低氧条件下FENDRR表达与定位分析
探究FENDRR在低氧HPAECs中的表达变化及亚细胞定位。
通过qRT-PCR检测不同低氧时间点HPAECs中FENDRR的表达,利用FISH和细胞分级实验确定FENDRR的亚细胞分布。
LncRNA FENDRR with m6A RNA methylation regulates hypoxia-induced pulmonary artery endothelial cell pyroptosis by mediating DRP1 DNA methylation.
包含细胞实验(HPAEC过表达/敲低、功能与机制验证)和动物实验(低氧PH小鼠模型),并有CHIRP、EMSA、MSP、RIP等多层级机制验证。
人肺动脉内皮细胞(HPAECs) 低氧诱导的肺动脉高压小鼠模型(C57BL/6J小鼠)
HPAECs在低氧(3% O2,24小时)条件下FENDRR的表达变化 FENDRR过表达对低氧诱导的HPAEC焦亡相关蛋白、LDH释放、Caspase-1活性的影响 FENDRR与DRP1启动子形成RNA-DNA三链体(CHIRP、EMSA验证) DRP1启动子甲基化状态(MSP检测) 低氧小鼠模型中TFO2过表达对RVSP、RV/(LV+S)、肺血管重塑的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究FENDRR在低氧HPAECs中的表达变化及亚细胞定位。
通过qRT-PCR检测不同低氧时间点HPAECs中FENDRR的表达,利用FISH和细胞分级实验确定FENDRR的亚细胞分布。
验证FENDRR是否影响低氧诱导的HPAEC焦亡。
在HPAECs中过表达或敲低FENDRR,检测焦亡相关蛋白表达、细胞死亡和LDH释放等。
确定FENDRR的下游靶基因并验证其调控关系。
通过生物信息学预测、qRT-PCR、Western blot、免疫荧光和相关性分析,验证FENDRR对DRP1表达的调控。
探索FENDRR是否通过与DRP1启动子形成RNA-DNA三链体影响其甲基化。
使用CHIRP、双荧光素酶报告基因、EMSA和MSP检测FENDRR与DRP1启动子的相互作用及甲基化水平。
阐明m6A阅读器YTHDC1如何调控FENDRR的表达。
通过siRNA敲低YTHDC1,检测FENDRR表达、m6A水平、RNA半衰期及YTHDC1与FENDRR的相互作用。
验证FENDRR保守序列TFO2能否在体内缓解低氧诱导的PH。
通过鼻内滴注AAV5-TFO2病毒感染小鼠,建立低氧PH模型,检测右心压力和血管重塑等指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | AAV5-FENDRR TFO2 | HANBIO | -- |
| 细胞培养 | 内皮细胞培养基 | ScienCell | 1001 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素链霉素 | -- | -- | |
| Western blot | Bio-Rad蛋白测定试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| NLRP3抗体 | Bioss | bs-10021R | |
| Caspase-1抗体 | Proteintech | 22915-1-AP | |
| pro-Caspase-1抗体 | Abcam | ab179515 | |
| IL-1β抗体 | Proteintech | 16806-1-AP | |
| DRP1抗体 | Abcam | ab184247 | |
| YTHDC1抗体 | Proteintech | 14392-1-AP | |
| FTO抗体 | Bioss | bs-7056R | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| NanoDrop 2000 | Thermo Scientific | -- | |
| Superscript第一链cDNA合成试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| SYBR Green实时PCR | Toyobo | -- | |
| 罗氏LightCycler 480II | Roche | -- | |
| 荧光染色 | Hoechst 33342 | -- | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| LDH释放实验 | LDH释放检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 免疫荧光 | Cy3标记的山羊抗兔 | Beyotime | A0516 |
| FITC标记的山羊抗小鼠 | Beyotime | A0568 | |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| 抗淬灭封片剂 | Beyotime | P0126 | |
| CD31抗体 | Abcam | ab9498 | |
| RIP | RIP试剂盒 | BersinBio | Bes5101 |
| 抗m6A抗体 | Epigentek | A-1801 | |
| CHIRP | ChIRP试剂盒 | BersinBio | Bes5104 |
| EMSA | 化学发光EMSA试剂盒 | Beyotime | GS009 |
| MSP | GENMED通用基因甲基化检测试剂盒 | GENMED Scientifics INC. | -- |
| 基因组DNA提取试剂盒 | Thermo Scientific | K0512 | |
| m6A定量 | EpiQuik m6A RNA甲基化定量试剂盒 | Epigentek | P-9005 |
| m6A dot blot | 尼龙膜 | Beyotime | FFN10 |
| m6A抗体 | Epigentek | A-1801 | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC检测试剂盒 | Beyotime | C1062S |
| BD FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| Caspase-1活性 | Caspase-1活性检测试剂盒 | Beyotime | C1102 |
| 蛋白定量 | Bradford检测试剂盒 | Beyotime | P0006 |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | -- |
| X-tremeGene siRNA转染试剂 | Roche | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 细胞培养低氧 | 三气培养箱 | Heal Force | -- |
| qRT-PCR引物合成 | 引物 | -- | -- |
| CHIRP探针合成 | 生物素标记探针TFO1和TFO2 | GenePharma | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与低氧处理 | HPAECs的培养基(ScienCell 1001含15%FBS和1%青链霉素);低氧条件(3% O2, 5% CO2, 91% N2)处理24小时 阅读提示:Materials and methods 的 Cell culture |
| FENDRR过表达/敲低 | FENDRR过表达质粒(GV219载体)转染3μg;FENDRR ASO转染2μg;转染后4-6小时更换含5%血清的培养基 阅读提示:Materials and methods 的 Plasmid vector constructs and transfection 和 siRNA, ASO design and transfection |
| 焦亡检测 | Western blot检测NLRP3、Caspase-1、pro-Caspase-1、IL-1β蛋白表达(抗体浓度和货号);Hoechst 33342/PI染色(各6μL,4℃避光20分钟);LDH释放检测(5000细胞/孔,490nm吸光度);Caspase-1活性(合成底物Ac-YVAD-pNA,405nm) 阅读提示:Materials and methods 的 Western blot analysis, Hoechst 33342/PI fluorescent staining, LDH release assay, Caspase-1 activity assay |
| DRP1调控机制 | CHIRP实验:4×10^7 HPAECs,1%甲醛交联20min,FENDRR探针(TFO1/TFO2)37℃孵育180min;EMSA:生物素标记DRP1 TSS片段与FENDRR TFO2反应20min;MSP:2μg DNA转化,PCR程序(95℃变性2min,35循环:95℃30s, 57℃90s, 72℃30s, 最后72℃5min) 阅读提示:Materials and methods 的 CHIRP, EMSA, MSP |
| m6A修饰与YTHDC1作用 | YTHDC1 siRNA转染2μg(si-1效率最高);放线菌素D处理浓度1μg/mL,检测0,4,8,12小时FENDRR表达;RIP实验使用YTHDC1抗体(3μg) 阅读提示:Materials and methods 的 siRNA, ASO design and transfection 和 RNA immunoprecipitation (RIP) |
| 体内动物实验 | 小鼠品系、性别、体重(C57BL/6J雄性,30g);AAV5-TFO2病毒滴度10^11基因组当量,鼻内滴注;低氧浓度10%或21%;实验时间:预暴露7天,再处理14天;检测指标:RVSP, RV/(LV+S), HE染色, 超声心动图 阅读提示:Materials and methods 的 Animals and lung tissue preparation 和 Echocardiography and right ventricular systolic pressure (RVSP) measurements |