ADORA1表达分析
评估ADORA1在PTC中的表达水平。
使用TCGA和Oncomine数据库分析ADORA1 mRNA表达,并通过免疫组织化学染色验证蛋白表达。
ADORA1 is a diagnostic-related biomarker and correlated with immune infiltrates in papillary thyroid carcinoma.
基于TCGA等多种数据库的生物信息学分析和组织芯片免疫组化验证,缺乏功能实验。
甲状腺乳头状癌组织芯片(58例配对样本) TCGA甲状腺癌队列(512例肿瘤样本)
ADORA1在PTC中表达水平是否显著高于正常组织(TCGA和Oncomine数据) ADORA1表达与临床病理特征(病理分期、淋巴结转移)的相关性 ADORA1表达与免疫细胞浸润和免疫标志物的相关性 ADORA1高表达与JW-55药物敏感性的关联
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ADORA1在PTC中的表达水平。
使用TCGA和Oncomine数据库分析ADORA1 mRNA表达,并通过免疫组织化学染色验证蛋白表达。
探讨ADORA1表达与PTC患者临床病理特征的关系。
分析ADORA1表达与年龄、性别、病理分期、淋巴结转移等特征的相关性。
评估ADORA1表达对PTC患者预后的预测价值。
使用Kaplan-Meier Plotter分析ADORA1表达与无病生存期和总生存期的关系。
分析ADORA1在PTC中的基因组改变及其相关基因的功能。
使用cBioPortal分析ADORA1的基因改变,并利用LinkedOmics进行GO和KEGG富集分析。
探究ADORA1的上游调控因子(激酶、miRNA、转录因子)。
使用LinkedOmics鉴定ADORA1的激酶、miRNA和转录因子靶标。
评估ADORA1表达与肿瘤免疫浸润细胞和免疫调节因子的相关性。
使用TIMER和TISIDB分析ADORA1表达与免疫细胞、免疫抑制因子、免疫刺激因子和MHC分子的相关性,并使用EPIC比较高低表达组免疫细胞差异。
评估ADORA1表达对药物敏感性的影响。
使用GSCALite分析ADORA1表达与多种药物敏感性的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 表达分析 | TCGA和Oncomine数据库的样本组成和数据处理标准;免疫组化实验的抗体稀释度、抗原修复方法和评分标准。 阅读提示:Materials and methods 部分:Data preparation and cBioPortal、Tissue samples、Immunohistochemistry。 |
| 临床病理相关性 | 组织芯片的样本量、临床病理信息完整性(如病理分期和淋巴结转移状态)。 阅读提示:Materials and methods 部分:Tissue samples。 |
| 预后分析 | Kaplan-Meier Plotter使用的数据集和分组阈值。 阅读提示:Materials and methods 部分:Kaplan Meier plotter analysis。 |
| 免疫浸润分析 | TIMER、TISIDB和EPIC分析中使用的TCGA数据版本和样本分组(高/低表达组的划分)。 阅读提示:Materials and methods 部分:Immune-related analysis。 |