临床样本分析
检测CHSY1在胃癌组织和癌旁组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关联。
对86例胃癌肿瘤组织和124例癌旁组织进行免疫组织化学染色,评估CHSY1表达水平;结合TCGA数据库数据分析CHSY1表达;进行Kaplan-Meier生存分析和相关性分析。
CHSY1 is upregulated and acts as tumor promotor in gastric cancer through regulating cell proliferation, apoptosis, and migration.
包含临床组织样本IHC分析、TCGA数据挖掘、体外细胞功能实验(增殖、凋亡、迁移)及体内小鼠异种移植模型,并涉及功能验证和初步机制探索。
胃癌细胞系AGS和MGC-803 小鼠异种移植模型(MGC-803细胞皮下注射) 胃癌患者组织样本(86例肿瘤和124例癌旁组织)
CHSY1在胃癌组织中的表达上调及与预后的关系(IHC和TCGA分析) CHSY1敲低对AGS和MGC-803细胞增殖、集落形成、凋亡和迁移的影响 CHSY1敲低对EMT相关蛋白(N-cadherin、Vimentin、Snail)及Akt、p-Akt、Cyclin D1、PIK3CA表达的影响 CHSY1敲低对体内肿瘤生长的影响(肿瘤体积、重量和Ki-67表达)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测CHSY1在胃癌组织和癌旁组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关联。
对86例胃癌肿瘤组织和124例癌旁组织进行免疫组织化学染色,评估CHSY1表达水平;结合TCGA数据库数据分析CHSY1表达;进行Kaplan-Meier生存分析和相关性分析。
构建CHSY1敲低的胃癌细胞模型,并验证敲低效率。
使用慢病毒载体在AGS和MGC-803细胞中转入靶向CHSY1的shRNA(shCHSY-1、shCHSY-2、shCHSY-3),通过qPCR和Western blot检测CHSY1 mRNA和蛋白水平,选择敲低效率较高的shCHSY-1和shCHSY-3进行后续实验。
评估CHSY1敲低对胃癌细胞增殖、集落形成、凋亡和迁移的影响。
通过Celigo细胞计数、MTT实验、集落形成实验、流式细胞术(Annexin V-APC染色)和伤口愈合实验检测敲低CHSY1对细胞增殖、集落形成、凋亡和迁移的影响。同时,使用Human Apoptosis Antibody Array筛选凋亡相关蛋白变化。
验证CHSY1恢复表达能否逆转敲低引起的表型变化。
在CHSY1敲低的MGC-803细胞中过表达CHSY1,检测细胞增殖抑制率。
验证CHSY1敲低在体内对胃癌肿瘤生长的影响。
将敲低CHSY1的MGC-803细胞皮下注射到裸鼠,定期测量肿瘤体积和重量,并通过活体荧光成像和Ki-67免疫组化分析评估肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM-H培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 蛋白质检测 | CHSY1抗体 | Biorbyt | orb126811 |
| p-Akt抗体 | Bioss | bs-5193 r | |
| GAPDH抗体 | Bioworld | AP0063 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG | Beyotime | A0208 | |
| Ki-67抗体 | Abcam | Ab16667 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab18203 | |
| MAPK9抗体 | Abcam | ab76125 | |
| PIK3CA抗体 | Abcam | ab40776 | |
| 山羊抗兔IgG H&L(HRP) | Abcam | ab6721 | |
| 波形蛋白抗体 | CST | 3932 | |
| Snail抗体 | CST | 3879S | |
| Cyclin D1抗体 | CST | 2978 | |
| Akt抗体 | CST | 4685 | |
| 质粒构建与转染 | 无内毒素质粒大提试剂盒 | Tiangen | -- |
| Thermo Nanodrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成 | Promega M-MLV逆转录试剂盒 | Promega | -- |
| 实时荧光定量PCR | Vazyme SYBR Green预混液试剂盒 | Vazyme | -- |
| Biosystems 7500序列检测系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白质提取与定量 | RIPA裂解液 | Millipore | -- |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | HyClone-Pierce | -- |
| 蛋白质检测 | 增强化学发光 | Amersham | -- |
| 细胞增殖检测 | Celigo图像细胞仪 | Nexcelom Bioscience | -- |
| MTT试剂 | GenView | -- | |
| 二甲基亚砜 | Shanghai ShiYi Co., Ltd. | -- | |
| Thermo Fisher酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-APC试剂 | eBioscience | -- |
| FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 人凋亡抗体芯片 | R&D Systems | -- | |
| 动物实验 | IVIS Spectrum成像系统 | Perkin Elmer | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本IHC分析 | CHSY1抗体稀释比例(1:300),IHC评分标准(染色强度与百分比),样本量(86例肿瘤、124例癌旁组织),分组依据(中位数) 阅读提示:Materials and Methods 中 Immunohistochemistry (IHC) and Ki-67 immunostaining 部分,Figure 1 图注 |
| 细胞培养 | 细胞系(MGC-803使用DMEM-H,BGC-823和AGS使用RPMI-1640),培养基添加10% FBS,培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods 中 Cell culture, antibodies, and mice 部分 |
| 基因敲低与过表达 | shRNA序列(shCHSY-1: GCACAAAGAACCCAAAGATAA,shCHSY-2: TGAGAATTACGAGCAGAACAA,shCHSY-3: GCAAATACAGCAACACAGAAA),感染条件(40 μL 1×10^8 TU/mL,ENI.S和Polybrene添加剂,培养72小时) 阅读提示:Materials and Methods 中 Plasmid constructs and cell transfection 部分 |
| 细胞功能实验 | 细胞接种密度(Celigo 1000细胞/孔,MTT 2000细胞/孔,集落形成1000细胞/孔,凋亡1×10^3细胞/孔,伤口愈合5×10^5细胞/孔),培养时间,MTT浓度(5 mg/mL),Annexin V-APC用量(10 μL) 阅读提示:Materials and Methods 中 Celigo cell counting assay、MTT assay、Cell apoptosis、Colony formation assay、Wound-healing assay 部分 |
| 体内动物实验 | 动物品系(4周龄雌性BALB/c裸鼠),细胞注射量(0.2 mL,2×10^7细胞/mL),每组5只,肿瘤体积公式(0.5 × L × W^2),麻醉剂量(0.7%戊巴比妥钠,10 μL/g) 阅读提示:Materials and Methods 中 Animal experiments and fluorescence imaging 部分 |