检测circ-BIRC6在膀胱癌细胞系中的表达
评估circ-BIRC6在膀胱癌细胞系中的表达水平,以确定其临床相关性。
使用RT-qPCR检测SW780、T24、J82、5637和SV-HUC-1中circ-BIRC6的表达。
Silencing circ‑BIRC6 inhibits the proliferation, invasion, migration and epithelial‑mesenchymal transition of bladder cancer cells by targeting the miR‑495‑3p/XBP1 signaling axis.
研究包含BC细胞系体外功能实验(增殖、侵袭、迁移、EMT)、双荧光素酶报告实验验证ceRNA机制、裸鼠异种移植体内实验及免疫组化和Western blot等蛋白验证。
膀胱癌细胞系T24 SV-HUC-1人永生化尿路上皮细胞系 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型
以T24细胞为体外模型,SW780、J82、5637和SV-HUC-1用于表达分析。 使用sh-circ-BIRC6#1进行敲低,转染miR-495-3p inhibitor(50 nM)进行拯救。 荷瘤实验每组3只BALB/c裸鼠,皮下注射5×10^6细胞。 体内实验分组包括sh-NC、sh-circ-BIRC6#1、sh-circ-BIRC6#1+NC inhibitor和sh-circ-BIRC6#1+miR-495-3p inhibitor。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估circ-BIRC6在膀胱癌细胞系中的表达水平,以确定其临床相关性。
使用RT-qPCR检测SW780、T24、J82、5637和SV-HUC-1中circ-BIRC6的表达。
在T24细胞中敲低circ-BIRC6,以研究其功能。
使用sh-circ-BIRC6#1或#2转染T24细胞,通过RT-qPCR验证敲低效率,选择敲低效率更高的sh-circ-BIRC6#1进行后续实验。
评估circ-BIRC6敲低对膀胱癌细胞增殖、侵袭、迁移和EMT的影响。
对sh-NC和sh-circ-BIRC6#1组进行CCK-8、集落形成、Transwell、伤口愈合实验和Western blot检测EMT蛋白。
验证circ-BIRC6是否直接结合并海绵化miR-495-3p。
使用StarBase预测结合位点,双荧光素酶报告实验验证circ-BIRC6 WT/MUT与miR-495-3p的结合。检测miR-495-3p在BC细胞系中的表达,以及circ-BIRC6敲低后对miR-495-3p表达的影响。
验证miR-495-3p介导circ-BIRC6敲低对膀胱癌细胞功能的影响。
在sh-circ-BIRC6#1基础上共转染miR-495-3p inhibitor,检测细胞增殖、侵袭、迁移和EMT蛋白表达。
验证XBP1是miR-495-3p的直接靶基因。
双荧光素酶报告实验验证XBP1 WT/MUT与miR-495-3p的结合;检测BC细胞系中XBP1的mRNA和蛋白表达。
评估circ-BIRC6敲低及其与miR-495-3p inhibitor共转染对肿瘤生长和EMT的影响。
将T24细胞(sh-NC、sh-circ-BIRC6#1、sh-circ-BIRC6#1+NC inhibitor、sh-circ-BIRC6#1+miR-495-3p inhibitor)皮下注射到裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并通过免疫组化和Western blot检测Ki-67、XBP1和EMT蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Shanghai Yeasen Biotechnology Co. Ltd. | -- |
| Transwell实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 双荧光素酶报告实验 | pmirGLO双荧光素酶报告载体 | Promega Corporation | -- |
| 双荧光素酶报告实验试剂盒 | Promega Corporation | -- | |
| 免疫荧光 | Ki-67抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 11882S |
| DyLight 488偶联二抗 | Abcam | ab96899 | |
| DAPI染色液 | Roche Diagnostics | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| HiScript II逆转录酶 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | -- | |
| SYBR Select预混液 | Tiangen Biotech Co., Ltd. | -- | |
| ABI 7300实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | -- | |
| PVDF膜 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| ECL发光试剂 | MilliporeSigma | -- | |
| E-cadherin抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 3195T | |
| N-cadherin抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 13116T | |
| Vimentin抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 5741T | |
| Snail抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 3879T | |
| XBP1s/u抗体 | Bioss | bs-1668R | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 5174T | |
| 免疫组织化学 | Ki-67一抗 | Cell Signaling Technology, Inc. | 9027T |
| HRP偶联抗兔IgG二抗 | Abcam | ab181658 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0 | GraphPad Software, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | BC细胞系:SW780、T24、J82、5637以及SV-HUC-1;培养条件:DMEM或RPMI-1640,添加10% FBS,37°C、5% CO2 阅读提示:Materials and methods中的Cell lines and culture部分 |
| 细胞转染 | 转染试剂:Lipofectamine 2000;转染效率验证:转染后48h RT-qPCR;药物处理条件:sh-circ-BIRC6#1、miR-495-3p inhibitor(50nM) 阅读提示:Materials and methods中的Cell transfection部分 |
| 体外功能实验 | CCK-8:5×10^3细胞/孔,24/48/72h;集落形成:500细胞/孔,7-10天;Transwell:2×10^5细胞/孔,基质胶包被,24h;伤口愈合:5×10^5细胞/孔,刮擦后24h 阅读提示:Materials and methods中的Proliferation、Colony formation、Transwell、Wound healing部分 |
| 分子机制验证 | 双荧光素酶报告:pmirGLO载体,共转染miR-495-3p mimic,48h后检测;RT-qPCR引物序列;Western blot抗体浓度 阅读提示:Materials and methods中的Dual luciferase reporter assay、RT-qPCR、Western blotting部分 |
| 体内异种移植 | 动物品系:BALB/c裸鼠,5-6周龄,每组3只;注射细胞量:5×10^6细胞/只;观察时间:3周;肿瘤体积测量:每3天记录;处死方式:戊巴比妥100mg/kg 阅读提示:Materials and methods中的In vivo xenograft experiments部分 |