ADORA1是甲状腺乳头状癌的诊断相关生物标志物并与免疫浸润相关

ADORA1 is a diagnostic-related biomarker and correlated with immune infiltrates in papillary thyroid carcinoma.

作者信息Xu Lin, Zhi-Yong Wang, Gang Xue, Xiao-Jing Qin, Jing-Fang Wu, Geng Zhang
PMID34093805
期刊J Cancer
发布时间2021-05-13
DOI10.7150/jca.50743

实验完整度

基于TCGA等多种数据库的生物信息学分析和组织芯片免疫组化验证,缺乏功能实验。

主要模型

甲状腺乳头状癌组织芯片(58例配对样本) TCGA甲状腺癌队列(512例肿瘤样本)

重点核对

ADORA1在PTC中表达水平是否显著高于正常组织(TCGA和Oncomine数据) ADORA1表达与临床病理特征(病理分期、淋巴结转移)的相关性 ADORA1表达与免疫细胞浸润和免疫标志物的相关性 ADORA1高表达与JW-55药物敏感性的关联

摘要

背景:腺苷A1受体(ADORA1)是一种与恶性肿瘤免疫调节过程特别相关的腺苷受体。越来越多的证据表明,ADORA1的失调性过表达可促进多种类型的肿瘤发生。然而,ADORA1在甲状腺乳头状癌中的表达、预后价值及机制尚未见报道。方法:本研究使用了TCGA、ONCOMINE、UALCAN、cBioPortal、GeneMANIA、LinkedOmics、TIMER、GSCALite、TISIDB和EPIC等工具。结果:与癌旁组织相比,ADORA1在甲状腺乳头状癌中过表达。且ADORA1与甲状腺乳头状癌的淋巴结转移及病理分期呈正相关。ADORA1对甲状腺乳头状癌具有诊断和预后价值。ADORA1共表达基因的功能主要富集在免疫应答、免疫应答调节信号通路、白细胞活化调节和癌症相关通路。此外,ADORA1的表达与甲状腺乳头状癌中的肿瘤浸润细胞和免疫生物标志物显著相关。最后,ADORA1的高表达对JW-55药物敏感。结论:ADORA1是甲状腺乳头状癌的诊断和预后生物标志物。ADORA1的表达与甲状腺乳头状癌中的多种免疫调节因子呈正相关。关键词:甲状腺乳头状癌,ADORA1,免疫浸润,生物标志物。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
ADORA1在甲状腺乳头状癌中的表达、预后价值及其与免疫浸润的关系。
核心机制
ADORA1可能通过调节免疫微环境,包括影响多种免疫细胞浸润和免疫调节因子的表达,从而促进PTC的发生发展。
主要证据
TCGA和Oncomine数据库显示ADORA1 mRNA在PTC中过表达;组织芯片免疫组化验证蛋白水平升高,且与病理分期和淋巴结转移正相关;Kaplan-Meier分析显示高表达ADORA1与较差的无病生存期相关;TIMER和TISIDB分析显示ADORA1表达与多种免疫细胞和免疫调节因子相关。
研究意义
ADORA1可作为PTC的诊断和预后生物标志物,并可能成为PTC免疫治疗的潜在靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

ADORA1表达分析

评估ADORA1在PTC中的表达水平。

使用TCGA和Oncomine数据库分析ADORA1 mRNA表达,并通过免疫组织化学染色验证蛋白表达。

2

临床病理相关性分析

探讨ADORA1表达与PTC患者临床病理特征的关系。

分析ADORA1表达与年龄、性别、病理分期、淋巴结转移等特征的相关性。

3

预后价值评估

评估ADORA1表达对PTC患者预后的预测价值。

使用Kaplan-Meier Plotter分析ADORA1表达与无病生存期和总生存期的关系。

4

基因组改变和功能富集分析

分析ADORA1在PTC中的基因组改变及其相关基因的功能。

使用cBioPortal分析ADORA1的基因改变,并利用LinkedOmics进行GO和KEGG富集分析。

5

调控因子分析

探究ADORA1的上游调控因子(激酶、miRNA、转录因子)。

使用LinkedOmics鉴定ADORA1的激酶、miRNA和转录因子靶标。

6

免疫浸润相关性分析

评估ADORA1表达与肿瘤免疫浸润细胞和免疫调节因子的相关性。

使用TIMER和TISIDB分析ADORA1表达与免疫细胞、免疫抑制因子、免疫刺激因子和MHC分子的相关性,并使用EPIC比较高低表达组免疫细胞差异。

7

药物敏感性分析

评估ADORA1表达对药物敏感性的影响。

使用GSCALite分析ADORA1表达与多种药物敏感性的关系。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
抗ADORA1抗体Biossbs-6649R
广谱二抗----
PTC组织芯片Outdo BiotechHThy-Pap120CS-01
奥林巴斯生物显微镜Olympus--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
表达分析
TCGA和Oncomine数据库的样本组成和数据处理标准;免疫组化实验的抗体稀释度、抗原修复方法和评分标准。
阅读提示:Materials and methods 部分:Data preparation and cBioPortal、Tissue samples、Immunohistochemistry。
临床病理相关性
组织芯片的样本量、临床病理信息完整性(如病理分期和淋巴结转移状态)。
阅读提示:Materials and methods 部分:Tissue samples。
预后分析
Kaplan-Meier Plotter使用的数据集和分组阈值。
阅读提示:Materials and methods 部分:Kaplan Meier plotter analysis。
免疫浸润分析
TIMER、TISIDB和EPIC分析中使用的TCGA数据版本和样本分组(高/低表达组的划分)。
阅读提示:Materials and methods 部分:Immune-related analysis。