SOX2转录激活ABCC2并诱导化疗耐药
验证SOX2是否通过转录调控ABCC2表达来促进结直肠癌化疗耐药
通过qRT-PCR和western blot检测SW480和SW620细胞中ABC转运体表达;过表达或敲低SOX2后检测ABCC2水平;药物敏感性实验(SN38)评估耐药性;利用JASPAR预测启动子结合位点,ChIP和荧光素酶报告基因验证SOX2与ABCC2启动子结合。
SOX2 promotes chemoresistance, cancer stem cells properties, and epithelial-mesenchymal transition by β-catenin and Beclin1/autophagy signaling in colorectal cancer.
包含体外细胞功能实验、分子机制验证(ChIP、co-IP、荧光素酶报告基因)及体内异种移植模型,功能与机制验证齐全。
SW480和SW620结直肠癌细胞系 HEK293T细胞 Balb/c裸鼠异种移植模型 90对CRC组织微阵列
SOX2过表达或敲低对ABCC2、Beclin1表达的影响 ABCC2启动子区域SOX2结合位点(-1593~-1583) Beclin1启动子区域SOX2结合位点(-1400~-1390) β-连环蛋白敲低或过表达对SOX2介导的化疗耐药、干性和EMT的影响 自噬抑制剂3-MA或激活剂雷帕霉素对SOX2驱动的恶性表型的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证SOX2是否通过转录调控ABCC2表达来促进结直肠癌化疗耐药
通过qRT-PCR和western blot检测SW480和SW620细胞中ABC转运体表达;过表达或敲低SOX2后检测ABCC2水平;药物敏感性实验(SN38)评估耐药性;利用JASPAR预测启动子结合位点,ChIP和荧光素酶报告基因验证SOX2与ABCC2启动子结合。
确定β-连环蛋白是否作为SOX2的下游效应分子调控化疗耐药、干性和EMT
在SW480或SW620细胞中过表达或敲低β-连环蛋白,检测下游标志物表达;通过药物敏感性、细胞活力、肿瘤球形成、划痕和transwell实验评估功能变化;免疫荧光和co-IP验证SOX2与β-连环蛋白的相互作用。
探讨SOX2是否通过激活自噬参与恶性表型的调控
通过western blot检测自噬标志物(LC3B、P62)表达;用mRFP-GFP-LC3B腺病毒分析自噬流;透射电镜观察自噬小体;用自噬激动剂雷帕霉素和抑制剂3-MA处理细胞,评估对SOX2驱动表型的影响。
阐明SOX2如何激活自噬,以及Beclin1在其中的作用
检测SOX2对Beclin1表达的影响;JASPAR预测Beclin1启动子结合位点;ChIP和荧光素酶报告基因验证SOX2结合Beclin1启动子;过表达或敲低Beclin1检测自噬流和恶性表型变化。
评估SOX2、ABCC2和Beclin1在CRC组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系
免疫组化检测90对CRC组织微阵列中SOX2、ABCC2和Beclin1的表达;统计分析表达与淋巴结转移、TNM分期及生存期的关系;Spearman相关分析验证SOX2与ABCC2、Beclin1的相关性。
在体内模型中验证SOX2-β-连环蛋白/Beclin1/自噬轴对肿瘤生长和化疗耐药的作用
将稳定转染SOX2 shRNA的SW620细胞皮下注射到Balb/c裸鼠;使用自噬抑制剂CQ和化疗药伊立替康处理;测量肿瘤体积和重量;免疫组化检测SOX2、β-连环蛋白、Beclin1和ABCC2的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | C11875500BT |
| DMEM培养基 | Gibco | C11885500CP | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 药物处理 | SN38(伊立替康活性代谢物) | Sigma-Aldrich | H0165 |
| 5-氟尿嘧啶 | Selleck.cn | S1209 | |
| 奥沙利铂 | Selleck.cn | S1224 | |
| 自噬调节 | 雷帕霉素 | Sigma-Aldrich | 37094 |
| 3-甲基腺嘌呤 | Sigma-Aldrich | M9281 | |
| Western blot | GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 3683S |
| SOX2抗体 | Cell Signaling Technology | 23064S | |
| ABCC2抗体 | Abcam | ab3373 | |
| β-连环蛋白抗体 | Abcam | ab22656 | |
| CD133抗体 | Abcam | ab19898 | |
| Snail抗体 | Cell Signaling Technology | 3879S | |
| 波形蛋白抗体 | Abcam | ab92547 | |
| N-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 13116S | |
| E-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3195S | |
| 组蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4499S | |
| c-Myc抗体 | Cell Signaling Technology | 9402S | |
