虚拟筛选和分子对接
从天然化合物库中筛选与PPARγ结合且阻断其磷酸化的候选化合物。
使用SYBYL软件的Surflex-Dock模块对3000种天然小分子化合物进行分子对接,根据结合自由能筛选出地奥司明等候选化合物。
Selective PPARγ modulator diosmin improves insulin sensitivity and promotes browning of white fat.
研究包含体外细胞实验(beige adipocytes)、急性体内注射和慢性HFD小鼠模型等多个独立证据层级,并进行了功能验证(葡萄糖摄取、胰岛素敏感性)和机制验证(PPARγ磷酸化阻断)。
米色脂肪细胞(beige adipocytes) C57BL/6J小鼠(HFD诱导的肥胖和胰岛素抵抗模型)
地奥司明给药剂量:10 mg/kg(iWAT注射或口服) 慢性给药时长:12周,每周两次(周一和周四) HFD诱导:Research Diet D12492 PPARγ磷酸化位点:Ser273 细胞实验浓度:地奥司明(浓度未明确说明),棕榈酸0.3 mM处理48小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从天然化合物库中筛选与PPARγ结合且阻断其磷酸化的候选化合物。
使用SYBYL软件的Surflex-Dock模块对3000种天然小分子化合物进行分子对接,根据结合自由能筛选出地奥司明等候选化合物。
验证地奥司明与PPARγ的结合及其对PPARγ转录活性的影响。
通过微量热泳动(MST)实验检测地奥司明与PPARγ的结合;通过PPRE驱动的荧光素酶报告基因实验评估转录活性。
评估地奥司明对米色脂肪细胞分化、葡萄糖摄取和PPARγ磷酸化的影响。
在米色脂肪细胞分化过程中给予地奥司明或罗格列酮,检测PPARγ S273磷酸化、脂肪生成标志基因表达、Oil Red O染色和2-DG摄取。
评估地奥司明急性给药对小鼠iWAT中PPARγ磷酸化、胰岛素信号和基因表达的影响。
将地奥司明等化合物单侧注射到iWAT或口服灌胃,3天后检测iWAT中p-PPARγ、p-IRβ、p-AKT、p-GSK3β和基因表达。
评估地奥司明长期给药对HFD诱导的肥胖、胰岛素抵抗和肝脂肪变性的影响。
HFD小鼠双侧iWAT注射地奥司明或罗格列明,持续12周,监测体重、血糖、葡萄糖和胰岛素耐量、能量消耗、体成分、血清参数和组织学变化。
评估地奥司明局部给药是否引起液体潴留或心血管不良反应。
通过MRI测量液体潴留,超声心动图评估心脏功能,检测心肌肥大和纤维化基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 胰岛素 | Eli Lilly | HI0240 | |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Sigma–Aldrich | I7018 | |
| 三碘甲状腺原氨酸 | Sigma–Aldrich | T2877 | |
| 地塞米松 | Sigma–Aldrich | D4902 | |
| 罗格列酮 | Sigma–Aldrich | R2408 | |
| 棕榈酸酯 | Sigma–Aldrich | P0500 | |
| 药物处理 | 地奥司明 | Aladdin | D111390 |
| GW9662 | MCE | HY-30237 | |
| roscovitine | MCE | HY-16578 | |
| 油红O染色 | SpectraMax 190酶标仪 | Molecular Devices | -- |
| 基因表达分析 | RNAiso Plus | TaKaRa | 9109 |
| PrimeScript RT试剂盒 | TaKaRa | PR047Q | |
| SYBR green荧光染料混合物 | Yeasen | 11143ES50 | |
| LightCycle 480 | Roche | -- | |
| 微量热泳动 | Monolith NT. 自动化高级毛细管芯片 | -- | -- |
| 蛋白分析 | CDK5/P25激酶活性检测试剂盒 | CG biotec | HL50150 |
| 增强型BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| 硝酸纤维素膜 | PALL | 66485 | |
| 抗p-PPARγ抗体 | Bioss biotech | bs-4888R | |
| 抗PPARγ抗体 | Santa Cruz | sc-7273 | |
| 抗p-IRβ抗体 | Cell Signaling Technology | 3025 | |
| 抗p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 13038 | |
| 抗p-GSK3β抗体 | Cell Signaling Technology | 9322 | |
| 抗UCP1抗体 | Abcam | Ab10983 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47778 | |
| Odyssey CLx成像系统 | LI-COR | -- | |
| 报告基因实验 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | 11668019 |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Transgen | FR201 | |
| 动物实验 | 高脂饮食 (D12492) | Research Diet | D12492 |
| AccuFat-1050 MRI系统 | Meg-Med | -- | |
| 综合实验室动物监测系统 | Columbus Instruments | -- | |
| AlphaTrak血糖监测系统 | Abbott | -- | |
| 异氟烷 | -- | -- | |
| 超声心动图 | VEVO 2100 | Visualsonics | -- |
| 血清参数分析 | 胆固醇检测试剂盒 | Jiancheng | A111-2 |
| 高密度脂蛋白胆固醇检测试剂盒 | Jiancheng | A112-2 | |
| 低密度脂蛋白胆固醇检测试剂盒 | Jiancheng | A113-2 | |
| 谷丙转氨酶检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | MAK052 | |
| 谷草转氨酶检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | MAK055 | |
| 肌酸激酶检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | MAK116 | |
| 乳酸脱氢酶检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | MAK066 | |
| 尿素氮检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | MAK006 | |
| 肌酐检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | MAK080 | |
| 尿酸检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | MAK077 | |
| 白蛋白检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | 09753 | |
| 总蛋白检测试剂盒 | Sigma–Aldrich | 71285-M | |
| 肝脏甘油三酯测定 | 甘油三酯检测试剂盒 | BioVision | K952 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和分化 | 米色前脂肪细胞的来源和培养条件;分化培养基成分(胰岛素浓度、IBMX、T3、地塞米松、罗格列酮有无);地奥司明浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 体外处理 | TNFα浓度(50 ng/ml);棕榈酸浓度(0.3 mM)和处理时间(48小时);GW9662和roscovitine浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Methods: Cell culture, Immunoprecipitation and protein analyses |
| 动物模型和给药 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;HFD类型(D12492);给药剂量(10 mg/kg);给药方式(iWAT注射或口服);给药频率(急性一次,慢性每周两次);慢性给药周期(12周) 阅读提示:Methods: Animal studies |
| 代谢检测 | GTT和ITT的禁食时间、葡萄糖和胰岛素剂量、测量时间点;能量消耗监测时长(72小时);冷暴露温度(4°C)和时间(6小时) 阅读提示:Methods: Animal studies; Figure 5 legend |
| 安全性评估 | 液体潴留测定方法(MRI);超声心动图参数;血清肾功能指标 阅读提示:Methods: Echocardiography; Figure 7 legend |