建立Tgfbr2cko小鼠模型
在牙髓间充质中条件性删除Tgfbr2,以研究其在牙齿发育中的作用。
使用Osterix-Cre介导的Tgfbr2条件性敲除,获得Tgfbr2cko小鼠,通过H&E染色观察牙齿表型。
Tgfbr2 in Dental Pulp Cells Guides Neurite Outgrowth in Developing Teeth.
包含体内敲除模型(Tgfbr2cko)与体外DPC-TGN共培养,结合RNA-Seq、蛋白质组学及免疫荧光验证,功能验证与机制验证并存。
Tgfbr2cko小鼠(Osterix-Cre介导的牙髓间充质Tgfbr2条件性敲除) 原代牙髓细胞(DPCs)与三叉神经元(TGN)共培养模型 Thy1-YFP转基因小鼠来源的三叉神经节细胞
小鼠模型:Osterix-Cre介导的Tgfbr2条件性敲除(Tgfbr2cko) 共培养条件:Transwell滤膜孔径3 μm,DPCs与TGN共培养5天 Tgfbr2敲除方法:腺病毒Ad-Cre-GFP感染DPCs 神经元标记:β3微管蛋白(β3T)免疫荧光及Thy1-YFP 神经突生长定量:共聚焦z-stack最大投影,FIJI自动阈值像素定量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在牙髓间充质中条件性删除Tgfbr2,以研究其在牙齿发育中的作用。
使用Osterix-Cre介导的Tgfbr2条件性敲除,获得Tgfbr2cko小鼠,通过H&E染色观察牙齿表型。
验证Cre重组酶表达仅限于间充质谱系,排除在神经元中的非预期活性。
将Osterix-Cre与ROSA26-mTmG报告小鼠杂交,通过共聚焦显微镜检测GFP和tdTomato表达,并与β3T免疫荧光共定位。
比较Tgfbr2cko和对照小鼠磨牙中神经纤维覆盖情况。
对P7和P24的第一磨牙进行β3T免疫荧光染色,共聚焦成像并定量像素密度。
排除血管变化的干扰,确认神经减少是特异性的。
通过CD31免疫荧光(P7)和IHC(P24-27)检测血管结构,并定量。
全基因组分析Tgfbr2缺失引起的基因表达变化,特别是与神经元和矿化相关的通路。
从P7小鼠M1s提取牙髓RNA,进行RNA-Seq,并进行差异表达和基因本体分析。
验证RNA-Seq中选定基因的表达变化。
使用TaqMan探针进行qPCR,检测选定基因的表达。
直接测试牙髓细胞中的Tgfbr2是否通过旁分泌信号调节神经突生长。
将三叉神经元种植在Transwell滤膜上,下方培养原代DPCs,通过腺病毒敲除Tgfbr2,检测轴突发芽。
检测共培养培养基中的分泌蛋白,寻找Tgfbr2调控的神经导向因子。
收集共培养和单独培养的DPCs培养基,进行蛋白质组学分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织切片制备 | OCT包埋剂 | -- | -- |
| 组织切片 | 冰冻切片机 | Leica Biosystems | -- |
| 免疫荧光封闭 | 鼠源阻断血清 | Vector Laboratories | MKB-2213-1 |
| 免疫荧光一抗 | 小鼠抗β3微管蛋白抗体 | R&D Systems | MAB1195 |
| 兔抗Sema3a抗体 | Abcam | ab199475 | |
| 兔抗Myopalladin抗体 | Bioss | Bs-10366 | |
| 大鼠抗CD31 Alexafluor 647直标抗体 | Biolegend | 102516 | |
| 免疫荧光二抗 | 山羊抗小鼠IgG | Invitrogen | -- |
| 山羊抗兔IgG | Invitrogen | -- | |
| 细胞核染色 | DAPI | Thermo Scientific | -- |
| 图像分析 | FIJI软件 | -- | -- |
| 免疫组化 | 脱钙液 | StatLab | -- |
| 免疫组化抗原修复 | 柠檬酸盐缓冲液 | Dako | S1699 |
| 免疫组化 | 自动染色仪 | Thermo Scientific | -- |
| 免疫组化一抗 | 兔抗CD31抗体 | Abcam | ab281583 |
| 免疫组化二抗 | 驴抗兔IgG | Jackson Immunoresearch | 711-065-152 |
| 免疫组化 | VECTASTAIN Elite ABC-HRP过氧化物酶试剂 | Vector Laboratories | PK-7100 |
| 免疫组化显色 | DAB显色剂 | Dako | K3468 |
| 免疫组化成像 | Lionheart LX显微镜 | BioTek | -- |