| 细胞周期蛋白D1抗体 | Abcam | ab16663 | |
| Axin2抗体 | Abcam | ab32197 | |
| LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 43566S | |
| P62抗体 | Cell Signaling Technology | 16177S | |
| ULK1抗体 | Abcam | ab203207 | |
| Beclin1抗体 | Abcam | ab114071 | |
| ATG5抗体 | Cell Signaling Technology | 2630S | |
| ATG7抗体 | Cell Signaling Technology | 2631S | |
| ATG10抗体 | Abcam | ab124711 | |
| ATG12抗体 | Abcam | ab109491 | |
| 抗兔IgG | Cell Signaling Technology | 7074S | |
| 抗小鼠IgG | Cell Signaling Technology | 7076S | |
| ChIP | EZ-ChIP试剂盒 | Millipore | 17-371 |
| 核质分离 | 核质蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| 免疫共沉淀 | SOX2抗体 | Cell Signaling Technology | 23064S |
| β-连环蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2677S | |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2003 | |
| CelLytic M裂解缓冲液 | Sigma-Aldrich | C2978 | |
| 免疫荧光 | 抗小鼠IgG/PE | Bioss | bs-0296G-PE |
| 抗兔IgG/FITC | Bioss | bs-0295G-FITC | |
| 免疫荧光/共聚焦 | DAPI | -- | -- |
| 激光扫描共聚焦显微镜 | Olympus | FV1000 | |
| 自噬流检测 | mRFP-GFP-LC3B腺病毒 | Hanbio Co. Ltd. | HB-AP2100001 |
| 荧光素酶报告基因 | ABCC2启动子报告基因 | Guangzhou Kidan BioTechnology Co. Ltd. | -- |
| Beclin1启动子报告基因 | Guangzhou Kidan BioTechnology Co. Ltd. | -- | |
| TOP/FOP Flash报告基因 | GeneCopoeia | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000-008 |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | RG027 |
| 透射电镜 | 1%锇酸 | -- | -- |
| Spurr树脂 | Ted-Pella | 18300 | |
| 透射电子显微镜 | JEOL | JEM1230 | |
| 组织微阵列 | 组织微阵列 | Shanghai Outdo Biotech Co. Ltd. | -- |
| 动物实验 | 氯喹 | Sigma-Aldrich | C6628 |
| 伊立替康 | Sigma-Aldrich | I1406 | |
| 统计分析 | SPSS 21.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | SW480和SW620细胞系来源(ATCC),培养条件(RPMI 1640,10% FBS,5% CO2,37°C);HEK293T细胞来源(南方医院),培养条件(DMEM,10% FBS)。 阅读提示:Materials and methods 部分“Cell culture and reagents” |
| 药物处理 | SN38、5-Fu、奥沙利铂、雷帕霉素、3-MA的浓度和处理时间。 阅读提示:Materials and methods 部分“Cell culture and reagents”及图3图注 |
| 基因操作 | SOX2、ABCC2、β-catenin、Beclin1过表达质粒构建载体;shRNA和siRNA序列及转染效率验证。 阅读提示:Materials and methods 部分“Cell line transfection”及补充图S2 |
| 分子机制验证 | ChIP实验使用的抗体和引物;荧光素酶报告基因实验使用的启动子片段和突变体;co-IP使用的抗体和裂解条件。 阅读提示:Materials and methods 部分“Chromatin immunoprecipitation”、“Co-immunoprecipitation”及“Luciferase reporter assay” |
| 体内实验 | 动物品系(Balb/c裸鼠)、周龄(4周)、性别(雌性)、细胞接种量(5×10^6/0.1mL)、给药方案(CQ 20mg/kg,伊立替康20mg/kg,腹腔注射,每3天一次)。 阅读提示:Materials and methods 部分“Animal experiments”及图7图注 |
| 临床样本分析 | 组织微阵列(90对CRC组织)的免疫组化评分标准(+至++++),高表达定义(>++),相关性和生存分析统计方法。 阅读提示:Materials and methods 部分“Tissue microarray”及图6图注 |