GSDM家族基因变异与表达分析
评估GSDM基因在泛癌中的基因组改变和表达变化。
使用cBioPortal、TCGA和Xena等数据库分析GSDM基因的突变、拷贝数变异、表达差异和甲基化。
A pan-cancer analysis of molecular characteristics and oncogenic role of gasdermins.
研究主要依赖生物信息学分析,仅进行了少量体外实验验证(GSDME过表达对迁移侵袭的影响及免疫组化),缺乏体内和机制验证,实验完整度中等。
HCT116结肠癌细胞系 SW480结肠癌细胞系 结直肠癌患者组织样本(16例) TCGA泛癌队列
GSDME过表达载体(phU6-EGFP-GSDME)转染HCT116和SW480细胞 Transwell实验:迁移实验每孔2.5×10^4细胞,侵袭实验每孔5×10^4细胞,培养48小时 划痕实验:划痕后无血清培养72小时 免疫组化:GSDME抗体(1:200),CD34抗体(1:800) 结直肠癌组织样本:16例,来自2020年12月至2021年1月手术患者
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估GSDM基因在泛癌中的基因组改变和表达变化。
使用cBioPortal、TCGA和Xena等数据库分析GSDM基因的突变、拷贝数变异、表达差异和甲基化。
探究GSDM基因表达与癌症相关通路、药物敏感性、生存、免疫微环境和干性的关联。
使用GSCALite、CellMiner、BioGRID等数据库进行通路关联、药物敏感性、生存分析、免疫评分和干性评分分析。
识别与结直肠癌中GSDM基因相关的基因集及潜在功能。
利用CCLE数据计算与GSDM基因表达显著相关的基因,并进行Venn图和GO富集分析。
验证GSDME在结直肠癌细胞迁移和侵袭中的功能。
在HCT116和SW480细胞中稳定过表达GSDME,通过Transwell和划痕实验评估迁移和侵袭能力。
验证GSDME表达与结直肠癌血管生成的关系。
使用GEPIA和CCLE分析GSDME与内皮标记物和VEGF的相关性;通过免疫组化检测16例结直肠癌组织中GSDME表达和微血管密度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | BI-USA | -- |
| 胎牛血清 | LONSERA | -- | |
| 细胞转染 | phU6-EGFP-GSDME慢病毒载体 | GeneChem | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| PVDF膜 | Invitrogen | -- | |
| GSDME抗体 | Abcam | ab215191 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG | Bioss | bs-0295G | |
| ECL检测试剂 | Minipore | -- | |
| Transwell实验 | Boyden小室 | Corning | -- |
| 基质胶 | BD | -- | |
| 免疫组化 | GSDME抗体 | Abcam | ab215191 |
| CD34抗体 | Proteintech | 14486-1-AP | |
| HRP标记的山羊二抗 | ZSGB-Bio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HCT116和SW480细胞系,DMEM培养基含9% FBS,5% CO2,37°C 阅读提示:Methods: Cell cultures and lentiviral vectors and transfection |
| 细胞转染 | phU6-EGFP-GSDME慢病毒载体及其对照,转染按制造商说明 阅读提示:Methods: Cell cultures and lentiviral vectors and transfection |
| Western blot | 抗体:GSDME(1:500)、GAPDH(1:5000)、二抗(1:5000) 阅读提示:Methods: Western blot assay |
| 划痕实验 | 细胞培养至95-100%融合,划痕,无血清培养72小时,三次重复 阅读提示:Methods: Wound-healing assays |
| Transwell实验 | 迁移实验2.5×10^4细胞,侵袭实验5×10^4细胞,预包被60 μL Matrigel,培养48小时,三次重复 阅读提示:Methods: Transwell assays |
| 免疫组化 | 16例结直肠癌组织,GSDME(1:200)、CD34(1:800),染色强度和阳性细胞百分比评分 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry |