泛癌表达谱分析
描述PLK1在不同癌症组织和正常组织中的表达模式。
整合TCGA、GTEx、CCLE和HCL数据库,分析PLK1在多种癌症组织、细胞系和正常组织中的表达水平。
Pan-Cancer Transcriptomic Analysis Identifies PLK1 Crucial for the Tumorigenesis of Clear Cell Renal Cell Carcinoma.
该研究包含数据库分析、临床样本验证及体外功能实验(qRT-PCR、Western blot、CCK-8、EdU、划痕、Transwell、细胞周期)和机制初步验证。但缺乏体内实验及更深入的机制验证。
肾透明细胞癌组织样本(CPTAC队列及本中心队列) 肾透明细胞癌细胞系786-O和ACHN 肾透明细胞癌细胞系Caki-1和769-P
PLK1表达水平:qRT-PCR和Western blot验证 siRNA敲低效率:si-PLK1在786-O和ACHN细胞中的效果确认 细胞增殖检测:CCK-8和EdU实验 细胞迁移和侵袭:划痕实验和Transwell实验 细胞周期分析:PI染色和流式细胞术
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描述PLK1在不同癌症组织和正常组织中的表达模式。
整合TCGA、GTEx、CCLE和HCL数据库,分析PLK1在多种癌症组织、细胞系和正常组织中的表达水平。
评估PLK1表达与患者预后、免疫浸润和免疫检查点基因的相关性。
利用Cox回归和Kaplan-Meier生存分析评估PLK1表达对OS和DSS的影响;使用TIMER和ESTIMATE算法分析免疫浸润;分析PLK1表达与47个ICG的相关性。
探讨PLK1表达与基因组稳定性指标的相关性。
分析PLK1表达与TMB、MSI、五基因MMR状态和四种DNMT表达的相关性。
验证PLK1在ccRCC组织和细胞系中的高表达。
在CPTAC队列(103例)和本中心队列(32对癌与癌旁组织)中检测PLK1表达;在四种KIRC细胞系(Caki-1、769-P、786-O、ACHN)和正常上皮细胞HK-2中检测PLK1表达。
确定敲低PLK1对ccRCC细胞功能的影响。
利用siRNA敲低786-O和ACHN细胞中PLK1,通过CCK-8、EdU、划痕和Transwell实验评估细胞增殖、迁移和侵袭能力。
探索PLK1参与ccRCC细胞周期调控的机制。
通过通路富集分析发现细胞周期通路富集;敲低PLK1后检测细胞周期分布和FOXM1、cyclin B1、aurora B的蛋白水平;进一步敲低FOXM1验证其对细胞周期和相关蛋白的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Thermo Scientific | -- |
| DMEM培养基 | Thermo Scientific | -- | |
| McCoy's 5A培养基 | Thermo Scientific | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Scientific | -- | |
| 抗生素 | Thermo Scientific | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Scientific | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Thermo Scientific | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | -- |
| SYBR Green qPCR试剂盒 | Takara | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| PLK1抗体 | Proteintech | 10305-1-AP | |
| FOXM1抗体 | Bioss | bs-21487R | |
| Cyclin B1抗体 | Proteintech | 28603-1-AP | |
| Aurora B抗体 | Bioss | bs-2445R | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG抗体 | Proteintech | -- | |
| ECL化学发光系统 | Beyotime | -- | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | -- |
| EdU实验 | Cell-Light EdU Apollo 567 体外成像试剂盒 | Ribobio | -- |
| Transwell实验 | 基质胶 | Becton, Dickinson and Company | -- |
| Transwell小室 | Millipore | -- | |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | Sigma-Aldrich | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本验证 | 样本来源、配对组织数量(32对)、PLK1表达检测方法(qRT-PCR、Western blot)、临床分期信息 阅读提示:见Materials and Methods中Data Collection and Clinical Samples;Results中PLK1 is Over-Expressed in KIRC Tissue and Promotes KIRC Cell Proliferation, Migration, And Invasion。 |
| 细胞培养 | 细胞系名称(786-O、769-P、ACHN、Caki-1、HK-2)、培养基类型(RPMI-1640、DMEM、McCoy's 5A)、FBS浓度(10%)、抗生素浓度(1%)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:见Materials and Methods中Cell Culture。 |
| siRNA转染 | siRNA序列(文中未明确说明)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、细胞密度(50%)、转染后收集时间(48-72h) 阅读提示:见Materials and Methods中Plasmid Construction and Transfection。 |
| 细胞增殖、迁移和侵袭实验 | CCK-8实验细胞数(2000-3000)、检测时间点(0h、24h、48h、72h、96h)、EdU细胞数(1×10^5)、划痕实验细胞密度(95%-100%)、Transwell细胞数(2-4×10^5)、Matrigel浓度(100μL Matrigel加入900μL无血清培养基) 阅读提示:见Materials and Methods中Cell Counting Kit-8 (CCK-8) Assay, EdU Assay, Cell Scratch Assay, Transwell Assay。 |
| 细胞周期分析 | PI染色浓度(40%)、乙醇固定浓度(75%)、流式细胞仪(FACS Calibur)、数据分析软件(Flowjo 10.6.2) 阅读提示:见Materials and Methods中Cell Cycle Analysis。 |