素化水平。
探究PRMT5介导的G3BP2甲基化是否促进脂质代谢重编程。
在Tu212细胞中过表达G3BP2-WT或R468K,进行转录组测序和代谢组学分析;RT-PCR和Western blot检测脂质代谢相关基因;油红O染色检测脂滴形成。
验证PRMT5-USP7-G3BP2轴是否促进肿瘤细胞的恶性行为。
在Tu686细胞中敲低PRMT5或USP7并过表达G3BP2-WT或R468K,进行CCK-8增殖、集落形成、Transwell迁移侵袭及划痕愈合实验。
验证PRMT5-USP7-G3BP2轴在体内对肿瘤生长和脂质积累的影响。
将Tu686细胞(稳定敲低G3BP2、USP7或过表达G3BP2-WT、G3BP2-R468K)皮下注射到裸鼠,测量肿瘤体积和重量,进行Ki-67免疫组化和油红O染色。
验证G3BP2甲基化在临床HNSC组织中的表达及其与预后的关系。
对50对HNSC及癌旁组织进行免疫组化染色检测G3BP2、PRMT5、USP7和甲基化G3BP2表达,并进行生存分析和TCGA数据库验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Life Technologies/Invitrogen | -- |
| 蛋白稳定性 | MG132蛋白酶体抑制剂 | -- | -- |
| 免疫沉淀与分析 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白A/G磁珠 | -- | -- | |
| 银染 | 快速银染试剂盒 | Beyotime | -- |
| 免疫印迹 | 抗PRMT5抗体 | Abcam | ab109451 |
| 抗G3BP2抗体 | Proteintech | 16276-1-AP | |
| 抗G3BP2抗体 | Abcam | ab86135 | |
| 抗Flag抗体 | Cell Signaling Technology | 9A3 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | MilliporeSigma | T6074 | |
| 抗USP7抗体 | Cell Signaling Technology | 4833S | |
| 抗ACLY抗体 | Cell Signaling Technology | 4332 | |
| 抗FASN抗体 | Cell Signaling Technology | 3180 | |
| 抗PPARγ抗体 | Bioss Antibodies | 33436M | |
| 抗SCD1抗体 | Bioss Antibodies | 3787R | |
| 抗nSREBP1抗体 | Abcam | ab159577 | |
| 抗ELOVL6抗体 | Abcam | ab69857 | |
| 抗ACSL3抗体 | Abcam | ab151959 | |
| 抗甲基化G3BP2抗体(定制) | -- | -- | |
| 荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | -- |
| CRISPR敲除 | LentiCRISPRv2质粒 | -- | -- |
| psPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2G包装质粒 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 增殖实验 | CCK-8试剂盒 | MCE | HY-K0301 |
| Spark多功能酶标仪 | Tecan | -- | |
| 集落形成 | 结晶紫 | -- | -- |
| GST pull-down | 谷胱甘肽琼脂糖4B磁珠 | GE Healthcare | -- |
| Ni-NTA琼脂糖磁珠 | Qiagen | -- | |
| 代谢组学 | 超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Q Exactive HFX质谱仪 | Thermo | -- | |
| UPLC BEH Amide色谱柱 | -- | -- | |
| 体外甲基化 | S-腺苷甲硫氨酸,[甲基-3H] | -- | -- |
| Transwell实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| Transwell小室 | Corning | -- | |
| RT-PCR | HiScript Q RT SuperMix试剂盒 | Vazyme Biotech | -- |
| SYBR Green预混液 | Vazyme Biotech | -- | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 抑制剂 | GSK3326595(PRMT5抑制剂) | -- | -- |
| P5091(USP7抑制剂) | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(HEK293、Tu686、Tu212、CAL-27等)来源;培养基(RPMI-1640或DMEM)及添加物(10% FBS、1%青霉素-链霉素);转染试剂Lipofectamine 3000用量;质粒、siRNA、shRNA序列 阅读提示:Methods: Cell lines and transfections |
| 蛋白相互作用与修饰分析 | 免疫沉淀与免疫印迹的具体条件;抗体浓度及来源;质谱分析条件;甲基化位点验证(R468K突变) 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation and Immunoblotting analysis; Results 图1 |
| 蛋白稳定性实验 | CHX浓度(50 μg/mL)和时间点(2、4、6小时);MG132浓度(40 μM)和处理时间(6小时);蛋白酶体抑制剂对照 阅读提示:Methods: Cell lines and transfections; Results 图2D |
| 脂质代谢功能实验 | RT-PCR和Western blot检测的脂质基因(ACLY、FASN等);荧光素酶报告基因实验条件(共转染、检测时间60小时);油红O染色条件 阅读提示:Methods: Luciferase reporter analysis; Results 图4 |
| 体内动物实验 | 小鼠品系(裸鼠)和年龄(4-5周);注射细胞数和体积;测量时间点;对照组设置;肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods: Xenograft mouse model and Immunohistochemistry; Results 图6 |