在线数据分析MAGE-D4表达及预后
评估MAGE-D4在胶质瘤中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用GEO数据库GSE2223数据集(49例胶质瘤和4例正常脑组织)分析MAGE-D4 mRNA表达;利用LinkedOmics中625例胶质瘤样本进行生存分析。
Combined treatment with epigenetic agents enhances anti-tumor activity of MAGE-D4 peptide-specific T cells by upregulating the MAGE-D4 expression in glioma.
包含体外细胞实验(表达、甲基化、肽筛选、T细胞功能、细胞毒性)、体内移植瘤模型及在线数据预后分析,并进行了功能验证和机制验证。
U87-MG人胶质瘤细胞系 U251人胶质瘤细胞系 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 HLA-A2+健康供者PBMC来源的DC和CD8+ T细胞
表观遗传药物处理方案:U87用TSA 1 μM处理24 h,U251用DAC 1 μM处理120 h后加TSA 1 μM处理24 h MAGE-D4肽P8浓度:10 μg/ml用于负载DC 体内实验:4×10^6 U87细胞皮下接种,荷瘤后腹腔瘤周注射TSA(0.5 mg/kg)及1×10^7肽负载CD8+ T细胞 细胞毒性实验效靶比:E:T为50:1 HLA阻断实验:抗HLA-ABC抗体浓度50 μg/ml,37°C孵育40 min
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MAGE-D4在胶质瘤中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用GEO数据库GSE2223数据集(49例胶质瘤和4例正常脑组织)分析MAGE-D4 mRNA表达;利用LinkedOmics中625例胶质瘤样本进行生存分析。
验证表观遗传药物能否上调胶质瘤细胞中MAGE-D4和HLA-A2的表达。
使用DAC、VPA、TSA单独或联合处理U87和U251细胞,通过qRT-PCR、Western blot和流式细胞术检测MAGE-D4和HLA-A2表达。
探究表观遗传药物调控MAGE-D4表达的机制是否涉及启动子去甲基化。
通过焦磷酸测序分析表观遗传药物处理后U87和U251细胞中MAGE-D4核心启动子区域(两个区域,共18个CpG位点)的甲基化状态。
筛选能诱导特异性T细胞反应的HLA-A2限制性MAGE-D4肽段。
使用IEDB、netMHC、EPIJEN和SYFPEITHI四个程序预测MAGE-D4 N端HLA-A2限制性肽段,合成8个候选肽(P1-P8),并通过肽结合亲和力(FI)和肽/HLA复合物稳定性(DC50)进一步筛选。
评估MAGE-D4肽负载的DC能否有效诱导T细胞增殖和细胞因子分泌。
将MAGE-D4肽(P4、P5、P8)负载自体DC,与T细胞共培养,使用CCK8和CFSE检测T细胞增殖,ELISA检测IL-2和IFN-γ分泌,ELISPOT检测IFN-γ分泌细胞数。
验证MAGE-D4特异性T细胞对表观遗传药物处理的胶质瘤细胞的杀伤作用及其HLA依赖性。
将MAGE-D4肽特异性T细胞与DAC+TSA处理的U251或TSA处理的U87细胞共培养,通过CD107a流式、颗粒酶A和穿孔素ELISA及LDH释放试验检测细胞毒性;使用抗HLA-ABC抗体阻断后评估杀伤效率。
验证MAGE-D4特异性T细胞联合TSA对胶质瘤生长的抑制作用。
BALB/c裸鼠皮下接种U87细胞,成瘤后注射P8特异性T细胞及TSA,测量肿瘤体积,并通过免疫组化检测CD8+ T细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 地西他滨 | Sigma-Aldrich Corporation | A3656 |
| 丙戊酸 | Sigma-Aldrich Corporation | 99-66-1 | |
| 曲古抑菌素A | Sigma-Aldrich Corporation | 58880-19-6 | |
| 细胞培养 | 人重组白细胞介素-2 | R&D Systems | -- |
| 人重组白细胞介素-4 | R&D Systems | -- | |
| 人重组粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | R&D Systems | -- | |
| 肽段合成 | MAGE-D4肽段 | Wuhan Dangang Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 肽结合实验 | FITC标记的抗HLA-A2抗体(BB7.2) | BD Biosciences | -- |
| 流式细胞术 | FACS Calibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| qRT-PCR | SYBR Premix Ex Taq II试剂盒 | Takara | -- |
| ABI Prism 7900序列检测系统 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | 裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| MAGE-D4抗体 | -- | -- | |
| GAPDH抗体 | -- | -- | |
| ECL Western blot底物 | SolarBio | -- | |
| FluorChem HD2成像系统 | ProteinSimple | -- | |
| 焦磷酸测序 | DNA提取试剂盒 | Vazyme | -- |
| PyroMark Q96 ID焦磷酸测序平台 | Qiagen | -- | |
| 流式细胞术 | FACScan流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| T细胞分离 | EasySep人CD8+ T细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | 17953 |
| T细胞增殖 | 细胞计数试剂盒-8 | Beiltime Biotec | -- |
| CFSE实验 | 羧基荧光素琥珀酰亚胺酯 | -- | -- |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Cloud-Clone Corporation | -- |
| ELISPOT | 人IFN-γ预包被ELISPOT试剂盒 | Dakewe | -- |
| 细胞毒性实验 | 颗粒酶A ELISA试剂盒 | Cloud-Clone Corporation | -- |
| 穿孔素ELISA试剂盒 | Cloud-Clone Corporation | -- | |
| 乳酸脱氢酶试剂盒 | Promega | -- | |
| HLA阻断实验 | HLA-ABC抗体 | BD Biosciences | -- |
| 免疫组化 | CD8抗体(BS-0648R) | Bioss | BS-0648R |
| 辣根过氧化物酶标记IgG | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Olympus BX53显微镜 | Olympus | -- | |
| 图像分析 | Image-Pro Plus软件 | Media Cybernetics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 表观遗传药物处理 | 药物浓度、处理时间、药物组合顺序(U87:TSA 1 μM处理24 h;U251:DAC 1 μM处理120 h后TSA 1 μM处理24 h;DAC+TSA组合;对照组0.09% DMSO) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines, drugs and cytokines |
| 肽段筛选 | 预测程序(IEDB, netMHC, EPIJEN, SYFPEITHI)、肽段浓度(50 μg/ml)、T2细胞数(5×10^5)、孵育时间(18 h)、稳定性实验条件(肽50 μM,β2微球蛋白2.5 μg/ml) 阅读提示:Materials and methods: Prediction and synthesis of peptides, Peptide binding assay, Peptide/HLA-A2 complex stability assay |
| T细胞诱导 | DC与T细胞共培养比例(10:1)、共培养时间(72 h)、肽浓度(10 μg/ml)、IL-2浓度(20 ng/ml) 阅读提示:Materials and methods: T-cell stimulation, CCK-8, and CFSE lymphocyte proliferation assay |
| 体外细胞毒性实验 | 效靶比(50:1)、共培养时间(4 h)、HLA阻断抗体浓度(50 μg/ml)及孵育时间(40 min)、靶细胞处理(U87用TSA,U251用DAC+TSA) 阅读提示:Materials and methods: Assay for cytotoxicity and HLA block |
| 体内动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、性别(雌性)、周龄(4周)、U87细胞接种量(4×10^6)、TSA剂量(0.5 mg/kg)及给药途径(腹腔瘤周注射)、T细胞剂量(1×10^7)、肿瘤体积测量时间间隔(原文描述为“Every 54 days”,需核对原文,可能为每3-4天) 阅读提示:Materials and methods: In vivo xenograft tumor model |