检测circ_ZFR在组织与细胞中的表达
验证circ_ZFR在PTX耐药NSCLC组织和细胞中的表达水平及其与耐药的相关性。
采集患者组织样本(64例NSCLC组织和44例癌旁正常组织),分为PTX敏感组(n=44)和耐药组(n=20),使用qRT-PCR检测circ_ZFR表达;在HBE、A549、H460及耐药细胞系中检测circ_ZFR表达。
Circ_ZFR contributes to the paclitaxel resistance and progression of non-small cell lung cancer by upregulating KPNA4 through sponging miR-195-5p.
包含细胞系与患者组织样本,涵盖体外功能实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭)、机制验证(双荧光素酶报告基因、Western blot)及体内异种移植瘤模型。
A549/PTX紫杉醇耐药细胞系 H460/PTX紫杉醇耐药细胞系 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 非小细胞肺癌患者组织样本
PTX耐药细胞系的建立:A549/PTX和H460/PTX由亲本细胞暴露于递增剂量PTX建立,并以5 nM PTX维持耐药性 si-circ_ZFR转染浓度:50 nM,使用Lipofectamine 2000转染 PTX处理浓度:0-160 nM用于IC50测定,体内给药剂量为3 mg/kg每周一次 异种移植瘤模型:BALB/c裸鼠,每只接种2×10^6个稳定转染sh-circ_ZFR或sh-NC的A549/PTX细胞 PTX敏感性评估:通过MTT测IC50,体内测量肿瘤体积和重量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证circ_ZFR在PTX耐药NSCLC组织和细胞中的表达水平及其与耐药的相关性。
采集患者组织样本(64例NSCLC组织和44例癌旁正常组织),分为PTX敏感组(n=44)和耐药组(n=20),使用qRT-PCR检测circ_ZFR表达;在HBE、A549、H460及耐药细胞系中检测circ_ZFR表达。
确认circ_ZFR的环状结构和亚细胞定位。
RNase R实验处理总RNA后检测circ_ZFR和线性ZFR的水平;通过核质分离实验检测circ_ZFR在细胞核和细胞质中的分布。
探究circ_ZFR对PTX耐药NSCLC细胞恶性表型的影响。
si-circ_ZFR或si-NC转染A549/PTX和H460/PTX细胞,通过MTT、流式细胞术、Transwell和Western blot检测PTX耐药、增殖、周期、凋亡、迁移和侵袭及相关蛋白表达。
验证circ_ZFR是否作为miR-195-5p的海绵。
使用starbase 3.0预测结合位点,双荧光素酶报告基因实验验证circ_ZFR与miR-195-5p的直接结合;qRT-PCR检测敲低circ_ZFR后miR-195-5p的表达,及相关性分析。
验证KPNA4是否为miR-195-5p的直接靶基因。
通过双荧光素酶报告基因实验验证结合,并检测miR-195-5p过表达或抑制对KPNA4 mRNA和蛋白水平的影响。
证实circ_ZFR通过miR-195-5p/KPNA4轴发挥功能。
在si-circ_ZFR基础上抑制miR-195-5p或过表达KPNA4,观察对PTX敏感性和细胞表型的逆转效果。
评估circ_ZFR敲低在体内对NSCLC PTX敏感性的影响。
将稳定敲低circ_ZFR的A549/PTX细胞皮下接种裸鼠,随后给予PTX或PBS,测量肿瘤体积和重量,并检测肿瘤组织中circ_ZFR、miR-195-5p和KPNA4的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | Invitrogen | A4192301 |
| 胎牛血清 | Invitrogen | 16140063 | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | 10378016 | |
| 紫杉醇 | Solarbio | SP8020 | |
| RNA提取 | RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| NanoDrop 2000c分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 逆转录 | M-MLV逆转录酶试剂盒 | Promega | M1701 |
| TaqMan microRNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4366596 | |
| qRT-PCR | StepOnePlus实时PCR系统 | Applied Biosystems | 4376598 |
| SYBR Green PCR预混液 | Invitrogen | 4309155 | |
| 特异性引物 | RIBOBIO | -- | |
| RNase R实验 | RNase R | Epicenter Biotechnologies | RNR07250 |
| 核质分离 | PARIS试剂盒 | Invitrogen | AM1921 |
| 细胞转染 | 脂质体2000 | Invitrogen | 11668500 |
| MTT实验 | MTT | Solarbio | M1020 |
| 二甲基亚砜 | Solarbio | D8371 | |
| 酶标仪 | Potenov | -- | |
| 流式细胞术 | RNA酶A | Solarbio | R1030 |
| 碘化丙啶 | Beyotime | C1062S | |
| Annexin V-异硫氰酸荧光素 | Beyotime | C1062S | |
| FACScan流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning Incorporated | 3374 |
| 基质胶 | Solarbio | M8370 | |
| 结晶紫 | Solarbio | C8470 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | ISEQ00010 | |
| 二抗 (bs-40296G-HRP) | Bioss | -- | |
| ECL化学发光试剂盒 | Vazyme | E411-04 | |
| Ki67抗体 (bs-23103R) | Bioss | -- | |
| Twist1抗体 (bs-2441R) | Bioss | -- | |
| E-cadherin抗体 (bs-1519R) | Bioss | -- | |
| N-cadherin抗体 (bs20623R) | Bioss | -- | |
| KPNA4抗体 (bs-16804R) | Bioss | -- | |
| CyclinD1抗体 (bs-0623R) | Bioss | -- | |
| Bcl-2抗体 (bs-33411R) | Bioss | -- | |
| Bax抗体 (bs-0127R) | Bioss | -- | |
| GAPDH抗体 (bs-10900R) | Bioss | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | pmirGLO质粒 | Promega | E1330 |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Vital River Laboratory | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织样本采集 | 样本来源:Re民医院;分组:敏感组44例,耐药组20例;储存条件:-80°C。 阅读提示:Materials and methods: Tissues acquisition |
| 细胞培养与耐药株建立 | 细胞系:A549、H460及其PTX耐药株;耐药株建立方法:逐步递增PTX浓度;维持浓度:5 nM PTX;培养基:RPMI1640+10%FBS+1%青霉素-链霉素。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 细胞转染 | 转染试剂:Lipofectamine 2000;siRNA/miRNA浓度:50 nM;质粒量:2 μg;细胞密度:2×10^4 cells/well于6孔板。 阅读提示:Materials and methods: Cell transfection |
| PTX耐药性评估 | MTT法测定IC50;PTX浓度梯度:0, 10, 20, 40, 80, 160 nM;处理时间:48小时;检测波长:490 nm。 阅读提示:Materials and methods: MTT assay; Results: Fig. 1c |
| 动物模型 | 小鼠周龄:4-6周;分组:每组7只;细胞接种量:2×10^6 A549/PTX细胞;给药:PTX 3 mg/kg或PBS,每周一次,共4次;肿瘤体积计算:长度×宽度^2/2。 阅读提示:Materials and methods: Murine xenograft model; Results: Fig. 8 |