鉴定SLC25差异表达成员
确定结肠癌中SLC25家族中转录水平差异表达的成员。
从TCGA-COAD获取RNA-seq数据,使用limma包比较结肠癌(n=473)和正常结肠(n=41)样本,筛选出37个DEMs(|log2FC|>1,p<0.05)。
An integrated bioinformatic investigation of mitochondrial solute carrier family 25 (SLC25) in colon cancer followed by preliminary validation of member 5 (SLC25A5) in tumorigenesis.
包含TCGA和GEO数据集的生物信息学分析、临床标本的免疫组化验证、以及细胞系中的功能实验(增殖、凋亡、信号通路)等多层级验证。
TCGA-COAD结肠癌数据集 GEO数据集(GSE17536、GSE39582) 结肠癌细胞系(HCT116、RKO) 结肠癌临床标本(组织微阵列)
SLC25A5在结肠癌中的表达水平(mRNA和蛋白)及与预后的关系 SLC25A5过表达对细胞增殖和凋亡的影响(CCK-8、集落形成、EdU、TUNEL) MAPK信号通路蛋白(p-MEK1/2、p-Erk1/2)的表达变化 免疫组化染色中CD8与SLC25A5的负相关(Spearman r = -0.27)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定结肠癌中SLC25家族中转录水平差异表达的成员。
从TCGA-COAD获取RNA-seq数据,使用limma包比较结肠癌(n=473)和正常结肠(n=41)样本,筛选出37个DEMs(|log2FC|>1,p<0.05)。
探索SLC25 DEMs的遗传变异及其与临床特征和预后的关联。
利用cBioPortal分析DNA突变、CNV和剪接事件;通过Kaplan-Meier曲线和Cox回归评估DEMs表达与生存的关系;使用Spearman相关分析DEMs之间的相关性。
构建基于SLC25 DEMs的风险评分模型以预测结肠癌患者预后。
使用LASSO回归筛选13个候选,再经多变量Cox回归确定8个DEMs构建风险评分模型,并在TCGA和GEO数据集(GSE17536、GSE39582)中验证。
验证SLC25A5和SLC25A24在结肠癌组织中的表达及其预后价值。
使用免疫组化染色评估79例手术和106例晚期患者的肿瘤和配对正常组织,并分析其与免疫细胞标志物(CD8、CD19等)的相关性。
明确SLC25A5对结肠癌细胞增殖和凋亡的影响及潜在机制。
在HCT116和RKO细胞中过表达SLC25A5,通过CCK-8、集落形成、EdU和TUNEL检测增殖和凋亡;Western blot检测MAPK通路蛋白和凋亡相关蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光定位 | COX IV抗体 | Abcam | ab202554 |
| 免疫组织化学 | SLC25A5抗体 | Bioss | bs-9567R |
| SLC25A24抗体 | Bioss | bs-21226R | |
| CD8抗体 | Servicebio | GB13068 | |
| MPO抗体 | Servicebio | GB11224 | |
| CD19抗体 | Servicebio | GB11061 | |
| CD68抗体 | Servicebio | GB13067-M-2 | |
| 山羊抗兔二抗 | Servicebio | GB23303 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HyClone | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| MycoAlert支原体检测试剂盒 | Lonza | LT07-218 | |
| RNA提取和RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimerScript RT预混试剂盒 | Takara Bio | -- | |
| TB Green Premix Ex Taq试剂盒 | Takara Bio | -- | |
| Western blot | SDS裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 增强化学发光检测试剂盒 | Tanon | -- | |
| SLC25A5抗体 | Cell Signaling | 14671 | |
| SLC25A24抗体 | Abcam | 221120 | |
| COX IV抗体 | Abcam | 202554 | |
| 磷酸化MEK1/2抗体 | Abcam | 178876 | |
| MEK1/2抗体 | Abcam | 278564 | |
| 磷酸化ERK1/2抗体 | Abcam | 201015 | |
| ERK1/2抗体 | Abcam | 184699 | |
| Caspase-1抗体 | Abcam | 207802 | |
| IL-1β抗体 | Abcam | 254360 | |
| IL-18抗体 | Abcam | 243091 | |
| Gasdermin D抗体 | Abcam | 219800 | |
| β-actin抗体 | Abcam | 4970 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling | 2118 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories | -- |
| EdU实验 | Yefluor 594 EdU成像试剂盒 | YEASEN Biotech | -- |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| TUNEL实验 | Alexa Fluor 640 TUNEL试剂盒 | YEASEN | -- |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1线粒体膜电位检测试剂盒 | YEASEN | -- |
| 细胞培养 | NCM460细胞系 | Cell Bank of the Chinese Academy of Sciences | -- |
| DLD1细胞系 | Cell Bank of the Chinese Academy of Sciences | -- | |
| HCT116细胞系 | Cell Bank of the Chinese Academy of Sciences | -- | |
| HCT8细胞系 | Cell Bank of the Chinese Academy of Sciences | -- | |
| HT29细胞系 | Cell Bank of the Chinese Academy of Sciences | -- | |
| RKO细胞系 | Cell Bank of the Chinese Academy of Sciences | -- | |
| SW480细胞系 | 文中未明确说明 | -- | |
| SW620细胞系 | 文中未明确说明 | -- | |
| 动物实验 | 佛波醇-12,13-二丁酸酯 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本验证 | 样本来源(中山东医院)、病例数(79例手术、106例晚期)、抗体浓度(1:100等)、评分方法(H-score) 阅读提示:Materials and methods - Immunofluorescent localization in cells and validation in a tissue microarray |
| 细胞培养和过表达 | 细胞系(NCM460、DLD1、HCT116、HCT8、HT29、RKO、SW480、SW620)、培养基(DMEM+10%FBS)、转染方法(慢病毒)、过表达质粒(CV061载体) 阅读提示:Materials and methods - Cell line culture, plasmid construction, lentivirus packaging, and cell transduction |
| 功能实验 | CCK-8:1000细胞/孔,检测每24小时;集落形成:1000细胞/孔,14天;EdU:4×10^4细胞/孔,24小时;TUNEL:1×10^4细胞/孔,24小时 阅读提示:Materials and methods - Cell counting kit-8 (CCK-8) assay, Colony formation assay, 5-Ethynyl-2′-deoxyuridine (EdU) assays, Terminal-deoxynucleotidyl transferase-mediated nick end labeling (TUNEL) assays |
| MAPK通路验证 | PDBu处理浓度(0.1μg)和时间(24小时);DMSO对照(0.1‰);检测p-MEK1/2和p-Erk1/2蛋白水平 阅读提示:Results - Validation of the GSEA results of SLC25A5 with respect to glycolysis, lipid metabolism, and cancer-related cell signaling pathways; Figure 8 |