临床样本中G6PD、Cyclin E1和MMP9的表达检测
验证G6PD、Cyclin E1和MMP9在ccRCC组织中的表达水平及其临床相关性。
收集20对ccRCC肿瘤组织和配对癌旁正常组织,使用qRT-PCR、Western blot和免疫组化检测三种蛋白的表达。
G6PD upregulates Cyclin E1 and MMP9 to promote clear cell renal cell carcinoma progression.
包含临床样本检测、TCGA数据分析、细胞功能实验(增殖、迁移)及体内异种移植模型验证,并涉及机制验证(siRNA和抑制剂干预)。
人ccRCC肿瘤组织及配对癌旁组织(20对) 786-O、ACHN和Caki-1肾癌细胞系 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
G6PD过表达或敲低的稳定细胞系构建(ACHN-G6PDOE, Caki-1-G6PDsi) Cyclin E1 siRNA转染与MMP9抑制剂JNJ0966处理(10 μM,24小时) qRT-PCR和Western blot检测G6PD、Cyclin E1和MMP9表达 细胞周期分析和MTS增殖实验 伤口愈合和Transwell迁移实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证G6PD、Cyclin E1和MMP9在ccRCC组织中的表达水平及其临床相关性。
收集20对ccRCC肿瘤组织和配对癌旁正常组织,使用qRT-PCR、Western blot和免疫组化检测三种蛋白的表达。
在大型队列中验证Cyclin D1, E1和MMP9的表达差异、与G6PD的相关性以及对预后的影响。
从TCGA获取535例ccRCC和72例正常肾组织的转录组数据,分析基因表达差异、与临床病理参数的相关性、与G6PD的相关性以及生存分析。
建立体外模型以研究G6PD对Cyclin E1和MMP9表达的调控作用。
在ACHN和786-O细胞中过表达G6PD,在Caki-1和786-O细胞中敲低G6PD,通过质粒转染和抗生素筛选获得稳定细胞系。
确认G6PD是否调控Cyclin E1和MMP9的表达和活性。
在稳定细胞系中,通过qRT-PCR和Western blot检测Cyclin E1和MMP9的表达,并使用MMP9活性试剂盒检测其活性。
评估G6PD对细胞周期和增殖的影响。
通过PI染色流式细胞术分析细胞周期分布,通过MTS实验检测细胞增殖能力。
评估G6PD对细胞迁移能力的影响。
采用伤口愈合和Transwell实验检测G6PD过表达或敲低对细胞迁移的影响。
证实Cyclin E1和MMP9是G6PD介导的增殖和迁移所必需。
在Caki-1和ACHN-G6PDOE细胞中转染Cyclin E1 siRNA或使用MMP9抑制剂JNJ0966处理,随后检测细胞周期、增殖和迁移能力的变化。
在体内验证G6PD通过上调Cyclin E1和MMP9促进ccRCC肿瘤生长。
将稳定转染的ACHN-G6PDOE、Caki-1-G6PDsi及对照细胞皮下注射到裸鼠体内,监测肿瘤生长,并检测肿瘤组织中G6PD、Cyclin E1和MMP9的表达及MMP9活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 通用二步法检测试剂盒 | ZSGB-BIO | PV-9000 |
| DAB显色试剂盒 | MXB Biotechnology | DAB-2031 | |
| G6PD抗体 | Abcam | ab133525 | |
| Cyclin E1抗体(免疫组化) | Bioss | bsm-52048R | |
| MMP9抗体 | Abcam | ab76003 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | GIBCO | 1195500 |
| 胎牛血清 | GIBCO | 10099141 | |
| 胰蛋白酶 | GIBCO | 25200072 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| G418 | -- | -- | |
| RNA提取与qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596-018 |
| Thermo逆转录试剂盒 | Thermo | K1622 | |
| SYBR Green qPCR预混液 | Roche | 04913850001 | |
| Western blot | RIPA蛋白裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂 | -- | -- | |
| G6PD抗体 | Abcam | ab133525 | |
| Cyclin D1抗体 | Abcam | ab16663 | |
| Cyclin E1抗体 | Abcam | ab33911 | |
| MMP9抗体 | Abcam | ab76003 | |
| β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Santa Cruz Biotechnology | sc2004 | |
| 山羊抗小鼠IgG二抗 | Santa Cruz Biotechnology | sc2005 | |
| 细胞增殖 | MTS试剂 | Promega | CTB169 |
| 细胞周期 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| PARTEC CyFlow Space流式细胞仪 | PARTEC | -- | |
| 迁移抑制 | JNJ0966 (MMP9抑制剂) | Selleck | S5696 |
| MMP9活性检测 | MMP9活性检测试剂盒(细胞) | Genmed | GMS50088.1 |
| MMP9活性检测试剂盒(组织) | Genmed | GMS50088.2 | |
| 细胞转染 | 对照siRNA | Ribobio | -- |
| 靶向Cyclin E1的siRNA | Ribobio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本检测 | 样本数量(20对)、组织来源(ccRCC及配对癌旁)、免疫组化评分标准(强度×百分比,>4为高表达) 阅读提示:Materials and Methods: Human specimens and IHC analysis |
| 稳定细胞系构建 | 细胞系(ACHN, Caki-1)、转染质粒(pBABE-puro-G6PD, pSR-GFP/Neo-G6PD shRNA)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、筛选药物浓度和时间(嘌呤霉素0.5 μg/ml 3周,G418 1000 μg/ml 3周) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and stable cell construction |
| 体外功能实验 | MTS实验细胞密度(1×10^4/孔)、MTS孵育时间(2h)和检测波长(490nm);细胞周期实验同步化条件(0.2% FBS 24h,10% FBS 24h);迁移实验细胞数(1×10^5)和孵育时间(24h) 阅读提示:Materials and Methods: Cell cycle and proliferation assay; Wound healing and Transwell assay |
| 机制干预 | Cyclin E1 siRNA转染浓度(10 nM)和转染时间(48h);MMP9抑制剂JNJ0966浓度(10 μM)和处理时间(24h) 阅读提示:Materials and Methods: Wound healing and Transwell assay; Results section 6 |
| 体内异种移植 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(6周)、细胞注射量(1×10^6)、肿瘤测量公式((length × width^2) × 0.5) 阅读提示:Materials and Methods: Mice model |
| MMP9活性检测 | 试剂盒类型(GMS50088.1细胞,GMS50088.2组织)、检测波长(OD 420nm)、温度(37°C) 阅读提示:Materials and Methods: MMP9 activity assay |