临床样本关联分析
探究肝纤维化程度和HCC分级之间的关联,以及α-SMA和激活素A的表达差异。
使用商业组织芯片,通过H&E染色评估肝纤维化程度,通过免疫组化(IHC)检测α-SMA、激活素A、CD68、CD163的表达,比较不同HCC分期(I、II、III)的样本。
Hepatic Stellate Cell Modulates the Immune Microenvironment in the Progression of Hepatocellular Carcinoma.
包含临床组织样本分析(H&E、IHC)、体外细胞实验(迁移、侵袭、酶谱、Western blot)、细胞因子芯片及网络分析、siRNA敲低验证,多个独立证据层级。
人肝癌细胞系J5 大鼠肝星状细胞系HSC-T6 小鼠巨噬细胞系RAW264.7 人肝癌组织芯片
TGF-β1(5 ng/mL)激活HSC-T6 24小时 aHSC-CM和qHSC-CM的制备条件 J5细胞划痕实验迁移时间点(0, 24, 48, 72小时) J5细胞侵袭实验(5×10^4细胞/孔,24小时) RAW264.7细胞处理(LPS、aHSC-CM、qHSC-CM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究肝纤维化程度和HCC分级之间的关联,以及α-SMA和激活素A的表达差异。
使用商业组织芯片,通过H&E染色评估肝纤维化程度,通过免疫组化(IHC)检测α-SMA、激活素A、CD68、CD163的表达,比较不同HCC分期(I、II、III)的样本。
制备激活和静息状态的HSC条件培养基,用于处理肝癌细胞和巨噬细胞。
HSC-T6细胞用TGF-β1(5 ng/mL)处理或不处理,培养收集条件培养基(aHSC-CM和qHSC-CM)。J5细胞和RAW264.7细胞分别用aHSC-CM或qHSC-CM处理,观察功能变化。
评估aHSC-CM对肝癌细胞恶性表型的影响,包括迁移、侵袭和MMP活性。
通过划痕实验、Matrigel侵袭小室实验和明胶酶谱法测定J5细胞在aHSC-CM、qHSC-CM和常规培养基下的迁移、侵袭能力和MMP活性。
检测aHSC-CM和qHSC-CM中细胞因子/趋化因子的表达差异,筛选关键分子。
使用RayBio大鼠细胞因子芯片C2检测34种细胞因子/趋化因子的水平,并通过MetaCore软件进行网络分析。
验证激活素A在HSC活化和HCC细胞迁移/侵袭中的作用。
使用siRNA敲低HSC-T6中的激活素A,检测α-SMA和p-ERK水平;并于J5细胞中验证迁移和侵袭能力的变化。
验证aHSC-CM对巨噬细胞极化的影响,特别是M2标志物表达。
将RAW264.7细胞培养于LPS(阳性对照)、aHSC-CM、qHSC-CM,通过Western blot检测CD68和CD163的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织学分析 | 组织芯片 | SuperBioChips Laboratories | -- |
| 奥林巴斯BX51显微镜 | Olympus | -- | |
| DP-72 | Olympus | -- | |
| 细胞培养 | 转化生长因子-β1 | ProSpec-Tany TechnoGene | -- |
| Waymouth培养基 | -- | -- | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 侵袭实验 | Matrigel侵袭小室 | Corning Inc. | -- |
| 细胞因子芯片 | RayBio大鼠细胞因子C2芯片 | RayBiotech Inc. | -- |
| Western blot | 细胞裂解液 | Cell Signaling | -- |
| Bradford蛋白定量试剂盒 | AMRESCO | -- | |
| α-SMA抗体 | Santa Cruz | sc-32251 | |
| COLA1抗体 | Santa Cruz | sc-8784 | |
| CD68抗体 | Santa Cruz | sc-20060 | |
| GAPDH抗体 | Santa Cruz | sc-25778 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Epitomics | 2019-1 | |
| ZO-1抗体 | Cell Signaling | 9782 | |
| 磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling | 9101 | |
| ERK抗体 | Cell Signaling | 4695 | |
| 激活素A抗体 | myBioSource | MBS7103066 | |
| CD163抗体 | Bioss | bs-2527R | |
| 软件分析 | MetaCore软件 | GeneGo | -- |
| GeneTools软件 | Syngene | -- | |
| 统计 | Prism软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 组织芯片的来源(SuperBioChips Laboratories)和HCC分期 阅读提示:见“4.1. Tissue Array”和“Figure 1”图注 |
| 细胞培养和HSC-CM制备 | HSC-T6细胞激活条件(TGF-β1浓度5 ng/mL、处理时间24小时);aHSC-CM和qHSC-CM的制备细节(血清浓度、培养时间) 阅读提示:见“4.2. Cell Culture”和“4.3. Collection of Conditioning Medium (CM) from HSCs” |
| 功能实验 | 划痕实验中J5细胞接种密度、划痕后观察时间点(24小时)等 阅读提示:见“4.4. Wound-Migration Assay”和“4.5. Invasion Assay” |
| 巨噬细胞极化实验 | RAW264.7细胞处理条件(LPS、aHSC-CM、qHSC-CM) 阅读提示:见“Figure 4C”图注和相应的材料方法部分(未在文中单独列出,但可参见细胞培养部分) |
| 细胞因子芯片和网络分析 | 抗体芯片类型(RayBio Rat Cytokine C2)和MetaCore软件版本 阅读提示:见“4.7. Cytokine Protein Array and Functional Analysis” |