验证S100A9在HER2阳性乳腺癌中的表达
确定S100A9在HER2阳性乳腺癌中是否异常表达
使用TCGA数据库分析、RT-qPCR、IHC和Western blot检测不同亚型乳腺癌组织中的S100A9表达。
S100A9 promotes glycolytic activity in HER2-positive breast cancer to induce immunosuppression in the tumour microenvironment.
包含临床样本分析、细胞系体外实验和生物信息学分析等多个证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
HER2阳性乳腺癌患者组织样本 SK-BR-3细胞系 BT474细胞系
HER2阳性乳腺癌患者样本量667例 S100A9 siRNA转染细胞系(SK-BR-3和BT474) 糖酵解相关酶(PGK1、LDHA、ENO1)蛋白表达 乳酸产生和葡萄糖摄取检测 细胞外酸化率(ECAR)检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定S100A9在HER2阳性乳腺癌中是否异常表达
使用TCGA数据库分析、RT-qPCR、IHC和Western blot检测不同亚型乳腺癌组织中的S100A9表达。
评估S100A9是否调控糖酵解酶的表达
在SK-BR-3和BT474细胞中沉默S100A9,通过Western blot检测PGK1、LDHA和ENO1的表达;在HER2阳性组织中通过IHC检测这些酶的表达。
验证S100A9是否影响功能性糖酵解活性
检测S100A9沉默细胞中的乳酸产生、葡萄糖摄取和ECAR。
探究S100A9是否通过c-Myc相关通路调控糖酵解
在S100A9沉默细胞中检测β-catenin、c-Myc和磷酸化c-Myc的表达,并通过免疫荧光观察c-Myc定位;在组织中检测S100A9和c-Myc共表达。
评估S100A9和LDHA表达与TIL浸润及亚型的关系
在HER2阳性乳腺癌组织中通过H&E和IHC评估总TIL及CD3、CD4、CD8、FOXP3阳性细胞的比例,并根据S100A9和LDHA表达水平分组比较。
探究S100A9表达是否与HER2阳性乳腺癌患者生存相关
使用KM plotter数据库和临床随访数据进行生存分析,评估S100A9表达对不同亚型乳腺癌预后的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| siRNA转染 | S100A9小干扰RNA | Sangon Biotech | -- |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985-070 | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000-015 | |
| RT-qPCR | 总RNA提取试剂盒 | Solarbio | -- |
| 逆转录试剂盒 | Yeasen | -- | |
| Hieff qPCR SYBR Green预混液 | -- | -- | |
| 组织包埋切片 | 最佳切割温度化合物 | -- | -- |
| 免疫组化 | S100A9抗体 | BIOSS | bs-2697R |
| LDHA抗体 | Affinity | DF6280 | |
| PGK1抗体 | Affinity | DF6722 | |
| ENO1抗体 | Affinity | DF6191 | |
| β-catenin抗体 | Affinity | AF6266 | |
| c-Myc抗体 | Affinity | AF0358 | |
| CD3抗体 | BIOSS | bs-0765R | |
| CD4抗体 | BIOSS | bs-0647R | |
| CD8抗体 | BIOSS | bs-4790R | |
| FOXP3抗体 | BIOSS | bs-0269R | |
| HRP标记二抗 | BIOSS | bs-0295G-HRP | |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| 增强化学发光试剂 | Beyotime | P0018S-2 | |
| 自动化学发光图像分析系统 | Tanon | 5200 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | BIOSS | P0096 |
| 磷酸盐缓冲液 | Solarbio | P1022 | |
| 牛血清白蛋白 | BIOSS | bs-0292P | |
| DAPI | BIOSS | C02-04002 | |
| 抗淬灭封片剂 | Solarbio | S2110 | |
| 糖代谢检测 | 葡萄糖摄取检测试剂盒 | BioVision/Abcam | ab136955 |
| 乳酸检测试剂盒 | BioVision/Abcam | ab83429 | |
| 细胞外酸化率检测 | Seahorse XFe 96细胞外通量分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| Seahorse XF 96细胞培养微孔板 | -- | -- | |
| Seahorse XF校准液 | -- | -- | |
| 糖酵解压力测试试剂盒 | -- | -- | |
| 显微镜观察 | OLYMPUS DP26光学显微镜 | OLYMPUS | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者纳入 | HER2阳性乳腺癌诊断标准(IHC 3+或FISH阳性),排除标准,样本量667例,治疗和随访信息 阅读提示:Materials and methods: Study participants, Table 1 |
| 细胞培养与S100A9沉默 | 细胞系SK-BR-3和BT474的来源,培养基成分(1640+10%FBS+双抗),培养条件(37°C,5%CO2),siRNA序列和转染试剂,转染时间24小时 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and treatment, Small interference RNA transfection |
| Western blot | 抗体稀释比例(1:1000),蛋白上样量,电泳条件(10% SDS-PAGE),转膜条件(200mA,90分钟),封闭时间(2h),一抗孵育(4°C过夜),二抗孵育(2h),曝光时间(20分钟) 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis |
| 免疫组化 | 抗体稀释比例(1:300),抗原修复条件,DAB显色,评分标准(比例×强度) 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemical staining |
| 糖代谢功能检测 | 葡萄糖饥饿时间(12小时),2-DG浓度和孵育时间(20分钟),乳酸检测波长(450nm),ECAR检测细胞密度(1×10^4 cells/well) 阅读提示:Materials and methods: Detection of glucose consumption and lactate production, Detection of the extracellular acidification rate |
| 统计分析 | 统计检验(t检验,ROC曲线,Kaplan-Meier,Cox回归),软件版本(GraphPad Prism 8.0, SPSS 25.0, R 4.0.4),显著性水平(p<0.05) 阅读提示:Materials and methods: Statistical analyses |