| RNA提取 | 裂解缓冲液 | Qiagen | 79216 |
| 柱式RNA提取试剂盒 | Zymo Research | R2070 | |
| RNA质量分析 | BioAnalyzer RNA 6000 Pico试剂盒 | Agilent | 5067-1513 |
| RNA定量 | Qubit RNA HS检测试剂盒 | Invitrogen | Q32852 |
| RNA测序 | SMAR-seq HT试剂盒 | Clonetech | 634437 |
| Nextera XT DNA文库制备试剂盒 | Illumina | 15031942 | |
| Illumina NovaSeq SP流动槽 | Illumina | -- | |
| qPCR | TaqMan预扩增预混试剂盒 | ThermoFisher | 4384557B |
| High Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Life Technologies | 4374967 | |
| TaqMan预扩增预混液 | ThermoFisher | 4391128 | |
| QuantStudio 12K Flex实时荧光定量PCR系统 | ThermoFisher | -- | |
| 细胞培养 | α-MEM培养基 | Gibco | 12571063 |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25030-081 | |
| 病毒感染 | 聚凝胺 | Millipore | TR-1003-G |
| 细胞核标记 | NuncBlue核染料 | Invitrogen | 2272577 |
| 细胞消化 | II型胶原酶 | Fisher | 17101015 |
| II型胰蛋白酶 | Sigma | T-7409 | |
| Transwell培养 | Transwell小室 | Greiner Thincerts | 19380216 |
| 层粘连蛋白 | Sigma | L2020 | |
| 有丝分裂抑制 | 尿苷 | Sigma | BCCC 2099 |
| 5-氟-2'-脱氧尿苷 | Sigma | SLCB5571 | |
| 免疫荧光 | 小鼠抗DSPP抗体 | Santa Cruz | sc-73632 |
| 免疫荧光二抗 | 山羊抗小鼠二抗 | Invitrogen | -- |
| 神经突生长染色 | 鸡抗GFP一抗 | Aves Lab | GFP-1010 |
| Alexa-546标记的抗鸡IgY二抗 | Invitrogen | A32931 | |
| 蛋白质组学 | 白蛋白去除柱 | Genway | GWB-BSAIGY |
| 胰蛋白酶Gold | Promega | V5280 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系:Osterix-Cre; Tgfbr2f/f (Tgfbr2cko),对照组Osterix-Cre;遗传背景、年龄和性别匹配 阅读提示:Materials and Methods - Mice |
| Tgfbr2敲除验证 | 确认Cre活性仅限于牙髓间充质,排除神经元中的表达 阅读提示:Results - Tgfbr2 Deletion is Isolated to the DP Mesenchyme |
| 免疫荧光定量 | β3T抗体浓度(1:100)、固定和切片条件、z-stack厚度(10 μm)、像素定量方法 阅读提示:Materials and Methods - Imaging of DP Structures; Figure 2 legend |
| RNA-Seq | RNA质量(RIN > 7)、样本数(每组4个)、差异表达阈值(±1.5倍,p < 0.05)、参考基因组版本 阅读提示:Materials and Methods - mRNA-Sequence Analysis |
| 共培养实验 | DPCs来源(P5-8 Tgfbr2f/f)、腺病毒滴度、感染时间(48 h)、神经元来源(6周龄Thy1-YFP小鼠)、滤膜孔径(3 μm)、共培养时间(5天) 阅读提示:Materials and Methods - Co-Culture of TGNs and Primary DPCs |
| 蛋白质组学 | 样本类型(共培养、DPC单独培养)、蛋白上样量(40 μg)、重复数(4) 阅读提示:Materials and Methods - Proteomics Analysis on Co-Culture Media |